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- PDB-4lxs: Structure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Droso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxs
タイトルStructure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity (glycosylated form)
要素
  • Protein spaetzle C-106
  • Protein toll
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / TLR / LEUCINE-RICH REPEAT / IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE RECEPTOR / EMBRYONIC DEVELOPMENT / INNATE IMMUNITY / RECEPTOR-LIGAND COMPLEX / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antimicrobial peptide biosynthetic process / positive regulation of antifungal peptide biosynthetic process / defense response to oomycetes / positive regulation of hemocyte proliferation / regulation of embryonic pattern specification / Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade / response to tumor cell / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / synaptic target inhibition ...positive regulation of antimicrobial peptide biosynthetic process / positive regulation of antifungal peptide biosynthetic process / defense response to oomycetes / positive regulation of hemocyte proliferation / regulation of embryonic pattern specification / Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade / response to tumor cell / Formation of the trans-membrane 'signalling complex' / Adaptor protein complex binds to TL receptor at the plasma membrane / synaptic target inhibition / DL and DIF homodimers bind to TUB and phosphorylated PLL in the TL receptor 'signalling complex' / DL and DIF homodimers complexed with CACT are all phosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Activated PLL kinase is autophosphorylated in the TL receptor 'signalling complex' / Phosphorylated CACT, DL and DIF homodimers dissociate from the TL receptor 'signalling complex' / PLL kinase binds to TUB in the TL receptor 'signalling complex' / positive regulation of antifungal peptide production / positive regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-positive bacteria / Toll binding / TIR domain binding / central nervous system formation / oocyte dorsal/ventral axis specification / larval somatic muscle development / cell competition in a multicellular organism / positive regulation of antimicrobial peptide production / antifungal innate immune response / Neutrophil degranulation / Toll signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / detection of virus / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / dorsal/ventral pattern formation / virion binding / motor neuron axon guidance / cytokine receptor activity / negative regulation of multicellular organism growth / cytokine binding / cleavage furrow / defense response to fungus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / synapse assembly / cytokine activity / growth factor activity / response to hydrogen peroxide / negative regulation of cell growth / response to wounding / transmembrane signaling receptor activity / heart development / signaling receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / negative regulation of neuron apoptotic process / killing of cells of another organism / early endosome / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spaetzle / : / Spaetzle / Leucine rich repeat C-terminal domain / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Spaetzle / : / Spaetzle / Leucine rich repeat C-terminal domain / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Toll-like receptor / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Cystine-knot cytokine / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein toll / Protein spaetzle
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Stelter, M. / Parthier, C. / Breithaupt, C. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the Toll-Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity.
著者: Parthier, C. / Stelter, M. / Ursel, C. / Fandrich, U. / Lilie, H. / Breithaupt, C. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein toll
J: Protein spaetzle C-106
K: Protein spaetzle C-106
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,60916
ポリマ－115,6463
非ポリマー4,96413
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12390 Å2
ΔGint61 kcal/mol
Surface area41520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.278, 76.824, 123.822
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 AJK

#1: タンパク質 Protein toll


分子量: 89632.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-802 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Tl, CG5490
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: P08953
#2: タンパク質 Protein spaetzle C-106


分子量: 13006.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: spz, CG6134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P48607

-
糖 , 4種, 12分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 5% (v/v) propan-2-ol, 10% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射モノクロメーター: BESSY BL 14.2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
Reflection数: 43793 / Rmerge(I) obs: 0.15 / D res high: 3.91 Å / Num. obs: 22848 / % possible obs: 93.8
反射解像度: 3.3→34 Å / Num. all: 19867 / Num. obs: 18492 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 80.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.04 Å / D res low: 46.15 Å / FOM acentric: 0.277 / FOM centric: 0.204 / Reflection acentric: 24647 / Reflection centric: 1406
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_13.0446.150011103774
ISO_23.0446.150.6670.6811082750
ISO_33.0446.151.2451.23611065748
ISO_43.0446.151.5821.48611047744
ANO_13.0446.151.0460104740
ANO_23.0446.150.9260151470
ANO_33.0446.150.6870199880
ANO_43.0446.150.3450237770
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
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ISO_19.43-13.070049061
ISO_17.75-9.430064165
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ISO_16.04-6.740087667
ISO_15.52-6.040097466
ISO_15.12-5.5200106367
ISO_14.79-5.1200110373
ISO_14.52-4.7900119470
ISO_14.29-4.5200124673
ISO_14.09-4.2900133269
ISO_13.92-4.0900120657
ISO_13.77-3.920020
ISO_13.63-3.770000
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ANO_15.12-5.520.903010080
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ANO_23.3-3.40000
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ISO_36.74-7.752.1941.58175661
ISO_36.04-6.741.8551.38887466
ISO_35.52-6.041.5151.0497363
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ISO_34.52-4.790.7340.591119169
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ISO_34.09-4.290.5130.386132767
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ISO_33.77-3.920.328010
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ISO_33.51-3.630000
ISO_33.4-3.510000
ISO_33.3-3.40000
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ANO_313.07-46.152.72302040
ANO_39.43-13.072.82304570
ANO_37.75-9.432.93606140
ANO_36.74-7.752.28207280
ANO_36.04-6.741.72108400
ANO_35.52-6.041.31509480
ANO_35.12-5.521.109010420
ANO_34.79-5.120.875010880
ANO_34.52-4.790.708011700
ANO_34.29-4.520.531012220
ANO_34.09-4.290.411013050
ANO_33.92-4.090.313013330
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ANO_33.63-3.770.177015080
ANO_33.51-3.630.142015290
ANO_33.4-3.510.103015620
ANO_33.3-3.40.089016430
ANO_33.2-3.30.075013610
ANO_33.12-3.20000
ANO_33.04-3.120000
ISO_413.07-46.153.1182.60621339
ISO_49.43-13.072.6541.8648560
ISO_47.75-9.432.4851.97363863
ISO_46.74-7.752.2531.61275462
ISO_46.04-6.741.9331.51787364
ISO_45.52-6.041.5621.11296964
ISO_45.12-5.521.2490.913105763
ISO_44.79-5.120.9250.655109871
ISO_44.52-4.790.7450.651119070
ISO_44.29-4.520.6540.613124272
ISO_44.09-4.290.5840.43132663
ISO_43.92-4.090.4810.364120053
ISO_43.77-3.920.48020
ISO_43.63-3.770000
ISO_43.51-3.630000
ISO_43.4-3.510000
ISO_43.3-3.40000
ISO_43.2-3.30000
ISO_43.12-3.20000
ISO_43.04-3.120000
ANO_413.07-46.151.65601880
ANO_49.43-13.072.02804560
ANO_47.75-9.432.03706070
ANO_46.74-7.751.55807240
ANO_46.04-6.741.16708280
ANO_45.52-6.040.93309100
ANO_45.12-5.520.726010150
ANO_44.79-5.120.585010560
ANO_44.52-4.790.456011500
ANO_44.29-4.520.339011960
ANO_44.09-4.290.249012900
ANO_43.92-4.090.199013240
ANO_43.77-3.920.131014420
ANO_43.63-3.770.105015060
ANO_43.51-3.630.076015310
ANO_43.4-3.510.06015870
ANO_43.3-3.40.052016740
ANO_43.2-3.30.041017590
ANO_43.12-3.20.035017470
ANO_43.04-3.120.029017870
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1150.90829.2418.435SM111.541.08
2166.84564.4728.396SM130.650.92
3193.37982.1169.079SM134.611.08
4167.2568.10545.159SM202.411.07
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
13.07-46.150.8730.6922542
9.43-13.070.8360.54349069
7.75-9.430.8190.57864468
6.74-7.750.7730.52875867
6.04-6.740.7120.42787870
5.52-6.040.6550.34997571
5.12-5.520.5790.266106568
4.79-5.120.4970.201110973
4.52-4.790.440.167120371
4.29-4.520.3680.151125574
4.09-4.290.3020.098133470
3.92-4.090.2550.103137474
3.77-3.920.1760.067148575
3.63-3.770.1410.07155673
3.51-3.630.0990.046158377
3.4-3.510.0640.032162071
3.3-3.40.0520.031170872
3.2-3.30.0340.029178771
3.12-3.20.0150.006177975
3.04-3.120.0130.005181975

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LXR

4lxr


解像度: 3.3→33.948 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 925 5.01 %
Rwork0.2066 --
obs0.2094 18480 93.59 %
all-18492 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.8766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6986 0 325 0 7311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94710140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2992848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.47390.39061170.30382205X-RAY DIFFRACTION82
3.4739-3.69130.32821230.24742329X-RAY DIFFRACTION89
3.6913-3.97590.24281310.20642508X-RAY DIFFRACTION94
3.9759-4.37520.24671360.17962588X-RAY DIFFRACTION97
4.3752-5.00660.23391380.16592620X-RAY DIFFRACTION98
5.0066-6.30120.25121390.22352646X-RAY DIFFRACTION98
6.3012-33.94940.25691410.20142659X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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