[日本語] English
万見
- PDB-4lzp: Structure of the TIR domain of the immunosuppressor BtpA from Brucella -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzp
タイトルStructure of the TIR domain of the immunosuppressor BtpA from Brucella
要素Putative uncharacterized protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / TIR domain / Virulence factor Immuno suppressor / MyD88 / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / lipid binding / host cell plasma membrane / signal transduction / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable 2' cyclic ADP-D-ribose synthase TcpB
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kaplan-turkoz, B. / O'callaghan, D. / Vergunst, A. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Toll/interleukin 1 receptor (TIR) domain of the immunosuppressive Brucella effector BtpA/Btp1/TcpB
著者: Kaplan-turkoz, B. / Koelblen, T. / Felix, C. / Candusso, M.P. / O'callaghan, D. / Vergunst, A.C. / Terradot, L.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
A: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8074
ポリマ－79,8074
非ポリマー00
水00
1
B: Putative uncharacterized protein
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9032
ポリマ－39,9032
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9032
ポリマ－39,9032
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.143, 73.928, 137.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 19951.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
株: ATCC 23457 / 遺伝子: BMEA_A0279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C0RGW8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5
詳細: 20% Peg4K, 100mM Na Acetate, 200mM ammonium acetate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.4 Å / Num. obs: 43030 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1.1 / Observed criterion σ(I): 1.1 / Rmerge(I) obs: 0.169
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3.15-3.323.60.6681.51768199.2
3.32-3.523.60.472.21683198.4
3.52-3.763.60.343.11574199.1
3.76-4.073.50.2014.51486198.6
4.07-4.453.60.1456.11340198.1
4.45-4.983.50.1028.21235197.8
4.98-5.753.50.1067.41096197.5
5.75-7.043.40.1047.4921196.9
7.04-9.963.50.05211.4727196.4
9.96-48.423.20.03513.7421193.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H16

3h16


解像度: 3.15→48.4 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 1083 4.76 %
Rwork0.2224 --
obs0.2252 22751 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4669 0 0 0 4669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9926403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3721737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006809
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.15-3.29370.38291600.3304272499
3.2937-3.46730.37021150.3023276999
3.4673-3.68440.36871280.2795270698
3.6844-3.96880.32061270.2412275199
3.9688-4.3680.25451430.2092269698
4.368-4.99940.22161320.1717272098
4.9994-6.29660.20551400.1865269097
6.2966-48.42850.23581380.1639261295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.78751.2726-0.25626.2234-0.16975.5314-0.06430.01730.57110.27090.42510.78040.0326-1.144-0.33590.3937-0.13250.07660.69730.00950.642631.894-0.005-56.983
23.03271.9169-0.67853.9844-0.93461.36-0.15980.05310.31720.1701-0.10930.3494-0.1799-0.48280.38230.7005-0.20160.03830.6512-0.3130.683533.8780.36-58.176
32.0212.8387-6.2652.0083-3.11652.01680.3869-1.0239-0.75910.6353-0.1171-0.41110.2932-0.3206-0.15680.6651-0.0341-0.0590.57210.09630.690223.47-5.912-66.021
43.88520.6881-0.31934.41381.28193.2590.220.6893-0.38360.2206-0.31920.8059-0.2819-0.57820.12410.3555-0.0099-0.03880.6693-0.11080.443422.796-2.639-53.751
52.0019.02022.6458.8164-3.16544.30630.1109-0.6109-0.31080.8634-0.0231-0.41990.31350.15730.01980.567-0.1343-0.04160.2341-0.03860.906315.004-9.03-56.463
60.65080.0984-0.91080.44380.17171.15160.2239-1.321-0.49130.66790.0908-0.81420.26020.99460.00961.0287-0.122-0.2034-2.1682-0.40230.723726.517-12.262-54.804
74.52532.60.05583.20621.01833.9861-0.04960.5767-0.5566-0.28050.2566-0.72860.08790.4456-0.18390.3874-0.0432-0.09630.5559-0.20010.592817.729-7.737-44.053
82.491-1.6237-2.52854.4832-0.50663.9756-0.8521-0.0311-0.39780.1335-0.0968-1.0190.05470.7950.94210.38450.0353-0.01540.71660.2030.595130.27-10.479-44.389
93.88130.25981.70278.0405-3.20867.58710.2901-0.3499-0.52170.34740.01890.43020.5196-0.7808-0.32320.5799-0.06190.05430.65040.07460.82539.882-10.939-51.245
100.1032-0.0545-0.33710.07540.26651.1585-0.2212-0.35270.27751.4140.43630.1321-0.4756-0.3786-0.28250.9814-0.0670.051.234-0.10160.469417.507-7.723-12.5
115.54-0.6833-1.39411.3585-1.94445.25340.4787-0.2711-1.1376-0.3595-0.17790.14320.8558-0.0985-0.38760.6358-0.0126-0.16070.53150.0360.508519.9411.405-26.047
127.29922.3357-1.19052.0644-0.26021.3670.4264-1.6188-1.21950.5515-0.2637-0.13180.4404-0.1398-0.22070.4467-0.0782-0.10710.49470.15310.678117.616-0.858-21.501
131.99021.35226.4575.83.21795.10810.5571-1.186-0.59240.7883-0.06041.31390.2284-1.2091-0.20310.6094-0.04540.09511.41240.0670.521228.559-0.474-13.593
144.1449-1.4693-1.13441.9318-1.65053.36330.10320.558-0.0607-0.168-0.04310.33920.5646-0.431-0.11240.3742-0.0461-0.09390.54030.190.407127.40.573-28.25
157.2437-3.59950.19192.01440.99065.23540.0073-0.4857-0.21921.0289-0.07880.7605-0.1963-0.4120.0560.6888-0.14120.0141.51480.1670.477536.7475.038-24.662
164.60320.20581.58821.864-1.26674.1544-0.6134-0.52560.66530.17230.07570.4485-0.3498-0.81060.48950.36770.10390.02860.7133-0.0050.440730.845-6.306-26.077
172.02710.89381.68331.89120.43792.00480.2267-0.62120.7526-0.29250.52980.3787-0.0329-0.1358-0.39430.48510.09220.02710.6595-0.03910.501538.161-1.695-34.823
181.83342.1645-0.27893.604-0.30394.48460.12060.04730.07050.5143-0.2110.14140.09910.10390.06530.4689-0.1907-0.18560.42060.24520.81526.421-10.654-33.645
198.56692.22191.5112.03034.31911.9988-0.06130.60130.4689-0.55670.9443-0.38570.2814-0.0656-0.42950.60380.0289-0.10280.44870.21030.386918.679-14.677-25.955
203.9026-0.6096-3.70922.67680.58822.027-0.2530.3821-1.11960.2927-0.3760.06120.0105-0.23380.28540.5003-0.0784-0.05280.5984-0.01640.6593-2.38817.597-31.939
215.13880.4481-1.4183.9002-1.96654.7464-0.2468-0.11320.5836-1.11360.5162-0.78060.36040.1136-0.31440.5954-0.10990.07580.9418-0.12750.6362-1.4592.341-8.357
224.3489-0.8094-0.82626.35641.6123.7591-0.58710.31390.584-0.9935-0.26730.4038-1.2241-0.39160.72970.73730.2261-0.1481.5394-0.00420.69032.449-2.895-13.607
235.3478-0.8863-1.73484.31361.21257.7630.15730.48230.4485-0.81210.5149-0.7593-0.6502-0.6679-0.45850.5662-0.0628-0.06080.4640.13390.7124-10.6280.431-10.845
246.02380.0005-3.24250.0996-0.47253.8438-0.2199-0.2915-0.2388-0.27590.30690.21680.2279-0.973-0.12910.4708-0.0096-0.10090.8677-0.16940.6674-16.5726.798-12.119
254.1237-1.3226-1.46652.45621.14393.42950.26670.0154-0.2743-0.2118-0.31660.2403-0.042-0.23740.1290.48550.0253-0.14890.4427-0.16130.5561-6.5967.301-22.51
265.4881-1.38561.50014.01460.57810.65710.3181.4747-0.3098-1.01870.00420.2150.0009-0.0950.02110.65310.2604-0.16711.06-0.39550.7689-13.7274.198-55.167
273.8469-2.7969-1.39747.9126-1.56793.0502-0.442-0.5712-0.62040.6109-0.24410.5520.1304-1.1060.40670.58320.1417-0.09620.787-0.21780.6301-15.205-6.092-40.397
282.665-2.9858-0.08854.9514-0.53261.83940.32950.7003-0.3786-0.88510.11150.2245-0.0602-1.55620.00950.5661-0.0004-0.27270.7404-0.2070.7847-16.33-1.143-47.995
292.8146-1.14790.88354.05050.65643.95890.36741.2406-0.1231-1.3943-0.6198-0.2258-0.2935-0.01450.16970.98920.2773-0.11550.7645-0.20980.5469-6.254-0.349-53.114
304.978-0.75810.6596.86421.7150.861-0.56120.0359-0.63010.4260.09340.23240.52690.03760.2510.47040.0121-0.09440.3321-0.12650.5285-3.375-8.631-39.55
311.9972-8.3968-2.95178.0806-2.62658.83880.21480.20920.1647-0.30790.0039-0.1366-0.7451-0.07380.07740.4292-0.0019-0.03760.8692-0.07380.60084.486-2.555-46.76
321.6334-1.66012.32073.64450.28967.08340.3774-0.41550.6555-0.811-0.5436-0.619-0.35960.64380.24870.3808-0.19890.04620.8571-0.16170.738-3.3155.84-46.406
333.3023-4.4397-1.50672.08331.37872.07030.094-1.0184-0.20760.57440.7660.04220.26070.2273-0.98980.590.0585-0.00930.517-0.02680.5986-0.002-1.566-32.487
344.9123-1.28911.83494.058-1.45731.2454-0.6364-0.12810.4729-0.57790.1857-0.74720.0865-0.3180.33070.43270.01190.01180.3677-0.0630.423-2.9776.446-36.89
359.18561.4533-3.51852.0145-2.10262.007-0.03350.25340.6216-0.0038-0.04210.0797-0.8219-0.1352-0.05060.7566-0.0577-0.18010.395-0.04830.4345-15.05712.614-43.703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 143 through 158 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 159 through 185 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 186 through 196 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 197 through 214 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 215 through 221 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 222 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 237 through 253 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 254 through 263 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 264 through 275 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 143 through 145 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 146 through 158 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 159 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 198 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 199 through 210 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 211 through 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 221 through 240 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 241 through 253 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 254 through 263 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 264 through 275 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 100 through 132 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 133 through 153 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 154 through 179 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 180 through 211 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 212 through 231 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 232 through 275 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 141 through 149 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 150 through 158 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 159 through 185 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 186 through 204 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 205 through 214 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 215 through 222 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 223 through 236 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 237 through 247 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 248 through 263 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 264 through 275 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る