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- PDB-4lv5: Murine IRGa6 bound to Toxoplasma ROP5B, a pseudokinase GDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lv5
タイトルMurine IRGa6 bound to Toxoplasma ROP5B, a pseudokinase GDI
要素
  • Interferon-inducible GTPase 1
  • Rhoptry protein 5B
キーワードTransferase/Hydrolase / immune related GTPase / guanine dissociation inhibitor / parasite effector / Transferase-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding ...symbiont-containing vacuole membrane / Golgi cisterna membrane / defense response to protozoan / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / regulation of autophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to bacterium / cytokine-mediated signaling pathway / GDP binding / nuclear membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein kinase activity / innate immune response / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / : / Immunity-related GTPases-like / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Interferon-inducible GTPase (IIGP) / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / : / Immunity-related GTPases-like / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Interferon-inducible GTPase (IIGP) / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rhoptry protein 5B / Interferon-inducible GTPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Reese, M.L. / Boothroyd, J.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Murine IRGa6 bound to Toxoplasma ROP5B, a pseudokinase GDI
著者: Reese, M.L. / Shah, N. / Boothroyd, J.C.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Derived calculations
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhoptry protein 5B
B: Interferon-inducible GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,02411
ポリマ－89,7032
非ポリマー1,3219
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Rhoptry protein 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9727
ポリマ－41,2181
非ポリマー7546
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Interferon-inducible GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0524
ポリマ－48,4841
非ポリマー5673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 54.700, 85.600
Angle α, β, γ (deg.)99.000, 106.600, 106.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhoptry protein 5B / Type I rhoptry protein 5 / Type I rhoptry protein 5B / Type III rhoptry protein 5


分子量: 41218.145 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 175-541 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: ROP5, ROP5B / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F2YGR7
#2: タンパク質 Interferon-inducible GTPase 1


分子量: 48484.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Iigp1, Irga6 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9QZ85, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 5種, 492分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Ammonium Citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.33 Å / Num. obs: 92554 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 38.613 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.19
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.018 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.7-1.741.1552192686099.6
1.74-1.791.5251272661399.4
1.79-1.841.9754267658099.7
1.84-1.92.6651643626699.9
1.9-1.963.5650035617299.6
1.96-2.034.8547296592299.7
2.03-2.116.0742732567499.3
2.11-2.198.5145043552999.7
2.19-2.2910.7744056528599.8
2.29-2.413.1241562502299.8
2.4-2.5316.0839316477799.5
2.53-2.6920.1334966448798.6
2.69-2.8726.434970427499.2
2.87-3.134.4933477392599.7
3.1-3.447.1430587364699.8
3.4-3.861.2126382327698.8
3.8-4.3975.1222744288198.7
4.39-5.3885.1921173247799.7
5.38-7.676.3614889186098.4
7.6113.18909102898.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q60 and then 1TPZ:A using phaser

3q60

1tpz


解像度: 1.7→39.328 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 4650 5.03 %
Rwork0.1923 --
obs0.1941 92476 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.77 Å2 / Biso mean: 38.0282 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→39.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5953 0 83 483 6519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1068554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4252385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.40781600.36712913307399
1.7193-1.73950.38391630.34052889305299
1.7395-1.76080.34831670.33192928309599
1.7608-1.7830.35521670.32142895306299
1.783-1.80650.3291420.295429653107100
1.8065-1.83130.30361400.287229473087100
1.8313-1.85740.29751430.281329293072100
1.8574-1.88510.35351720.267130043176100
1.8851-1.91460.33121570.267228643021100
1.9146-1.9460.3231950.247629243119100
1.946-1.97950.30461500.24528863036100
1.9795-2.01550.28771500.23729873137100
2.0155-2.05430.31871610.229228993060100
2.0543-2.09620.26961430.22632961310499
2.0962-2.14180.22381470.212928773024100
2.1418-2.19160.24351470.20230233170100
2.1916-2.24640.26621400.199128903030100
2.2464-2.30720.25261640.20329353099100
2.3072-2.3750.22791580.197429643122100
2.375-2.45170.2251520.200729073059100
2.4517-2.53930.27281480.203729423090100
2.5393-2.6410.241480.19932922307099
2.641-2.76110.24651550.20042893304898
2.7611-2.90660.23681600.19729503110100
2.9066-3.08870.22741550.190529273082100
3.0887-3.32710.22661500.186829303080100
3.3271-3.66170.1971650.17329133078100
3.6617-4.1910.19011550.15872901305698
4.191-5.27820.17761580.146429433101100
5.2782-39.33810.18281380.17312918305699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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