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- PDB-4m8m: Crystal structure of the active dimer of zebrafish PlexinC1 cytop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8m
タイトルCrystal structure of the active dimer of zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region
要素GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1
キーワードSIGNALING PROTEIN / RasGAP-like fold / GAP for Rap GTPases / Rap / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor activity / nervous system development / membrane
類似検索 - 分子機能
GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. ...GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Rho GTPase activation protein / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.307 Å
データ登録者Wang, Y. / Pascoe, H.G. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Structural basis for activation and non-canonical catalysis of the Rap GTPase activating protein domain of plexin.
著者: Wang, Y. / Pascoe, H.G. / Brautigam, C.A. / He, H. / Zhang, X.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1
B: GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2472
ポリマ－146,2472
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area54520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.216, 146.100, 209.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1


分子量: 73123.688 Da / 分子数: 2
断片: zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region, UNP residues 456-1056
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: Plexin C1, plxnc1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(ArcticExpress) / 参照: UniProt: Q5RGW1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: 0.1M Bis-Tris propane, pH 9.1, 21% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月14日
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 25124 / Num. obs: 24065 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 73.91 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1211 / Rsym value: 0.868 / % possible all: 79.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化解像度: 3.307→44.164 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 1071 5.08 %
Rwork0.2255 --
obs0.2283 21087 83.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.307→44.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8871 0 0 17 8888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85112233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2963217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031545
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.307-3.45750.2917570.2901957X-RAY DIFFRACTION33
3.4575-3.63970.2979950.27081715X-RAY DIFFRACTION58
3.6397-3.86760.27531250.26622351X-RAY DIFFRACTION79
3.8676-4.1660.29651510.24742816X-RAY DIFFRACTION95
4.166-4.58480.28981580.21712963X-RAY DIFFRACTION99
4.5848-5.24730.31441570.20343006X-RAY DIFFRACTION100
5.2473-6.60750.30721610.24733051X-RAY DIFFRACTION100
6.6075-44.1640.23781670.19663157X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.01631.71231.72114.00970.71075.06830.5620.4103-0.9872-1.32510.04161.05042.0127-0.4554-0.5271.3155-0.0501-0.61191.0494-0.02371.2594-33.6399-93.8723-98.2739
23.50832.3121-0.68634.0675-2.21963.88190.89230.82941.0601-0.6587-0.0269-0.6358-1.9570.4296-0.60941.66710.14170.70651.04430.06951.140912.4945-52.5534-98.2997
33.7174-3.54812.79517.0407-4.12545.17910.3589-0.1668-0.6535-0.5254-0.21180.23380.6895-0.0397-0.0820.4064-0.0121-0.01610.44750.03050.5052-5.6268-102.8692-75.3528
42.5081-2.9339-2.4296.70093.96874.36980.2418-0.04050.3775-0.4116-0.1643-0.1532-0.5817-0.1541-0.08550.47660.1351-0.00780.4806-0.01330.4818-15.3309-43.5574-75.3596
55.7887-1.5861-0.11322.8924-1.21593.9166-0.4534-0.8105-0.1028-0.3875-0.38120.0101-1.10250.02430.74311.5078-0.0144-0.05750.93870.04030.5469-10.5504-72.4597-141.857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 775:912 )A775 - 912
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 775:913 )B775 - 913
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 564:774 OR RESID 929:1145 ) )A564 - 774
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 564:774 OR RESID 929:1145 ) )A929 - 1145
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 564:774 OR RESID 929:1145 ) )B564 - 774
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 564:774 OR RESID 929:1145 ) )B929 - 1145
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 529:563 ) OR ( CHAIN B AND RESID 531:563 )A529 - 563
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 529:563 ) OR ( CHAIN B AND RESID 531:563 )B531 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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