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- PDB-4m4d: Crystal structure of lipopolysaccharide binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4d
タイトルCrystal structure of lipopolysaccharide binding protein
要素Lipopolysaccharide-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / beta barrel / immune response / lipopolysaccharide / blood
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytolysis / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / macromolecule localization / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / detection of molecule of bacterial origin / lipoteichoic acid binding / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / opsonization ...positive regulation of cytolysis / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / macromolecule localization / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / detection of molecule of bacterial origin / lipoteichoic acid binding / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / opsonization / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of membrane permeability / lipopolysaccharide transport / positive regulation of phagocytosis, engulfment / lipopeptide binding / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / cellular response to lipoteichoic acid / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of chemokine production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / lipopolysaccharide binding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / signaling receptor binding / cell surface / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide-binding protein / Lipid binding protein BPI/LBP / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain ...Lipopolysaccharide-binding protein / Lipid binding protein BPI/LBP / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Lipopolysaccharide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.909 Å
データ登録者Eckert, J.K. / Kim, Y.J. / Kim, J.I. / Gurtler, K. / Oh, D.Y. / Ploeg, A.H. / Pickkers, P. / Lundvall, L. / Hamann, L. / Giamarellos-Bourboulis, E. ...Eckert, J.K. / Kim, Y.J. / Kim, J.I. / Gurtler, K. / Oh, D.Y. / Ploeg, A.H. / Pickkers, P. / Lundvall, L. / Hamann, L. / Giamarellos-Bourboulis, E. / Kubarenko, A.V. / Weber, A.N. / Kabesch, M. / Kumpf, O. / An, H.J. / Lee, J.O. / Schumann, R.R.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of lipopolysaccharide binding protein reveals the location of a frequent mutation that impairs innate immunity.
著者: Eckert, J.K. / Kim, Y.J. / Kim, J.I. / Gurtler, K. / Oh, D.Y. / Sur, S. / Lundvall, L. / Hamann, L. / van der Ploeg, A. / Pickkers, P. / Giamarellos-Bourboulis, E. / Kubarenko, A.V. / Weber, ...著者: Eckert, J.K. / Kim, Y.J. / Kim, J.I. / Gurtler, K. / Oh, D.Y. / Sur, S. / Lundvall, L. / Hamann, L. / van der Ploeg, A. / Pickkers, P. / Giamarellos-Bourboulis, E. / Kubarenko, A.V. / Weber, A.N. / Kabesch, M. / Kumpf, O. / An, H.J. / Lee, J.O. / Schumann, R.R.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide-binding protein
B: Lipopolysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,40614
ポリマ－103,6132
非ポリマー3,79212
水00
1
A: Lipopolysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7037
ポリマ－51,8071
非ポリマー1,8966
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipopolysaccharide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7037
ポリマ－51,8071
非ポリマー1,8966
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.282, 59.906, 119.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide-binding protein / LBP


分子量: 51806.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lbp / プラスミド: pVL1393 / 細胞株 (発現宿主): Hi-Five / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61805
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG 8000, 100mM MOPS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.00599 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月4日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00599 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 22868 / Num. obs: 21741 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 73.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique all: 2094 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EWF

1ewf


解像度: 2.909→19.891 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 34.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 1083 4.99 %RANDOM
Rwork0.2299 ---
all0.2322 21732 --
obs0.2322 21687 91.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.909→19.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6954 0 258 0 7212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6719663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6572652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111244
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9088-3.04070.40791130.2832215077
3.0407-3.20040.36431300.2986249389
3.2004-3.40.32751400.2635264295
3.4-3.6610.33351410.2491272997
3.661-4.02660.29181440.222270796
4.0266-4.6030.23161430.1988273296
4.603-5.77570.24951380.2224260692
5.7757-19.8910.2421340.2205254587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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