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- PDB-4mhe: Crystal structure of CC-chemokine 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhe
タイトルCrystal structure of CC-chemokine 18
要素C-C motif chemokine 18
キーワードIMMUNE SYSTEM / Greek key shape
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / cell communication / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / positive regulation of GTPase activity / cellular response to type II interferon ...CCR chemokine receptor binding / cell communication / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / positive regulation of GTPase activity / cellular response to type II interferon / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / killing of cells of another organism / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / C-C motif chemokine 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liang, W.G. / Tang, W.-J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of human CCL18, CCL3, and CCL4 reveal molecular determinants for quaternary structures and sensitivity to insulin-degrading enzyme.
著者: Liang, W.G. / Ren, M. / Zhao, F. / Tang, W.J.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 18
B: C-C motif chemokine 18
C: C-C motif chemokine 18
D: C-C motif chemokine 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8685
ポリマ－31,8094
非ポリマー591
水3,423190
1
A: C-C motif chemokine 18
D: C-C motif chemokine 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9052
ポリマ－15,9052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8540 Å2
手法PISA
2
B: C-C motif chemokine 18
C: C-C motif chemokine 18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9643
ポリマ－15,9052
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.075, 55.168, 60.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 18


分子量: 7952.254 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 21-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL18, AMAC1, DCCK1, MIP4, PARC, SCYA18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55774
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35.033 Å / Num. all: 19084 / Num. obs: 19065 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2X69

2x69


解像度: 2.1→35 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 1744 10 %
Rwork0.176 --
obs0.1803 17436 91.02 %
all-19156 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 4 190 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0612896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.75823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15690.2863660.205593X-RAY DIFFRACTION42
2.1569-2.22660.27841030.1966932X-RAY DIFFRACTION65
2.2266-2.30610.25771370.1861228X-RAY DIFFRACTION86
2.3061-2.39840.23361560.19751406X-RAY DIFFRACTION98
2.3984-2.50760.25961600.2031436X-RAY DIFFRACTION100
2.5076-2.63970.27421580.20721418X-RAY DIFFRACTION100
2.6397-2.8050.27061570.20421424X-RAY DIFFRACTION100
2.805-3.02150.24631620.19941449X-RAY DIFFRACTION100
3.0215-3.32540.23221570.18761422X-RAY DIFFRACTION100
3.3254-3.80610.18721610.15151448X-RAY DIFFRACTION100
3.8061-4.79330.17581620.13871451X-RAY DIFFRACTION100
4.7933-35.03830.19221650.17371485X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.536 Å / Origin y: 13.3432 Å / Origin z: 18.0152 Å
111213212223313233
T0.0554 Å20.0052 Å20.0062 Å2-0.0549 Å2-0.0011 Å2--0.0438 Å2
L0.2584 °2-0.1305 °20.0633 °2-0.2242 °2-0.1284 °2--0.2285 °2
S0.037 Å °0.0232 Å °0.0246 Å °0.0227 Å °-0.0613 Å °0.0198 Å °0.0157 Å °0.0461 Å °-0.0008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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