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万見
- PDB-4m3p: Betaine-Homocysteine S-Methyltransferase from Homo sapiens comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3p
タイトルBetaine-Homocysteine S-Methyltransferase from Homo sapiens complexed with Homocysteine
要素Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Alpha and beta proteins (a/b) / TIM beta/alpha-barrel / methyltransferase activity / homocysteine S-methyltransferase activity / transferase activity / metal ion binding / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / protein complex binding / betaine / homocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation ...regulation of homocysteine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase / amino-acid betaine metabolic process / betaine-homocysteine S-methyltransferase activity / L-methionine salvage / amino-acid betaine catabolic process / Sulfur amino acid metabolism / Choline catabolism / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / protein methylation / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Betaine-homocysteine S-methyltransferase, BHMT / Homocysteine-binding-like domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / : / S,R MESO-TARTARIC ACID / Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Koutmos, M. / Yamada, K. / Mladkova, J. / Paterova, J. / Diamond, C.E. / Tryon, K. / Jungwirth, P. / Garrow, T.A. / Jiracek, J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Specific potassium ion interactions facilitate homocysteine binding to betaine-homocysteine S-methyltransferase.
著者: Mladkova, J. / Hladilkova, J. / Diamond, C.E. / Tryon, K. / Yamada, K. / Garrow, T.A. / Jungwirth, P. / Koutmos, M. / Jiracek, J.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年4月3日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
B: Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
C: Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
D: Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,38018
ポリマ－180,1224
非ポリマー1,25914
水11,602644
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20430 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area54010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.097, 102.617, 96.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Betaine--homocysteine S-methyltransferase 1


分子量: 45030.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BHMT / プラスミド: pTYB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q93088, betaine-homocysteine S-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 658分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#5: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細R239Q IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 20.0% PEG5000 MME, 0.2 M sodium/potassium tartrate, 1.4% 1,2,3-heptanetriol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→45.222 Å / Num. all: 129862 / Num. obs: 128582 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.895→2.01 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 19787 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
EPMR位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LT8

1lt8


解像度: 1.895→45.222 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.334 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21852 6476 5 %RANDOM
Rwork0.18021 ---
obs0.18214 122106 99.01 %-
all-123327 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20.42 Å2
2--2.05 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→45.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11469 0 60 644 12173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.95915983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.806325980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51651463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21824.063539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.009151989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9511572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022636
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 395 -
Rwork0.246 7870 -
obs--87.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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