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- PDB-4lx4: Crystal Structure Determination of Pseudomonas stutzeri endogluca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lx4
タイトルCrystal Structure Determination of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A using a Twinned Data Set
要素Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / CELLULASE / TIM BARREL / BETA-1 / 4-ENDOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.556 Å
データ登録者Dutoit, R. / Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structure determination of Pseudomonas stutzeri A1501 endoglucanase Cel5A: the search for a molecular basis for glycosynthesis in GH5_5 enzymes.
著者: Dutoit, R. / Delsaute, M. / Collet, L. / Vander Wauven, C. / Van Elder, D. / Berlemont, R. / Richel, A. / Galleni, M. / Bauvois, C.
#1: ジャーナル: ISME J / 年: 2009
タイトル: Insights into bacterial cellulose biosynthesis by functional metagenomics on Antarctic soil samples.
著者: Berlemont, R. / Delsaute, M. / Pipers, D. / D'Amico, S. / Feller, G. / Galleni, M. / Power, P.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Nitrogen fixation island and rhizosphere competence traits in the genome of root-associated Pseudomonas stutzeri A1501.
著者: Yan, Y. / Yang, J. / Dou, Y. / Chen, M. / Ping, S. / Peng, J. / Lu, W. / Zhang, W. / Yao, Z. / Li, H. / Liu, W. / He, S. / Geng, L. / Zhang, X. / Yang, F. / Yu, H. / Zhan, Y. / Li, D. / Lin, ...著者: Yan, Y. / Yang, J. / Dou, Y. / Chen, M. / Ping, S. / Peng, J. / Lu, W. / Zhang, W. / Yao, Z. / Li, H. / Liu, W. / He, S. / Geng, L. / Zhang, X. / Yang, F. / Yu, H. / Zhan, Y. / Li, D. / Lin, Z. / Wang, Y. / Elmerich, C. / Lin, M. / Jin, Q.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
B: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
C: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
D: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,3568
ポリマ－148,8674
非ポリマー4894
水20,3751131
1
A: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3392
ポリマ－37,2171
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3392
ポリマ－37,2171
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3392
ポリマ－37,2171
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3392
ポリマ－37,2171
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.390, 82.900, 104.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein


分子量: 37216.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
株: A1501 / 遺伝子: PST_2494 / プラスミド: pET-22b:Ps_Cel5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4VME5, cellulase
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.04 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ps_Cel5A (27 microM) in 50 mM sodium phosphate pH 7.0, was mixed 1:1 with well buffer (100 mM tris pH 5.9 with 22.5 % v/v polyethylene glycol 600) using the hanging drop method with 500 uL ...詳細: Ps_Cel5A (27 microM) in 50 mM sodium phosphate pH 7.0, was mixed 1:1 with well buffer (100 mM tris pH 5.9 with 22.5 % v/v polyethylene glycol 600) using the hanging drop method with 500 uL well buffer in the well of the crystallization tray. Crystals obtained by this method were soaked 1 hour in 100 mM Tris pH 5.9 with 30% v/v polyethylene glycol 600., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979639 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979639 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.556→48.279 Å / Num. all: 157788 / Num. obs: 157658 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 7.07 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 12421 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER(phenix.automr: 1.8.2_1309)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EE9

4ee9


解像度: 1.556→48.279 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 8444 5.36 %INHERITED
Rwork0.2196 ---
obs0.2236 157658 91.58 %-
all-157658 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.556→48.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10315 0 32 1131 11478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17714487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0843868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5565-1.58340.30734190.29467952X-RAY DIFFRACTION93
1.5834-1.61220.28854300.27898160X-RAY DIFFRACTION95
1.6122-1.64320.29064290.2758162X-RAY DIFFRACTION95
1.6432-1.67670.27854290.2718151X-RAY DIFFRACTION95
1.6767-1.71320.27354260.2738083X-RAY DIFFRACTION95
1.7132-1.7530.2944290.26128160X-RAY DIFFRACTION95
1.753-1.79690.2684290.26088147X-RAY DIFFRACTION95
1.7969-1.84540.25064280.25348145X-RAY DIFFRACTION95
1.8454-1.89980.29061820.25683440X-RAY DIFFRACTION40
1.8998-1.96110.29312080.26043971X-RAY DIFFRACTION46
1.9611-2.03120.25764280.24798126X-RAY DIFFRACTION95
2.0312-2.11250.27074280.24748129X-RAY DIFFRACTION95
2.1125-2.20860.24484310.23138183X-RAY DIFFRACTION95
2.2086-2.32510.24321920.23243661X-RAY DIFFRACTION43
2.3251-2.47070.2334300.22068172X-RAY DIFFRACTION95
2.4707-2.66150.24724310.22348183X-RAY DIFFRACTION95
2.6615-2.92930.23794310.21058193X-RAY DIFFRACTION95
2.9293-3.35310.23184320.20428192X-RAY DIFFRACTION95
3.3531-4.22410.19484320.18078223X-RAY DIFFRACTION95
4.2241-47.22860.19354390.17938325X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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