PDB-4lvc: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lvc

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii in complex with adenosine

要素

S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase)

キーワード

HYDROLASE / cellular methylation / SAH hydrolysis / NAD+ cofactor / atmospheric nitrogen fixation / rhizobium-legume symbiosis / NAD+ cofactor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Manszewski, T. / Singh, K. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: An enzyme captured in two conformational states: crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Bradyrhizobium elkanii.
著者: Manszewski, T. / Singh, K. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3n58S 1b3r 1li4 3ond 3one 3onf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zj0-d 5m5k-d 3ond-1 1v8b-d 2ziz-d 3onf-1 3n58-d 3ce6-d 3one-1 2zj1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase)

B: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase)

C: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase)

D: S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase)

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.720, 176.470, 104.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase (SAHase) 分子量: 52737.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / 遺伝子: BeSAHase / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star / 参照: UniProt: A0A087WNH6*PLUS, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 1732分子

#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M ammonium acetate, pH 7.1, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 1278402 / R_merge(I) obs: 0.086 / D res high: 1.74 Å / Num. obs: 200550 / % possible obs: 98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
5.5	7.78	4321	99.8	1	0.065
4.49	5.5	5531	99.8	1	0.063
3.89	4.49	6486	99.8	1	0.066
3.48	3.89	7265	99.7	1	0.076
3.18	3.48	8035	99.6	1	0.086
2.94	3.18	8713	99.7	1	0.095
2.75	2.94	9316	99.7	1	0.083
2.59	2.75	9960	99.8	1	0.1
2.46	2.59	10450	99.8	1	0.114
2.35	2.46	10992	99.9	1	0.134
2.25	2.35	11534	99.9	1	0.157
2.16	2.25	11968	99.9	1	0.188
2.08	2.16	12449	99.9	1	0.228
2.01	2.08	12881	100	1	0.296
1.95	2.01	12852	96.3	1	0.282
1.89	1.95	13262	96.5	1	0.33
1.83	1.89	13603	96.4	1	0.428
1.79	1.83	14054	96.6	1	0.542
1.74	1.79	14401	97	1	0.694

反射

解像度: 1.74→47.85 Å / Num. all: 203245 / Num. obs: 200550 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.37 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 12.34

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.74-1.79	0.694	1.95	1	97
1.79-1.83	0.542	2.49	1	96.6
1.83-1.89	0.428	3.09	1	96.4
1.89-1.95	0.33	3.92	1	96.5
1.95-2.01	0.282	4.91	1	96.3
2.01-2.08	0.296	6.64	1	100
2.08-2.16	0.228	8.29	1	99.9
2.16-2.25	0.188	9.81	1	99.9
2.25-2.35	0.157	11.44	1	99.9
2.35-2.46	0.134	13.09	1	99.9
2.46-2.59	0.114	15.04	1	99.8
2.59-2.75	0.1	16.84	1	99.8
2.75-2.94	0.083	19.49	1	99.7
2.94-3.18	0.095	22.14	1	99.7
3.18-3.48	0.086	25.44	1	99.6
3.48-3.89	0.076	28.12	1	99.7
3.89-4.49	0.066	29.99	1	99.8
4.49-5.5	0.063	30.63	1	99.8
5.5-7.78	0.065	29.26	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3N58

3n58

解像度: 1.74→47.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.279 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0925 / 交差検証法: R-FREE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17222	1011	0.5 %	RANDOM
R_work	0.14763	-	-	-
obs	0.14775	199538	100 %	-
all	-	203245	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.592 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14468	0	338	1704	16510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	15275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.982	20677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.961	3	25207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.02	5	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.013	24.345	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.317	15	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.545	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.907	1.5	9384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.283	1.5	3878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.599	2	15052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.568	3	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.115	4.5	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	72	-
R_work	0.24	14294	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1253	0.1924	0.1462	0.6139	0.1785	0.328	0.0029	-0.0345	0.0478	-0.0059	-0.0221	0.046	-0.0549	-0.0104	0.0193	0.075	-0.0064	0.0401	0.0259	-0.0361	0.0873	81.3672	86.5449	93.2297
2	0.2133	0.0857	-0.0816	0.3402	-0.0776	0.5817	0.0295	-0.0523	0.0295	-0.0203	0.0211	0.0063	-0.0506	0.0849	-0.0506	0.0428	-0.0337	0.0159	0.0667	-0.0248	0.06	98.3953	67.5266	81.3937
3	0.0758	0.2378	0.0172	0.966	0.0705	0.0133	0.0364	-0.0468	0.0534	0.087	-0.0339	0.1277	-0.0105	-0.0128	-0.0025	0.0525	-0.0101	0.0551	0.0985	-0.0349	0.0696	69.9279	64.5622	100.5685
4	0.5671	0.0725	-0.1287	0.1995	0.0326	0.5027	0.0343	-0.2416	-0.0667	0.0295	-0.0571	-0.0124	0.0522	0.0662	0.0229	0.0738	0.0002	-0.015	0.1466	0.0561	0.0354	84.8841	31.861	115.5554
5	0.3595	0.0413	-0.0333	0.3146	-0.0261	0.3451	0.0268	-0.0653	-0.0285	-0.0001	0.0063	0.0235	0.0368	-0.0352	-0.033	0.0447	-0.0113	0.0033	0.0672	0.0222	0.0634	72.2474	37.7688	91.753
6	0.2097	0.2269	-0.3869	0.3273	-0.4812	0.8958	0.0688	-0.171	-0.0011	0.107	-0.1122	-0.0175	-0.1086	0.2054	0.0434	0.0716	-0.0282	-0.0337	0.2302	-0.0428	0.0595	96.2229	54.657	107.9513
7	0.521	-0.0242	-0.0397	0.3891	0.088	0.3054	0.0065	0.1208	0.0723	-0.0637	0.0449	0.0303	-0.0385	0.0204	-0.0514	0.0844	-0.0371	0.004	0.065	0.0328	0.0388	87.712	66.7183	44.2512
8	0.239	0.0663	-0.0179	0.4705	0.0307	0.2505	-0.0092	0.0276	0.0561	-0.0274	0.043	0.037	-0.0018	-0.0252	-0.0338	0.0461	-0.0078	-0.0106	0.0446	0.0219	0.0753	71.1813	60.5573	66.024
9	0.0779	-0.0576	0.1228	0.3495	-0.4853	0.81	0.0031	0.0538	-0.0136	-0.0846	-0.0173	-0.0053	0.0863	0.151	0.0142	0.0719	-0.0206	0.0237	0.1199	-0.0169	0.04	100.106	46.4736	53.576
10	0.4679	-0.2732	-0.2802	0.7435	0.2888	0.3604	0.002	-0.0008	-0.0474	-0.0077	0.0233	-0.0735	0.0377	0.0292	-0.0253	0.0788	0.0177	-0.0356	0.0403	-0.0352	0.0674	83.0698	10.9348	62.9015
11	0.2408	-0.058	-0.2251	0.2738	-0.1026	0.9637	-0.0234	-0.034	-0.0507	-0.0284	0.0281	-0.0134	0.0828	0.1669	-0.0047	0.0352	0.0362	0.0044	0.0896	0.0106	0.0753	100.7196	33.3755	79.4626
12	0.131	-0.12	-0.0535	1.011	-0.1003	0.0903	-0.033	0.0231	-0.0467	-0.1548	0.0385	0.0611	0.0675	0.0331	-0.0056	0.1238	-0.0219	-0.0295	0.0855	-0.0217	0.0392	73.6139	33.4601	56.0682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	231 - 391
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	392 - 473
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	222 - 394
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	395 - 473
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	6 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	231 - 391
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	392 - 473
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	6 - 230
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	231 - 391
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	392 - 473

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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