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- PDB-4md8: Crystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme with mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4md8
タイトルCrystal Structure of full-length symmetric CK2 holoenzyme with mutated alpha subunit (F121E)
要素
  • Casein kinase II subunit alpha
  • Casein kinase II subunit beta
キーワードTRANSFERASE / protein serine/threonine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL ...regulation of DNA binding / positive regulation of activin receptor signaling pathway / adiponectin-activated signaling pathway / endothelial tube morphogenesis / negative regulation of viral life cycle / regulation of chromosome separation / protein kinase regulator activity / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / fibrillar center / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / kinase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / secretory granule lumen / protein-macromolecule adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein domain specific binding / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / Neutrophil degranulation / chromatin binding / chromatin / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / Casein Kinase 2, subunit alpha ...protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / protein kinase ck2 holoenzyme, chain C, domain 1 / Casein kinase II, regulatory subunit / Casein kinase II, regulatory subunit, N-terminal / Casein kinase II subunit beta-like / Casein kinase II regulatory subunit / Casein kinase II regulatory subunit signature. / Casein kinase II regulatory subunit / N-terminal domain of TfIIb - #20 / Casein Kinase 2, subunit alpha / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Casein kinase II subunit beta / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Active Form of the Protein Kinase CK2 alpha 2 beta 2 Holoenzyme Is a Strong Complex with Symmetric Architecture.
著者: Lolli, G. / Ranchio, A. / Battistutta, R.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit beta
B: Casein kinase II subunit beta
C: Casein kinase II subunit beta
D: Casein kinase II subunit beta
E: Casein kinase II subunit alpha
F: Casein kinase II subunit alpha
G: Casein kinase II subunit alpha
H: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,90112
ポリマ－280,6408
非ポリマー2624
水00
1
A: Casein kinase II subunit beta
B: Casein kinase II subunit beta
E: Casein kinase II subunit alpha
F: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4516
ポリマ－140,3204
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area47950 Å2
手法PISA
2
C: Casein kinase II subunit beta
D: Casein kinase II subunit beta
G: Casein kinase II subunit alpha
H: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4516
ポリマ－140,3204
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area48000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.518, 57.625, 185.685
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111TRPTRPPROPROAA9 - 589 - 58
211TRPTRPPROPROBB9 - 589 - 58
311TRPTRPPROPROCC9 - 589 - 58
411TRPTRPPROPRODD9 - 589 - 58
121ASNASNHISHISAA67 - 19367 - 193
221ASNASNHISHISBB67 - 19367 - 193
321ASNASNHISHISCC67 - 19367 - 193
421ASNASNHISHISDD67 - 19367 - 193
112PROPROARGARGEE4 - 474 - 47
212PROPROARGARGFF4 - 474 - 47
312PROPROARGARGGG4 - 474 - 47
412PROPROARGARGHH4 - 474 - 47
122TYRTYRASPASPEE50 - 10350 - 103
222TYRTYRASPASPFF50 - 10350 - 103
322TYRTYRASPASPGG50 - 10350 - 103
422TYRTYRASPASPHH50 - 10350 - 103
132ARGARGVALVALEE107 - 116107 - 116
232ARGARGVALVALFF107 - 116107 - 116
332ARGARGVALVALGG107 - 116107 - 116
432ARGARGVALVALHH107 - 116107 - 116
142LEULEULEULEUEE128 - 265128 - 265
242LEULEULEULEUFF128 - 265128 - 265
342LEULEULEULEUGG128 - 265128 - 265
442LEULEULEULEUHH128 - 265128 - 265
152LEULEUASPASPEE273 - 330273 - 330
252LEULEUASPASPFF273 - 330273 - 330
352LEULEUASPASPGG273 - 330273 - 330
452LEULEUASPASPHH273 - 330273 - 330

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Casein kinase II subunit beta / CK2 subunit beta / CK II beta / Phosvitin / Protein G5a


分子量: 24969.412 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2B, CK2N, G5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P67870
#2: タンパク質
Casein kinase II subunit alpha / CK2 subunit alpha / CK II alpha


分子量: 45190.496 Da / 分子数: 4 / Mutation: F121E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→181.213 Å / Num. all: 44221 / Num. obs: 44221 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.3-3.486.20.5681.43898963140.56897.6
3.48-3.696.20.39323703759990.39398.3
3.69-3.946.20.2792.83563257030.27998.9
3.94-4.266.80.2023.93597953090.20299
4.26-4.676.60.1495.33254349260.14999.2
4.67-5.226.80.1375.73066445080.13799.4
5.22-6.026.90.1475.32719739540.14799.5
6.02-7.386.50.1276.22198233720.12799.4
7.38-10.446.80.05912.61780426370.05999.3
10.44-47.6456.30.04414.5943714990.04497.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4DGL AND 4KWP

4dgl

4kwp


解像度: 3.3→181.213 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / WRfactor Rfree: 0.218 / WRfactor Rwork: 0.1989 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8557 / SU B: 45.918 / SU ML: 0.347 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / SU Rfree: 0.1151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 2230 5 %RANDOM
Rwork0.2217 ---
obs0.2231 44213 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.28 Å2 / Biso mean: 64.6566 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.88 Å2-0 Å2-4.06 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---5.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→181.213 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17613 0 4 0 17617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0218104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.94824500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3352101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73723.443976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.701153111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.17815140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.22513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114116
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A746MEDIUM POSITIONAL0.080.5
12B746MEDIUM POSITIONAL0.070.5
13C746MEDIUM POSITIONAL0.060.5
14D746MEDIUM POSITIONAL0.060.5
11A708TIGHT THERMAL3.110.5
12B708TIGHT THERMAL3.650.5
13C708TIGHT THERMAL2.850.5
14D708TIGHT THERMAL5.260.5
11A746MEDIUM THERMAL3.752
12B746MEDIUM THERMAL4.582
13C746MEDIUM THERMAL3.752
14D746MEDIUM THERMAL6.22
21E1363MEDIUM POSITIONAL0.110.5
22F1363MEDIUM POSITIONAL0.140.5
23G1363MEDIUM POSITIONAL0.10.5
24H1363MEDIUM POSITIONAL0.120.5
21E1216TIGHT THERMAL4.470.5
22F1216TIGHT THERMAL3.040.5
23G1216TIGHT THERMAL3.160.5
24H1216TIGHT THERMAL3.180.5
21E1363MEDIUM THERMAL5.32
22F1363MEDIUM THERMAL4.442
23G1363MEDIUM THERMAL3.962
24H1363MEDIUM THERMAL3.892
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 151 -
Rwork0.261 3020 -
all-3171 -
obs--94.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.569-1.6419-0.40162.30110.95324.98440.07490.3877-0.1069-0.07470.0361-0.20110.23290.4491-0.1110.05070.06930.06310.15480.06840.162863.7991-3.170.8254
24.43110.1401-0.67581.1413-1.84373.0333-0.09540.7672-1.2481-0.2542-0.0694-0.02280.3787-0.00660.16490.26760.0302-0.05840.3033-0.20330.384861.5938-9.00610.2176
321.5229-4.17530.53240.91510.4753.2772-0.32420.48720.698-0.087-0.0947-0.0426-0.81950.01950.41890.2145-0.0218-0.13480.08790.10710.246648.16348.85838.332
45.81150.7591-0.78840.80850.09560.92040.07660.0388-0.03250.0274-0.12680.20220.0908-0.30160.05030.0219-0.0354-0.02380.1725-0.00020.169637.08-0.016517.2931
57.45531.3730.12561.4782.77416.81640.1658-0.18480.22620.0840.0106-0.1835-0.29440.4137-0.17640.3354-0.0969-0.16640.5890.03970.417643.77291.96690.5794
63.7914-1.7511.280410.01815.05089.1717-0.2973-0.09830.84060.94350.2239-0.5117-1.08821.0280.07340.5286-0.1538-0.00010.6890.02170.398741.61477.673491.0208
76.5001-1.1409-0.21141.59410.15492.95790.1128-0.4835-0.2191-0.0394-0.110.21880.1175-0.0856-0.00270.12780.115-0.08610.2979-0.02030.254325.7063-3.309978.8397
83.88813.1116-0.657811.097-2.04644.90420.12181.06490.4867-0.3747-0.13630.24730.19650.19360.01460.22570.2571-0.09310.72320.00870.2592-0.82486.031264.9642
97.8862-2.127-2.05193.5811-0.91385.60150.01830.8490.4062-0.54830.33660.40.1326-0.4105-0.3550.2268-0.191-0.29220.56840.03040.63743.6721-1.4565-0.9118
104.6284-0.97433.33176.21792.17254.7866-0.52830.92190.8094-0.4506-0.1044-0.6562-0.7115-0.30460.63270.1404-0.108-0.161.20240.0620.80136.64073.2573-0.8255
116.4250.8791-0.63920.479-0.31170.5797-0.18830.1174-0.4704-0.12520.1690.20370.1947-0.35470.01920.0723-0.1184-0.02320.2501-0.0420.440423.9235-5.062313.6432
126.30073.55162.12613.5342-3.442314.79260.5383-0.5141.15980.95150.06910.9487-1.6618-1.3625-0.60740.36560.15690.11610.2174-0.07350.496147.38911.447827.1386
139.3314-1.20932.56172.19492.04645.80190.1706-0.7033-0.37730.4611-0.03770.54910.0231-0.8823-0.13290.45380.00850.1710.5767-0.0060.6053-16.09172.575391.8916
142.0746-0.7785-3.25478.58550.61785.2241-0.4211-0.8588-0.59160.198-0.7104-0.44250.79371.27721.13150.40050.0484-0.04390.79080.04390.8786-13.6115-3.067892.8124
156.1895-1.4394-1.03011.5382-0.8551.78670.1588-0.11280.4024-0.01390.03680.0211-0.0911-0.065-0.19560.19130.1151-0.07920.3966-0.12420.36991.51736.297378.6531
162.09461.32810.70881.24852.397210.4289-0.31650.2581-0.7951-0.2385-0.15-0.30930.2336-0.94210.46640.38690.2532-0.04250.6538-0.21350.565427.4167-10.570863.6417
177.21132.3416-0.03771.8701-0.56580.6666-0.0368-0.2639-0.50710.1098-0.068-0.19610.23070.03640.10480.25190.0250.01320.21560.00120.187572.6573-0.066331.6637
183.99572.76710.15762.44820.96112.53330.1003-0.33470.1796-0.0738-0.13960.3543-0.1871-0.0870.03930.06540.016-0.07180.24130.08080.204674.83769.11234.0517
193.67992.1456-1.20452.0554-2.18984.26260.03940.285-0.2225-0.2531-0.0698-0.16540.20420.10520.03040.18720.12350.00380.2448-0.00580.183489.246417.282121.5562
203.2435-0.7335-0.57724.2182-0.83355.54920.3244-0.18510.14460.193-0.203-0.442-0.68950.5737-0.12150.1223-0.1109-0.02720.27180.01830.202891.167623.772530.1865
215.4218-0.5739-1.36590.21610.1040.4655-0.50810.968-1.8020.2290.20670.43530.3991-0.3640.30131.10770.10970.030.76340.0611.2198-47.059-0.368258.931
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232.4815-0.318-1.07235.35010.93023.78090.2466-0.21270.05290.51320.1609-0.13310.1380.329-0.40750.14280.0934-0.11910.58170.03740.3318-36.226916.197861.6823
242.87210.7177-1.30943.3149-1.01336.26070.29550.10570.33210.18670.13130.433-0.565-0.441-0.42680.13750.1713-0.02110.61020.02430.5189-45.30424.903660.0885
257.23071.4832-0.23662.0085-0.52060.4360.1151-0.34961.3921-0.0203-0.09460.2594-0.3765-0.0939-0.02050.50580.09510.02190.5097-0.0950.889-13.68055.084629.2547
265.6412.1344-2.46980.8244-1.05924.71950.0966-0.17990.25790.0087-0.02640.01350.43350.1224-0.07020.1864-0.0220.04680.4203-0.09910.6785-0.9114-2.411430.2491
274.99540.4110.36084.73550.0282.66630.26410.17250.1837-0.1605-0.1792-0.05070.18890.05-0.08490.034-0.0082-0.00020.4283-0.06220.4655-18.0142-13.758227.6246
283.285-0.41640.45594.4799-1.00774.2960.3629-0.1726-0.22910.1021-0.20840.11850.5675-0.3321-0.15450.1256-0.10670.01380.4976-0.04930.5993-24.5459-22.010431.2821
297.47130.8919-1.17881.51051.40431.90640.4971.38321.6310.1257-0.14490.0722-0.0668-0.447-0.35210.98330.09230.11381.12510.47340.672972.87840.374354.6078
303.3505-1.3277-0.15890.9414-0.77491.8540.0762-0.0452-0.08680.0908-0.06040.0992-0.11790.0201-0.01580.41220.1359-0.01720.5734-0.05620.385446.897-3.315659.1628
313.8477-1.59731.35073.544-0.83743.13830.2214-0.3003-0.1094-0.3972-0.36630.11540.1555-0.16130.14480.36380.28250.04690.53030.03070.17359.642-12.042357.0988
322.8794-0.6956-0.41223.6321-0.7763.50720.1694-0.1038-0.2009-0.0337-0.3201-0.41180.43290.43590.15070.37370.2730.09670.64220.06660.383269.8577-22.546362.943
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A63 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3A90 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4A112 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5C6 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6C64 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7C90 - 179
8X-RAY DIFFRACTION8C180 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9B7 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10B66 - 89
11X-RAY DIFFRACTION11B90 - 189
12X-RAY DIFFRACTION12B190 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13D7 - 59
14X-RAY DIFFRACTION14D66 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15D88 - 180
16X-RAY DIFFRACTION16D190 - 207
17X-RAY DIFFRACTION17E2 - 74
18X-RAY DIFFRACTION18E75 - 188
19X-RAY DIFFRACTION19E189 - 260
20X-RAY DIFFRACTION20E261 - 333
21X-RAY DIFFRACTION21G2 - 24
22X-RAY DIFFRACTION22G25 - 129
23X-RAY DIFFRACTION23G130 - 249
24X-RAY DIFFRACTION24G250 - 333
25X-RAY DIFFRACTION25F2 - 44
26X-RAY DIFFRACTION26F45 - 129
27X-RAY DIFFRACTION27F130 - 260
28X-RAY DIFFRACTION28F261 - 333
29X-RAY DIFFRACTION29H3 - 24
30X-RAY DIFFRACTION30H25 - 131
31X-RAY DIFFRACTION31H132 - 197
32X-RAY DIFFRACTION32H198 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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