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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m4i | ||||||
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タイトル | Radiation damage study of Cu T6-insulin - 0.12 MGy | ||||||
要素 | (Insulin) x 2 | ||||||
キーワード | HORMONE / Copper binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / response to growth hormone / feeding behavior / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Frankaer, C.G. / Harris, P. / Stahl, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Towards accurate structural characterization of metal centres in protein crystals: the structures of Ni and Cu T6 bovine insulin derivatives. 著者: Frankaer, C.G. / Mossin, S. / Stahl, K. / Harris, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m4i.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m4i.ent.gz | 34.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m4/4m4i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 断片: INSULIN A CHAIN (UNP RESIDUES 85-105) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 断片: INSULIN B CHAIN (UNP RESIDUES 25-54) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.05M sodium citrate, 15%(v/v) acetone, 7.5mM copper(II)acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: Multilayered mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→16.75 Å / Num. all: 6368 / Num. obs: 6340 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→16.746 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→16.746 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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