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- PDB-4mab: Resolving Cys to Ala variant of Salmonella Alkyl Hydroperoxide Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mab
タイトルResolving Cys to Ala variant of Salmonella Alkyl Hydroperoxide Reductase C in its substrate-ready conformation
要素Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold / Prx1 / Prx / resolving Cys mutant / peroxidase / peroxiredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Perkins, A. / Nelson, K.J. / Williams, J.R. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: The sensitive balance between the fully folded and locally unfolded conformations of a model peroxiredoxin.
著者: Perkins, A. / Nelson, K.J. / Williams, J.R. / Parsonage, D. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,56713
ポリマ－103,0465
非ポリマー5218
水4,179232
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,13326
ポリマ－206,09110
非ポリマー1,04216
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area29570 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area66980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.230, 172.420, 136.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

K

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要素

#1: タンパク質
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / AhpC / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase


分子量: 20609.123 Da / 分子数: 5 / 変異: C165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: ahpC, ahpC STM0608, STM0608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4 M magnesium sulfate, 0.1 M MES, 20 uM hydrogen peroxide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled dual crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.15 Å / Num. all: 117432 / Num. obs: 117418 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
BUSTER精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MA9

4ma9


解像度: 1.9→29.15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7591 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: WATERS ARE ORDERED FROM STRONGEST DENSITY TO WEAKEST DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 4791 4.99 %FROM 4MA9
Rwork0.198 91271 --
obs-96062 81.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.56 Å2 / Biso mean: 62.3451 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7114 0 28 232 7374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7389980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3782643
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92180.5607120.471962085
1.9218-1.94440.493820.499881832
1.9444-1.96810.718970.383879862
1.9681-1.9930.3737160.40813093258
1.993-2.01920.4681940.37141577167143
2.0192-2.04690.3771510.35562815296676
2.0469-2.07610.38351740.39143050322483
2.0761-2.10710.3641600.36773061322183
2.1071-2.140.36191450.35733039318482
2.14-2.17510.34621640.34143235339989
2.1751-2.21260.32491760.32213581375796
2.2126-2.25280.43231970.37553491368894
2.2528-2.29610.40351660.36073472363894
2.2961-2.3430.31341820.2883689387199
2.343-2.39390.28572000.26253658385899
2.3939-2.44960.30241950.25843653384899
2.4496-2.51080.30262040.267137083912100
2.5108-2.57860.28182030.247136613864100
2.5786-2.65450.28421890.242437153904100
2.6545-2.74010.26452010.246337153916100
2.7401-2.83790.26512060.234636883894100
2.8379-2.95150.29142120.221636953907100
2.9515-3.08570.26521910.203837243915100
3.0857-3.24810.22462020.202537233925100
3.2481-3.45130.24381910.187837133904100
3.4513-3.71730.20961550.170737603915100
3.7173-4.09050.17271940.159637523946100
4.0905-4.68030.18642000.13873726392699
4.6803-5.88870.17781910.15893792398399
5.8887-29.15330.21232110.189739134124100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.1771 Å / Origin y: 22.9691 Å / Origin z: 121.3321 Å
111213212223313233
T0.3698 Å2-0.0276 Å20.0073 Å2-0.2698 Å2-0.131 Å2--0.2523 Å2
L1.0385 °20.071 °20.1141 °2-0.4853 °2-0.2776 °2--0.4775 °2
S-0.0017 Å °0.1386 Å °0.0889 Å °-0.0285 Å °0.044 Å °-0.1101 Å °-0.0456 Å °0.1159 Å °-0.0384 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 186
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 186
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 186
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 186
6X-RAY DIFFRACTION1allA201 - 203
7X-RAY DIFFRACTION1allB201
8X-RAY DIFFRACTION1allC201
9X-RAY DIFFRACTION1allD201 - 203
10X-RAY DIFFRACTION1allA1043 - 1230
11X-RAY DIFFRACTION1allB1001 - 1225
12X-RAY DIFFRACTION1allC1002 - 1211
13X-RAY DIFFRACTION1allD1009 - 1232
14X-RAY DIFFRACTION1allE1092 - 1217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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