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- PDB-4m4j: Radiation damage study of Cu T6-insulin - 0.30 MGy -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4j
タイトルRadiation damage study of Cu T6-insulin - 0.30 MGy
要素(Insulin) x 2
キーワードHORMONE / Copper binding
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / response to growth hormone / feeding behavior / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Frankaer, C.G. / Harris, P. / Stahl, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Towards accurate structural characterization of metal centres in protein crystals: the structures of Ni and Cu T6 bovine insulin derivatives.
著者: Frankaer, C.G. / Mossin, S. / Stahl, K. / Harris, P.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6146
ポリマ－11,4874
非ポリマー1272
水1,00956
1
A: Insulin
B: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8073
ポリマ－5,7442
非ポリマー641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3480 Å2
手法PISA
2
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8073
ポリマ－5,7442
非ポリマー641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.650, 80.650, 33.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

CU

21D-101-

CU

31D-212-

HOH

41D-224-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 断片: INSULIN A CHAIN (UNP RESIDUES 85-105) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド Insulin


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 断片: INSULIN B CHAIN (UNP RESIDUES 25-54) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.05M sodium citrate, 15%(v/v) acetone, 7.5mM copper(II)acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日
放射モノクロメーター: Multilayered mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→16.75 Å / Num. all: 6368 / Num. obs: 6340 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→16.746 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 293 4.62 %Random
Rwork0.1686 ---
obs0.1711 6337 99.62 %-
all-6368 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→16.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数783 0 2 56 841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007829
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0341119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.584290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004146
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.39340.26511420.18753034X-RAY DIFFRACTION100
2.3934-16.74680.20461510.16073010X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.95653.0655-0.67767.8633-1.68483.2655-0.2299-0.0895-0.1983-0.17920.16860.83540.6729-0.9790.06730.1776-0.08750.0020.36350.090.1961-5.6991-13.35812.236
21.17340.06990.74296.0406-1.75322.46950.0245-0.0769-0.16470.01460.07170.32270.1566-0.1401-0.10080.2108-0.014-0.0110.06060.08710.2432-2.4435-19.9293-6.6349
32.7508-0.5990.07173.07414.41676.67520.04920.21620.2238-0.3136-0.1312-0.0414-0.2318-0.2060.06970.11310.0105-0.03040.06990.02050.0837-2.7818-9.0093-9.6576
44.1752-0.54721.20321.58451.0211.93850.1547-0.1262-0.27080.1561-0.03750.01520.3754-0.2774-0.09930.1005-0.0694-0.06940.11070.02830.0746-12.5825-12.1675-11.2344
52.04520.22870.22283.5904-2.89852.4211-0.18260.46150.0777-0.7887-0.07450.38090.0045-0.48950.23460.24960.0194-0.0490.3387-0.04370.1032-13.6536-5.0481-24.1063
69.63970.6602-0.59428.7812-1.2689.35940.2910.05330.5320.05090.04220.3592-0.5549-0.6495-0.28260.13060.01120.02530.3286-0.02650.1456-19.9591-1.7983-15.3367
76.10810.2183-6.85572.6245-0.4397.70880.0867-0.3490.18010.1410.0265-0.1232-0.09180.2942-0.10340.06-0.0056-0.01250.08840.01640.079-9.3349-2.7364-11.7942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:8 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 13:19 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 9:18 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 23:27 ) OR CHAIN D AND (RESID 23:27 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND (RESID 1:8 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 13:19 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND (RESID 9:18 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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