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- PDB-4lvn: Crystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvn
タイトルCrystal structure of PfSUB1-prodomain-NIMP.M7 Fab complex
要素
  • (Subtilisin-like serine ...) x 2
  • NIMP.M7 Fab heavy chain
  • NIMP.M7 Fab light chain
キーワードhydrolase/inhibitor/immune system / alpha beta / enzyme-prodomain complex / Rossmann fold / serine protease / calcium ions / prodomain / parasitophorous vacuole / hydrolase-inhibitor-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2380 / Peptidase S8A, subtilisin-like peptidase 1, plasmodium / SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. ...Alpha-Beta Plaits - #2380 / Peptidase S8A, subtilisin-like peptidase 1, plasmodium / SUB1 protease prodomain ProdP9 / SUB1 protease Prodomain ProdP9 / Subtilisin SUB1-like catalytic domain / : / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Subtilisin-like protease 1 / Subtilisin-like protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Withers-Martinez, C. / Blackman, M.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: The malaria parasite egress protease SUB1 is a calcium-dependent redox switch subtilisin.
著者: Withers-Martinez, C. / Strath, M. / Hackett, F. / Haire, L.F. / Howell, S.A. / Walker, P.A. / Evangelos, C. / Dodson, G.G. / Blackman, M.J.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin-like serine protease
B: NIMP.M7 Fab light chain
C: NIMP.M7 Fab heavy chain
P: Subtilisin-like serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0779
ポリマ－95,8394
非ポリマー2385
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.500, 74.790, 78.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Subtilisin-like serine ... , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 Subtilisin-like serine protease


分子量: 38380.195 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1cat (UNP residues 330-673) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: sub-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin
#4: タンパク質 Subtilisin-like serine protease


分子量: 10509.888 Da / 分子数: 1 / 断片: rPfSUB1 Prodp9 (UNP residues 127-219) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: sub-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q868D6, UniProt: O61142*PLUS, kexin

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 NIMP.M7 Fab light chain


分子量: 23110.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 NIMP.M7 Fab heavy chain


分子量: 23838.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 219分子

#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium formate, 150mM NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: Pilatus 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→71.52 Å / Num. all: 39652 / Num. obs: 38990 / % possible obs: 98.33 % / Observed criterion σ(F): 2.22 / Observed criterion σ(I): 168.45 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1077 / Net I/σ(I): 7.95
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 3930 / % possible all: 99.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXAutoMRモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXAutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BH6 AND 1MLC

1bh6

1mlc


解像度: 2.25→29.882 Å / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1951 5.01 %random
Rwork0.1953 ---
all0.1975 38990 --
obs0.1975 38909 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6400 0 5 214 6619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9388921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6342309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.30630.26851240.23422682X-RAY DIFFRACTION99
2.3063-2.36860.2851590.2232638X-RAY DIFFRACTION100
2.3686-2.43830.27341350.222656X-RAY DIFFRACTION100
2.4383-2.5170.28551450.22752656X-RAY DIFFRACTION99
2.517-2.60690.2851460.23582655X-RAY DIFFRACTION99
2.6069-2.71120.33461110.27242560X-RAY DIFFRACTION94
2.7112-2.83450.28521450.22712657X-RAY DIFFRACTION100
2.8345-2.98380.28471450.21852670X-RAY DIFFRACTION100
2.9838-3.17050.25971480.21482664X-RAY DIFFRACTION100
3.1705-3.4150.261430.20792598X-RAY DIFFRACTION97
3.415-3.75810.24231420.18872577X-RAY DIFFRACTION95
3.7581-4.30050.23481310.17252575X-RAY DIFFRACTION96
4.3005-5.41290.16071560.15122653X-RAY DIFFRACTION98
5.4129-29.88420.19431210.17432717X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1827-0.47040.33191.82930.35390.6946-0.1346-0.0939-0.12770.12030.17260.0342-0.0150.0866-0.04810.25660.0140.03240.30820.03880.242976.26917.5122.9323
23.8095-0.28620.01152.15980.00971.1563-0.04460.30860.2449-0.14940.0684-0.0788-0.0884-0.1126-0.0610.15760.0218-0.01880.237-0.00620.222281.564419.9362-3.9879
31.66670.2011-0.382.46490.6952.8146-0.05750.59690.1657-0.2053-0.0563-0.3211-0.00630.096-0.01870.2218-0.04930.02450.2993-0.0040.354992.943525.8727-8.467
43.9420.2309-1.22850.66080.64952.09450.08390.27510.3057-0.2598-0.0668-0.34040.03830.1152-0.05960.1585-0.00610.02850.26820.00820.373998.545426.0741-6.3654
52.4242-1.3572-0.01027.4398-2.03481.5021-0.4594-0.66650.05131.12110.2782-0.9992-0.24750.8019-0.20050.27710.14990.01110.4813-0.03880.6062103.518519.74661.9322
63.25340.1579-0.72011.70550.5312.2402-0.1506-0.54690.23710.15390.2217-0.2763-0.06630.3156-0.01830.22730.0649-0.08440.3054-0.05660.304591.408524.48587.8196
72.3345-1.60080.37473.9015-0.14052.2094-0.0574-0.0620.18820.19210.103-0.1554-0.1228-0.04560.00920.2077-0.0179-0.00030.18690.03340.224854.155435.84514.9536
81.91170.6738-0.2823-0.0973-0.23641.32540.1351-0.3694-0.05240.2242-0.1942-0.03150.0889-0.51460.17960.3807-0.05240.01420.56450.07440.28241.758627.785331.2272
90.61341.0184-0.25434.7281-1.70882.3710.3924-0.94-0.3422-0.0794-0.595-0.5090.24860.01590.11890.4645-0.1178-0.08461.07170.23550.407938.329529.656639.8784
100.3448-0.41630.43350.4372-0.36531.83180.8298-0.1911-0.3180.9831-0.73830.4263-0.150.59980.15410.858-0.4081-0.00241.41480.1883-0.016735.606828.136849.7735
110.57070.0831-0.56112.86351.24891.2953-0.36640.6986-0.23350.7884-0.02250.5323-0.0891-0.39340.27990.3544-0.12370.04130.59760.17870.607642.394810.539712.4641
122.17420.3348-1.73471.64540.39242.5987-0.02710.0612-0.45250.12370.07980.29270.2011-0.0414-0.02370.21010.0422-0.03190.23840.10360.32351.374412.80749.2543
131.57320.382-0.2886-0.1189-0.19390.86730.2399-0.0053-0.03870.54860.09160.2284-0.4198-0.2997-0.31840.49790.0710.07040.37110.13850.428945.405818.936212.0025
143.53890.3280.01586.8028-1.68144.20330.1043-0.6446-0.0428-0.1259-0.50550.253-0.02770.02990.35560.40340.0357-0.05270.7845-0.02820.2824.531622.574734.116
150.7127-0.0151-1.42492.28770.62253.1666-0.04811.58640.5537-0.64780.22480.56680.0893-0.5149-0.01040.4412-0.0804-0.01740.95680.41580.631774.710434.8384-24.9771
169.08844.0077-4.38512.061-2.26822.4951.0899-0.69121.1897-0.3469-0.95360.0938-2.71871.515-0.06091.76-0.38510.14671.016-0.0770.551774.614520.607-35.3197
171.5703-2.01091.33253.6629-1.59171.15980.09430.29770.1273-1.28380.2679-0.09290.452-0.4036-0.18290.8953-0.03210.14861.09160.25720.577880.411832.6627-35.6485
181.8871-3.04531.98268.3871-3.20972.0841-0.07571.05870.3965-0.4131-0.1728-1.15640.20120.05230.34730.4920.08910.08050.93120.16710.413385.878926.9587-21.5353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 334 through 427 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 428 through 497 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 498 through 530 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 531 through 561 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 562 through 582 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 583 through 669 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 91 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 92 through 130 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 131 through 175 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 176 through 212 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 17 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 99 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 100 through 126 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 127 through 220 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'P' and (resid 137 through 185 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'P' and (resid 186 through 190 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'P' and (resid 191 through 203 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'P' and (resid 204 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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