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- PDB-2byv: Structure of the cAMP responsive exchange factor Epac2 in its aut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byv
タイトルStructure of the cAMP responsive exchange factor Epac2 in its auto- inhibited state
要素RAP GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 4
キーワードREGULATION / EPAC2 / CAMP-GEF2 / CAMP / CYCLIC NUCLEOTIDE / GEF / EXCHANGE FACTOR / AUTO-INHIBITION / CDC25 HOMOLOGY DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Integrin signaling / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / regulation of synaptic vesicle cycle / insulin secretion / small GTPase-mediated signal transduction ...Integrin signaling / Rap1 signalling / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / hormone secretion / regulation of synaptic vesicle cycle / insulin secretion / small GTPase-mediated signal transduction / cAMP binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of insulin secretion / small GTPase binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rap guanine nucleotide exchange factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rehmann, H. / Wittinghofer, A. / Bos, J.L.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of the Cyclic-AMP Responsive Exchange Factor Epac2 in its Auto-Inhibited State
著者: Rehmann, H. / Das, J. / Knipscheer, P. / Wittinghofer, A. / Bos, J.L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure and Regulation of the Camp Binding Domains of Epac2
著者: Rehmann, H. / Prakash, B. / Wolf, E. / Rueppel, A. / Derooij, J. / Bos, J.L. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2005年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: RAP GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1511
ポリマ－114,1511
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.406, 97.038, 172.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RAP GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR 4 / CAMP-REGULATED GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR II / CAMP-GEFII / EXCHANGE FACTOR DIRECTLY ...CAMP-REGULATED GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR II / CAMP-GEFII / EXCHANGE FACTOR DIRECTLY ACTIVATED BY CAMP 2 / EPAC 2 / CAMP-DEPENDENT RAP1 GUANINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR


分子量: 114150.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX4T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: Q9EQZ6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 100 MM BISTRISPROPANE7.5, 200 MM NANO3, 12% PEG 3350, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976269
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976269 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 35428 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O7F, PDB ENTRY 1BKD

1o7f

1bkd


解像度: 2.7→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 14.86 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.885 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESDIUES 1-14, 171-178, 465-476, 614-641, 725-731, 992-993 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1791 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.248 34014 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7364 0 0 66 7430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.951.95810166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7425917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76323.95357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.602151334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5671554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1730.23179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.25136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2201
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.341.54751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60827430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4433119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.754.52736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 130
Rwork0.308 2462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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