PDB-4m4z: SH3 and SH2 domains of human Src-like adaptor protein 2 (SLAP2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m4z

タイトル

SH3 and SH2 domains of human Src-like adaptor protein 2 (SLAP2)

要素

Src-like-adapter 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH3 and SH2 domains / Adaptor

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen receptor-mediated signaling pathway / B cell mediated immunity / negative regulation of calcium-mediated signaling / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of immune response / signaling adaptor activity / Negative regulation of FLT3 / T cell activation / late endosome / endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wybenga-Groot, L.E. / McGlade, C.J.

引用

ジャーナル: Cell Signal / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of Src-like adaptor protein 2 reveals close association of SH3 and SH2 domains through beta-sheet formation.
著者: Wybenga-Groot, L.E. / McGlade, C.J.

履歴

登録	2013年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m4z.cif.gz	76.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m4z.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lckS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2rml-d 3enc-d 1fe0-d 2egd-d 6scq-d 3lwk-d 1gyw-1 3sd4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Src-like-adapter 2

18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.460, 42.430, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Src-like-adapter 2 / Modulator of antigen receptor signaling / MARS / Src-like adapter protein 2 / SLAP-2 分子量: 18786.291 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C20orf156, SLA2, SLAP2 / プラスミド: pETM-30-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9H6Q3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M Lithium chloride, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月11日
放射	モノクロメーター: VARIMAX VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→31.17 Å / Num. all: 8539 / Num. obs: 8539 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 687 / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	28.44 Å
Translation	3 Å	28.44 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	0.1.29	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LCK

1lck

解像度: 2.1→28.445 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	428	5.02 %	Random
R_work	0.1817	-	-	-
obs	0.1839	8528	97.03 %	-
all	-	8528	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.25 Å² / B_iso mean: 41.9821 Å² / B_iso min: 14.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1183	0	0	64	1247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1232
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	1683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.23	434

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.4038	0.2855	140	0.2109	2641	2781	95
2.4038-3.028	0.3121	146	0.214	2679	2825	97
3.028-28.445	0.1717	142	0.1598	2780	2922	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3306	3.6678	-1.5161	5.9099	-1.7105	4.8145	0.0122	0.584	-0.0916	-0.8378	-0.0449	-0.7237	-0.6388	0.6829	0.1831	0.3155	-0.0477	0.0475	0.3005	0.0435	0.2801	1.6	-7.0847	-15.8333
2	1.6643	0.2573	1.3068	0.3036	0.0805	1.0788	0.019	0.6623	0.1899	-0.214	0.2721	0.2551	-0.184	-0.2832	0.0082	0.9583	0.2388	-0.1386	0.5908	0.1304	0.252	-6.4274	-3.061	-25.5381
3	3.3657	0.7345	-2.7031	5.2298	-0.1219	2.2146	0.2851	0.3243	0.5608	0.2118	-0.3516	0.108	-0.9344	-0.0381	-0.2667	0.7888	-0.0922	-0.0332	0.361	0.1722	0.2071	-0.8272	-3.7666	-22.9225
4	4.9067	2.6846	-3.5751	3.259	-3.1101	3.3543	-0.3144	0.2788	-0.2175	-1.1026	0.0375	-0.3316	-0.3097	-0.0378	0.2016	0.5348	-0.0811	0.0524	0.465	0.0202	0.2086	-2.471	-8.5292	-22.3053
5	6.8813	-5.0886	-3.6706	3.7705	2.7987	5.6345	0.504	0.9656	0.721	-0.3027	-0.3861	-0.1887	-0.2321	-0.4975	-0.183	0.2605	0.0393	0.0609	0.3313	0.1244	0.3148	-13.7142	-6.7603	-11.6705
6	8.2601	1.2303	-2.732	0.789	-2.2023	6.4114	0.0404	0.046	0.2244	-0.0849	0.0469	-0.6826	0.1333	0.2659	-0.1592	0.1509	0.0208	-0.0068	0.124	0.0398	0.2792	-5.1607	-11.825	-3.3513
7	4.5252	-0.7262	-0.7019	2.6362	-1.1175	1.2486	0.2108	0.3165	-0.5513	-0.1557	-0.1085	0.2866	0.252	-0.0086	-0.1015	0.1739	0	-0.0403	0.1682	-0.0419	0.2432	-17.0181	-15.3722	-3.6
8	1.3903	2.137	0.9721	3.7196	2.0321	1.3517	-0.4112	-0.5805	-1.1787	-0.0422	-0.1932	0.1685	0.8195	0.0003	0.0861	0.2355	-0.0073	0.0766	0.2567	0.0909	0.4641	-30.0388	-9.7094	-1.9861
9	8.2716	-2.6583	-0.3774	1.7728	1.3402	4.6014	-0.241	-0.2494	0.4798	-0.0087	0.1461	-0.2707	-0.0165	-0.0815	0.0953	0.1604	0.0163	0.0331	0.1295	-0.0162	0.2631	-19.031	-6.0251	2.2516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 58 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 65 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 78 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 79 through 89 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 90 through 100 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 117 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 118 through 161 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 162 through 168 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 169 through 192 )	A

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)