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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lvn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex | ||||||
要素 |
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キーワード | hydrolase/inhibitor/immune system / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / hydrolase-inhibitor-immune system complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin. 著者: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lvn.cif.gz | 342.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lvn.ent.gz | 277.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lvn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lvn_validation.pdf.gz | 456.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lvn_full_validation.pdf.gz | 471.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lvn_validation.xml.gz | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lvn_validation.cif.gz | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Subtilisin-like serine ... , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 38380.195 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
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#4: タンパク質 | 分子量: 10509.888 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: sub-1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin |
-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 23110.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 23838.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-非ポリマー , 3種, 219分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: Pilatus 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→71.52 Å / Num. all: 39652 / Num. obs: 38990 / % possible obs: 98.33 % / Observed criterion σ(F): 2.22 / Observed criterion σ(I): 168.45 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1077 / Net I/σ(I): 7.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 3930 / % possible all: 99.59 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC 解像度: 2.25→29.882 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.882 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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