PDB-4lzv: Bovine beta-lactoglobulin crystallized in the presence of 20 mM z...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lzv

タイトル

Bovine beta-lactoglobulin crystallized in the presence of 20 mM zinc chloride

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Oelker, M. / Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Non-Classical Pathways of Protein Crystallization in the Presence of Multivalent Metal Ions
著者: Sauter, A. / Oelker, M. / Zocher, G. / Zhang, F. / Stehle, T. / Schreiber, F.

履歴

登録	2013年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lzv.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lzv.ent.gz	57.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/4lzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lzuC 3ph5S 3ph6 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y0r-1 6fxb-2 4y0p-1 4omw-2 2blg-1 3uev-1 6qi6-1 1b0o-1 7bf9-1 4ib8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.820, 89.820, 40.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18301.174 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 17-178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 5.9 詳細: 20 mM zinc chloride, pH 5.9, BATCH, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.238 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.238 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→38.89 Å / Num. all: 7223 / Num. obs: 7223 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 30.57
反射シェル	解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 14.86 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0025	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PH5

3ph5

解像度: 2.44→38.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 15.918 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23316	868	12 %	RANDOM
R_work	0.20366	-	-	-
obs	0.20721	6365	99.48 %	-
all	-	6365	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→38.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1252	0	3	10	1265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.871	1.994	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.644	3	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.551	5	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.158	26.364	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.067	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.582	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.513	8.158	640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.505	8.157	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.328	10.7	800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.349	8.659	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.092	33.858	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.503 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	59	-
R_work	0.237	439	-
obs	-	-	95.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 58.8554 Å / Origin y: -15.3031 Å / Origin z: 3.3378 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0155 Å²	-0.0079 Å²	0.0023 Å²	-	0.0572 Å²	0.0075 Å²	-	-	0.0034 Å²
L	2.0787 °²	-0.0899 °²	0.1946 °²	-	4.0868 °²	0.7774 °²	-	-	3.6801 °²
S	0.0228 Å °	0.0207 Å °	0.0631 Å °	-0.1364 Å °	0.0222 Å °	-0.0203 Å °	-0.1293 Å °	-0.0464 Å °	-0.045 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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