PDB-4lvn: Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lvn

タイトル

Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex

要素

(Subtilisin-like serine ...) x 2
NIMP.M7 Fab heavy chain
NIMP.M7 Fab light chain

キーワード

hydrolase/inhibitor/immune system / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / hydrolase-inhibitor-immune system complex

機能・相同性

機能・相同性情報

subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin.
著者: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J.

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lvn.cif.gz	342.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lvn.ent.gz	277.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lvn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lvn_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lvn_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	4lvn_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	4lvn_validation.cif.gz	45.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lvoC 1bh6S 1mlcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lvo-d 6s3t-1 4q6i-1 4q6i-3 6s3t-3 6wh9-2 6id4-1 6s3t-2 4s1r-d 6iek-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Subtilisin-like serine protease

B: NIMP.M7 Fab light chain

C: NIMP.M7 Fab heavy chain

P: Subtilisin-like serine protease

ヘテロ分子

96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.500, 74.790, 78.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Subtilisin-like serine ... , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質	Subtilisin-like serine protease 分子量: 38380.195 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin
#4: タンパク質	Subtilisin-like serine protease 分子量: 10509.888 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin

-
抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体	NIMP.M7 Fab light chain 分子量: 23110.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	NIMP.M7 Fab heavy chain 分子量: 23838.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 219分子

#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: Pilatus 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→71.52 Å / Num. all: 39652 / Num. obs: 38990 / % possible obs: 98.33 % / Observed criterion σ(F): 2.22 / Observed criterion σ(I): 168.45 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.1077 / Net I/σ(I): 7.95
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 3930 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC

1bh6

1mlc

解像度: 2.25→29.882 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2375	1951	5.01 %	random
R_work	0.1953	-	-	-
all	0.1975	38990	-	-
obs	0.1975	38909	98.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.882 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6400	0	5	214	6619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	8921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.634	2309
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1143

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.3063	0.2685	124	0.2342	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3063-2.3686	0.285	159	0.223	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3686-2.4383	0.2734	135	0.22	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4383-2.517	0.2855	145	0.2275	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
2.517-2.6069	0.285	146	0.2358	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6069-2.7112	0.3346	111	0.2724	2560	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7112-2.8345	0.2852	145	0.2271	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8345-2.9838	0.2847	145	0.2185	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9838-3.1705	0.2597	148	0.2148	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1705-3.415	0.26	143	0.2079	2598	X-RAY DIFFRACTION	97
3.415-3.7581	0.2423	142	0.1887	2577	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7581-4.3005	0.2348	131	0.1725	2575	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3005-5.4129	0.1607	156	0.1512	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4129-29.8842	0.1943	121	0.1743	2717	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1827	-0.4704	0.3319	1.8293	0.3539	0.6946	-0.1346	-0.0939	-0.1277	0.1203	0.1726	0.0342	-0.015	0.0866	-0.0481	0.2566	0.014	0.0324	0.3082	0.0388	0.2429	76.269	17.512	2.9323
2	3.8095	-0.2862	0.0115	2.1598	0.0097	1.1563	-0.0446	0.3086	0.2449	-0.1494	0.0684	-0.0788	-0.0884	-0.1126	-0.061	0.1576	0.0218	-0.0188	0.237	-0.0062	0.2222	81.5644	19.9362	-3.9879
3	1.6667	0.2011	-0.38	2.4649	0.695	2.8146	-0.0575	0.5969	0.1657	-0.2053	-0.0563	-0.3211	-0.0063	0.096	-0.0187	0.2218	-0.0493	0.0245	0.2993	-0.004	0.3549	92.9435	25.8727	-8.467
4	3.942	0.2309	-1.2285	0.6608	0.6495	2.0945	0.0839	0.2751	0.3057	-0.2598	-0.0668	-0.3404	0.0383	0.1152	-0.0596	0.1585	-0.0061	0.0285	0.2682	0.0082	0.3739	98.5454	26.0741	-6.3654
5	2.4242	-1.3572	-0.0102	7.4398	-2.0348	1.5021	-0.4594	-0.6665	0.0513	1.1211	0.2782	-0.9992	-0.2475	0.8019	-0.2005	0.2771	0.1499	0.0111	0.4813	-0.0388	0.6062	103.5185	19.7466	1.9322
6	3.2534	0.1579	-0.7201	1.7055	0.531	2.2402	-0.1506	-0.5469	0.2371	0.1539	0.2217	-0.2763	-0.0663	0.3156	-0.0183	0.2273	0.0649	-0.0844	0.3054	-0.0566	0.3045	91.4085	24.4858	7.8196
7	2.3345	-1.6008	0.3747	3.9015	-0.1405	2.2094	-0.0574	-0.062	0.1882	0.1921	0.103	-0.1554	-0.1228	-0.0456	0.0092	0.2077	-0.0179	-0.0003	0.1869	0.0334	0.2248	54.1554	35.845	14.9536
8	1.9117	0.6738	-0.2823	-0.0973	-0.2364	1.3254	0.1351	-0.3694	-0.0524	0.2242	-0.1942	-0.0315	0.0889	-0.5146	0.1796	0.3807	-0.0524	0.0142	0.5645	0.0744	0.282	41.7586	27.7853	31.2272
9	0.6134	1.0184	-0.2543	4.7281	-1.7088	2.371	0.3924	-0.94	-0.3422	-0.0794	-0.595	-0.509	0.2486	0.0159	0.1189	0.4645	-0.1178	-0.0846	1.0717	0.2355	0.4079	38.3295	29.6566	39.8784
10	0.3448	-0.4163	0.4335	0.4372	-0.3653	1.8318	0.8298	-0.1911	-0.318	0.9831	-0.7383	0.4263	-0.15	0.5998	0.1541	0.858	-0.4081	-0.0024	1.4148	0.1883	-0.0167	35.6068	28.1368	49.7735
11	0.5707	0.0831	-0.5611	2.8635	1.2489	1.2953	-0.3664	0.6986	-0.2335	0.7884	-0.0225	0.5323	-0.0891	-0.3934	0.2799	0.3544	-0.1237	0.0413	0.5976	0.1787	0.6076	42.3948	10.5397	12.4641
12	2.1742	0.3348	-1.7347	1.6454	0.3924	2.5987	-0.0271	0.0612	-0.4525	0.1237	0.0798	0.2927	0.2011	-0.0414	-0.0237	0.2101	0.0422	-0.0319	0.2384	0.1036	0.323	51.3744	12.8074	9.2543
13	1.5732	0.382	-0.2886	-0.1189	-0.1939	0.8673	0.2399	-0.0053	-0.0387	0.5486	0.0916	0.2284	-0.4198	-0.2997	-0.3184	0.4979	0.071	0.0704	0.3711	0.1385	0.4289	45.4058	18.9362	12.0025
14	3.5389	0.328	0.0158	6.8028	-1.6814	4.2033	0.1043	-0.6446	-0.0428	-0.1259	-0.5055	0.253	-0.0277	0.0299	0.3556	0.4034	0.0357	-0.0527	0.7845	-0.0282	0.28	24.5316	22.5747	34.116
15	0.7127	-0.0151	-1.4249	2.2877	0.6225	3.1666	-0.0481	1.5864	0.5537	-0.6478	0.2248	0.5668	0.0893	-0.5149	-0.0104	0.4412	-0.0804	-0.0174	0.9568	0.4158	0.6317	74.7104	34.8384	-24.9771
16	9.0884	4.0077	-4.3851	2.061	-2.2682	2.495	1.0899	-0.6912	1.1897	-0.3469	-0.9536	0.0938	-2.7187	1.515	-0.0609	1.76	-0.3851	0.1467	1.016	-0.077	0.5517	74.6145	20.607	-35.3197
17	1.5703	-2.0109	1.3325	3.6629	-1.5917	1.1598	0.0943	0.2977	0.1273	-1.2838	0.2679	-0.0929	0.452	-0.4036	-0.1829	0.8953	-0.0321	0.1486	1.0916	0.2572	0.5778	80.4118	32.6627	-35.6485
18	1.8871	-3.0453	1.9826	8.3871	-3.2097	2.0841	-0.0757	1.0587	0.3965	-0.4131	-0.1728	-1.1564	0.2012	0.0523	0.3473	0.492	0.0891	0.0805	0.9312	0.1671	0.4133	85.8789	26.9587	-21.5353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 334 through 427 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 428 through 497 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 498 through 530 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 531 through 561 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 562 through 582 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 583 through 669 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 92 through 130 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 131 through 175 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 176 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 17 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 18 through 99 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 100 through 126 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 127 through 220 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'P' and (resid 137 through 185 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'P' and (resid 186 through 190 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'P' and (resid 191 through 203 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'P' and (resid 204 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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