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万見
- PDB-4lsx: Plant steroid receptor ectodomain bound to brassinolide and SERK1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsx
タイトルPlant steroid receptor ectodomain bound to brassinolide and SERK1 co-receptor ectodomain
要素
  • Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 1
キーワードSTEROID BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / LRR-domain / membrane signaling complex receptor co-receptor complex / brassinosteroid binding / N-glycosylation / STEROID BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microsporogenesis / detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / floral organ abscission / pollen exine formation / pollen maturation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development ...microsporogenesis / detection of brassinosteroid stimulus / brassinosteroid homeostasis / anther wall tapetum cell differentiation / floral organ abscission / pollen exine formation / pollen maturation / seedling development / skotomorphogenesis / positive regulation of flower development / brassinosteroid mediated signaling pathway / leaf development / embryo development ending in seed dormancy / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / receptor serine/threonine kinase binding / microtubule bundle formation / response to UV-B / Golgi organization / steroid binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / protein kinase activity / endosome / protein heterodimerization activity / phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / signaling receptor binding / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Dna Ligase; domain 1 - #310 / Brassinosteroid receptor BRI1, island domain / Brassinosteroid receptor island domain / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Dna Ligase; domain 1 / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Brassinolide / Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / Somatic embryogenesis receptor kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Santiago, J. / Henzler, C. / Hothorn, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Molecular mechanism for plant steroid receptor activation by somatic embryogenesis co-receptor kinases.
著者: Santiago, J. / Henzler, C. / Hothorn, M.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
D: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,28420
ポリマ－211,1824
非ポリマー7,10216
水00
1
A: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,04110
ポリマ－105,5912
非ポリマー3,4498
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1
D: Somatic embryogenesis receptor kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,24410
ポリマ－105,5912
非ポリマー3,6538
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.896, 69.896, 873.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Protein BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1 / AtBRI1 / Brassinosteroid LRR receptor kinase


分子量: 83726.594 Da / 分子数: 2
断片: receptor ectodomain/LRR-domain (UNP residues 29-788)
変異: G643E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: col 0 / 遺伝子: At4g39400, BRI1, F23K16.30 / プラスミド: pBAC-6 mod. / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tnao38 / 参照: UniProt: O22476
#2: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 1 / AtSERK1 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 1


分子量: 21864.566 Da / 分子数: 2
断片: co-receptor kinase ectodomain/LRR-domain (UNP residues 24-213)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: col 0 / 遺伝子: At1g71830, F14O23.21, F14O23_24, SERK1 / プラスミド: pBAC-6 mod. / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Tnao38 / 参照: UniProt: Q94AG2

-
糖 , 5種, 14分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-4]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-BLD / Brassinolide / (3aS,5S,6R,7aR,7bS,9aS,10R,12aS,12bS)-10-[(2S,3R,4R,5S)-3,4-dihydroxy-5,6-dimethylheptan-2-yl]-5,6-dihydroxy-7a,9a-dime thylhexadecahydro-3H-benzo[c]indeno[5,4-e]oxepin-3-one / ブラシノリド


分子量: 480.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H48O6 / コメント: ホルモン*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 22% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.53 Å / Num. all: 35235 / Num. obs: 35235 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 12.16
反射 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / 冗長度: 6.12 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Rsym value: 0.691 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1334)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4LSA AND 4LSC

4lsa

4lsc


解像度: 3.302→48.53 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2848 2040 5.79 %
Rwork0.2463 --
obs0.2484 35233 98.15 %
all-35235 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13448 0 472 0 13920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88319406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8615150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3032-3.38580.34431340.32662263X-RAY DIFFRACTION91
3.3858-3.47730.38451540.31272394X-RAY DIFFRACTION91
3.4773-3.57960.32311420.30682321X-RAY DIFFRACTION92
3.5796-3.6950.28921480.27782451X-RAY DIFFRACTION93
3.695-3.8270.2541400.26792325X-RAY DIFFRACTION93
3.827-3.98010.32321370.26842374X-RAY DIFFRACTION93
3.9801-4.16110.24871400.23612439X-RAY DIFFRACTION94
4.1611-4.38020.31291490.22472416X-RAY DIFFRACTION93
4.3802-4.65430.24751440.21952386X-RAY DIFFRACTION92
4.6543-5.0130.26581400.2122382X-RAY DIFFRACTION93
5.013-5.51640.32451440.22732340X-RAY DIFFRACTION93
5.5164-6.31210.29161480.24432379X-RAY DIFFRACTION92
6.3121-7.94270.26551360.23352371X-RAY DIFFRACTION93
7.9427-40.54510.26961540.24792349X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7097-0.04990.14520.53580.10411.6513-0.219-0.8428-0.28840.011-0.08990.09020.02590.51430.08560.44160.2085-0.10910.8703-0.18240.803524.581877.6888-65.1923
20.20660.14110.13090.6828-0.82222.0375-0.4164-0.29650.1062-0.62730.4687-0.03680.3429-0.4224-0.03461.1719-0.227-0.04670.3856-0.05310.692626.194976.3125-117.1919
30.1885-0.20060.39010.7553-0.50361.03230.4999-0.0097-0.1332-0.29410.07540.13880.53120.1299-0.13720.4653-0.07560.00092.473-0.18720.5108-0.839675.9075-37.0762
40.2783-0.1286-0.17270.14070.13650.15090.08520.22950.52170.0390.2426-0.06240.09080.13880.01862.2473-0.7804-0.29740.8589-0.51450.824540.151899.1577-142.9543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 770 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 31 through 771 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 27 through 211 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 27 through 211 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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