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- PDB-4m7l: Crystal structure of the complex between human tissue factor extr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7l
タイトルCrystal structure of the complex between human tissue factor extracellular domain and antibody 10H10 FAB fragment
要素
  • 10H10 heavy chain
  • 10H10 light chain
  • Tissue factor
キーワードBLOOD CLOTTING/IMMUNE SYSTEM / antibody / BLOOD CLOTTING-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / NGF-stimulated transcription / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production / cytokine-mediated signaling pathway / protein processing / phospholipid binding / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / protease binding / : / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex between human tissue factor extracellular domain and antibody 10H10 FAB fragment
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: Tissue factor
L: 10H10 light chain
H: 10H10 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1243
ポリマ－73,1243
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.860, 116.860, 106.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Tissue factor / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin


分子量: 24560.229 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 37-245) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13726
#2: 抗体 10H10 light chain


分子量: 24142.814 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 10H10 heavy chain


分子量: 24421.170 Da / 分子数: 1 / 断片: FD, SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY
配列の詳細HEAVY AND LIGHT CHAINS ARE CHIMERIC MOLECULES EACH COMPRISING A MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN ...HEAVY AND LIGHT CHAINS ARE CHIMERIC MOLECULES EACH COMPRISING A MOUSE VARIABLE DOMAIN AND HUMAN CONSTANT DOMAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1 M CAPS, pH 10.5, 24% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→28 Å / Num. all: 9573 / Num. obs: 9573 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 74.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UJ3

1uj3


解像度: 3.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 95.278 / SU ML: 0.627 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.744 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28906 459 5 %RANDOM
Rwork0.24239 ---
all0.24466 9114 --
obs0.24466 9114 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4919 0 0 0 4919
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9526866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3445632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.71424.926203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.65215817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7531514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0213775
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.491 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 22 -
Rwork0.29 622 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.85013.32294.20516.82924.12115.3242-0.00060.13640.7182-0.09550.1286-0.8175-0.89820.5747-0.1280.4398-0.01460.01521.3349-0.22020.887352.176314.522768.327
22.88963.3473-0.683314.5244-4.43189.00950.1879-1.2208-1.01940.7558-0.5643-0.30250.72490.20380.37650.5010.3352-0.38251.3263-0.13981.100235.5622-12.959873.9534
33.88010.0356-0.40121.5068-0.65083.82220.35260.42440.04890.00960.1504-0.16020.19150.3501-0.5030.07840.2083-0.0340.8156-0.23210.39122.7581-0.334649.8094
43.9227-2.81610.36572.3745-0.65484.8670.31630.1594-0.1566-0.59510.09310.2848-0.08420.2277-0.40930.503-0.1294-0.0531.13430.06450.6138.528214.507122.3261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1T6 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2T108 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION3H1 - 120
5X-RAY DIFFRACTION4L114 - 220
6X-RAY DIFFRACTION4H121 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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