PDB-4m7d: Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m7d

タイトル

Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU

要素

(U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
U6 snRNA

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Sm Like Fold / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P-body assembly / U2-type prespliceosome / tRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.595 Å

データ登録者

Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA.
著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y.

履歴

登録	2013年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4m7d.ent.gz	365.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4m7d_validation.pdf.gz	581.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m7d_full_validation.pdf.gz	636 KB	表示
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CIF形式データ	4m7d_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4m75C 4m77C 4m78C 4m7aSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m7a-1 4m78-1 4m7a-2 4m78-2 6ppq-d 5whv-1 6b7e-5 6ppv-d 6b7a-5 3x1k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

O: U6 snRNA

P: U6 snRNA

156 kDa, 16 ポリマー
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1

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

P: U6 snRNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 8 ポリマー
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2

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

O: U6 snRNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.8 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.539, 78.483, 142.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN

#1: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 分子量: 10722.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K17L,C22S,I38L,C51S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47093
#2: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3 分子量: 11161.822 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein 分子量: 10007.131 Da / 分子数: 2 / 変異: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#4: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 分子量: 9406.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM6, YDR378C, D9481.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406
#5: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 分子量: 10432.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089
#6: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 分子量: 13027.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905
#7: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 分子量: 10627.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 92分子 OP

#8: RNA鎖	U6 snRNA 分子量: 2442.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligo is synthesized by TAKARA
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.595→40 Å / Num. all: 41994 / Num. obs: 41448 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.595→2.69 Å / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M7A

4m7a

解像度: 2.595→34.184 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2828	2098	5.06 %	random
R_work	0.2399	-	-	-
obs	0.242	41437	98.35 %	-
all	-	42559	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.081 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	13.304 Å²	-0 Å²	-4.7817 Å²
2-	-	-2.4816 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.6292 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.595→34.184 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8179	186	0	90	8455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.465	11438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.341	3171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5948-2.6552	0.3968	131	0.3797	2328	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6552-2.7215	0.4668	135	0.3752	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7215-2.7951	0.347	153	0.3522	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7951-2.8773	0.422	156	0.3313	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8773-2.9701	0.3585	132	0.3181	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9701-3.0762	0.3982	138	0.3034	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0762-3.1993	0.3124	157	0.2978	2590	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1993-3.3448	0.3256	115	0.2656	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3448-3.5209	0.2944	144	0.2477	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5209-3.7413	0.2973	145	0.2408	2621	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7413-4.0297	0.2812	170	0.2312	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0297-4.4345	0.2524	118	0.1991	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4345-5.0744	0.1833	130	0.1631	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0744-6.3864	0.2742	139	0.2415	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3864-34.1874	0.2546	135	0.2314	2659	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6038	-1.2666	2.3172	8.0589	-0.3297	4.3185	0.3377	-0.3618	-0.3282	0.8131	-0.0972	0.4313	0.3572	-0.7035	-0.1622	0.5777	-0.0687	0.0864	0.558	0.0827	0.5615	-19.0064	-3.5281	160.428
2	7.3411	-0.8914	0.4721	6.9863	1.0493	2.685	0.0817	-0.5265	-0.7435	0.566	0.2252	0.009	0.5806	0.2357	-0.3433	0.74	0.121	-0.1248	0.4515	-0.019	0.4074	2.145	-5.194	164.6668
3	2.5234	-0.2911	-2.0615	4.8668	2.7812	8.7805	-0.1381	-0.2641	-0.1046	0.7924	0.4631	-0.5184	0.5574	0.3416	-0.3751	0.5308	0.0457	-0.1049	0.4645	-0.0346	0.3983	10.4071	8.761	167.479
4	7.164	-2.3962	0.1954	8.0142	-1.0379	8.225	-0.1113	0.2553	0.1399	-0.1494	0.3126	-0.7171	0.2003	0.4496	-0.1692	0.4927	-0.1382	0.0129	0.6124	-0.0333	0.4407	12.9835	23.8266	156.4068
5	6.9492	2.2007	3.1205	4.3917	-0.1087	4.5526	-0.3024	0.3295	0.4726	-0.5074	0.2608	0.0813	-0.627	0.5905	0.1171	0.5311	-0.0842	0.0153	0.2557	0.0385	0.2552	-0.6156	31.4988	146.3289
6	5.7285	4.2011	-2.6974	7.6876	-0.7811	6.2349	-0.104	0.1211	0.7958	-0.4848	0.0528	0.7228	-0.5337	-0.3373	0.031	0.5393	-0.0091	-0.1386	0.3905	0.055	0.4993	-17.0118	25.9576	142.8781
7	7.5861	-1.8393	2.9862	3.4379	0.0263	7.2305	-0.1923	-0.0871	0.0564	0.3976	-0.1422	0.3317	-0.1689	-0.4364	0.3178	0.3814	-0.0001	0.0497	0.5054	0.0192	0.5676	-25.5027	8.6503	148.8835
8	5.9991	1.4475	-1.6761	6.1738	-2.7151	3.4843	0.517	1.1233	0.3526	-1.6069	-0.3312	1.0811	-0.3805	-1.2084	-0.142	0.8759	0.3397	-0.2134	0.7415	0.191	0.7624	-23.2448	46.856	182.5027
9	7.3738	-1.0135	1.2012	7.8919	0.7624	5.0247	0.1686	0.4331	1.0405	-0.9009	0.1177	-0.4493	-0.7895	0.147	-0.1744	0.6858	-0.0038	0.1032	0.4195	0.0592	0.6592	-2.5749	48.5498	188.2462
10	3.3511	-0.7812	0.0371	6.9636	2.0631	5.8385	0.095	0.3272	0.1853	-0.61	0.2663	-1.0001	-0.1568	0.2867	-0.3397	0.3457	0.0298	0.069	0.2466	-0.011	0.2775	5.7991	34.2021	188.8927
11	7.5201	1.9358	-0.8334	4.521	0.1712	5.1159	0.0425	-0.4446	-0.0938	0.5098	0.3081	-0.2938	0.1344	0.6254	-0.3683	0.6613	0.1259	-0.058	0.4791	-0.0191	0.3656	2.7075	19.1849	199.5564
12	6.2088	0.2286	-3.8143	3.5519	0.3633	5.3907	-0.2606	-0.3688	-0.7209	0.8348	0.2716	0.5998	0.4505	0.1515	0.15	0.6981	0.0851	0.1562	0.2995	0.0851	0.5316	-13.9489	11.7927	202.8543
13	4.7317	-3.8413	1.3871	6.9975	-0.0356	6.3112	-0.0653	0.2363	-0.1575	0.231	0.0206	1.4798	0.2509	-0.3049	0.1347	0.5819	-0.0947	0.1119	0.5232	0.104	1.1484	-30.3009	17.3559	198.5579
14	4.7925	4.2636	-0.227	4.5768	1.6142	7.5007	0.1126	0.5664	-0.3047	-0.063	0.1754	1.9134	-0.3576	-1.2251	-0.3815	0.6871	0.1545	-0.1647	0.9437	0.0619	1.4243	-34.2425	34.3813	190.4266
15	9.5188	-3.8269	4.628	9.2899	-1.3286	9.1589	-0.629	-0.3963	-2.28	0.2546	0.8911	3.5669	0.7831	-0.4548	-0.3066	1.4398	0.0918	-0.0213	0.8496	-0.0205	1.8909	-17.2121	35.8909	199.1215
16	3.9902	3.4722	4.079	3.8116	4.3433	4.9396	-1.775	3.6276	0.538	-2.2294	0.5147	1.6722	-1.9748	0.4295	1.2461	1.4119	-0.2419	-0.3472	1.4941	-0.2494	1.3461	-5.328	6.2177	150.0627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain N
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain O
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain P

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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