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万見
- PDB-4mgy: Selective activation of Epac1 and Epac2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgy
タイトルSelective activation of Epac1 and Epac2
要素
  • Rap guanine nucleotide exchange factor 4
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードSIGNALING PROTEIN/GTP-BINDING PROTEIN / Guanine Nucleotide Exchange Factor / Nucleotide Binding / SIGNALING PROTEIN-GTP-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cone cell pedicle / Rap protein signal transduction / Integrin signaling / positive regulation of neuronal action potential / modification of postsynaptic structure / regulation of dendrite development / Rap1 signalling / regulation of cell junction assembly / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion ...cone cell pedicle / Rap protein signal transduction / Integrin signaling / positive regulation of neuronal action potential / modification of postsynaptic structure / regulation of dendrite development / Rap1 signalling / regulation of cell junction assembly / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of integrin activation / regulation of synaptic vesicle cycle / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / hormone secretion / calcium-ion regulated exocytosis / regulation of exocytosis / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / negative regulation of synaptic transmission / regulation of establishment of cell polarity / MET activates RAP1 and RAC1 / insulin secretion / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of postsynapse organization / azurophil granule membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of smooth muscle cell migration / brush border / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / excitatory synapse / photoreceptor outer segment / cAMP binding / cellular response to cAMP / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / photoreceptor inner segment / Integrin signaling / lipid droplet / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / G protein activity / establishment of localization in cell / positive regulation of protein secretion / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / small GTPase binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / protein-macromolecule adaptor activity / growth cone / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / dendritic spine / postsynaptic density / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / apical plasma membrane / axon / GTPase activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1240 / Ras-related protein Rap1 / Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1240 / Ras-related protein Rap1 / Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Jelly Rolls / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / RmlC-like jelly roll fold / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H07 / Ras-related protein Rap-1b / Rap guanine nucleotide exchange factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rehmann, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Selective activation of Epac1 and Epac2
著者: Rehmann, H.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Rap guanine nucleotide exchange factor 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8794
ポリマ－98,2972
非ポリマー5822
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area35280 Å2
手法PISA
2
E: Rap guanine nucleotide exchange factor 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子

E: Rap guanine nucleotide exchange factor 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,7588
ポリマ－196,5954
非ポリマー1,1644
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area10050 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area66800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.592, 145.195, 229.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1112-

HOH

21E-1124-

HOH

31E-1199-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rap guanine nucleotide exchange factor 4 / Exchange factor directly activated by cAMP 2 / Exchange protein directly activated by cAMP 2 / EPAC ...Exchange factor directly activated by cAMP 2 / Exchange protein directly activated by cAMP 2 / EPAC 2 / cAMP-dependent Rap1 guanine-nucleotide exchange factor / cAMP-regulated guanine nucleotide exchange factor II / cAMP-GEFII


分子量: 79276.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 324-1011 / 変異: K405Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rapgef4, Cgef2, Epac2 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: Q9EQZ6
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B, OK/SW-cl.11 / プラスミド: ptac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P61224
#3: 化合物 ChemComp-H07 / (2S,4aR,6R,7R,7aR)-6-{6-amino-8-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-9H-purin-9-yl}-7-methoxytetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-2-ol 2-oxide / 8-pCPT-2′-O-Me-cAMP


分子量: 485.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClN5O6PS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4M (NH4)2SO4, 1.2M LI2SO4, 0.1M CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月19日
放射モノクロメーター: Silicon 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. all: 64657 / Num. obs: 64657 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CF6

3cf6


解像度: 2.6→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 9.115 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26979 3140 4.9 %RANDOM
Rwork0.2517 ---
all0.25257 61517 --
obs0.25257 61517 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.343 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 36 231 6505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.9698633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5675770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57124.262305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.251151162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7551543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2871.53865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53426265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49332524
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8974.52368
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 244 -
Rwork0.321 4505 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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