PDB-4lso: Crystal structure of the soluble domain of a Type IV secretion sy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lso

タイトル

Crystal structure of the soluble domain of a Type IV secretion system protein VirB8 from Bartonella quintana Toulouse

要素

Type IV secretion system protein virB8

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dimer-monomer analysis / type IV secretion system / innate response / human pathogen / host specific protein / cell adhesion

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type IV secretion system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella quintana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2015
タイトル: Structural Insight into How Bacteria Prevent Interference between Multiple Divergent Type IV Secretion Systems.
著者: Gillespie, J.J. / Phan, I.Q. / Scheib, H. / Subramanian, S. / Edwards, T.E. / Lehman, S.S. / Piitulainen, H. / Rahman, M.S. / Rennoll-Bankert, K.E. / Staker, B.L. / Taira, S. / Stacy, R. / ...

履歴

登録	2013年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lso.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lso.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jf8C 4kz1SC 4meiC 4nhfC 4o3vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k8s-2 4mei-d 4kz1-d 3emm-d 2jgn-2 5jk2-6 2qy7-1 2f4w-2 6r3y-d 2lkv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BaquA.18388.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type IV secretion system protein virB8

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.730, 60.730, 87.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Type IV secretion system protein virB8 分子量: 20890.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella quintana (バクテリア) 株: JK 31 / 遺伝子: BQ10590, virB8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FYW3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: BaquA.18388.b.B2.PS01732 at 21 mg/mL against JCSG+ screen condition B9, 0.1 M Na citrate pH 5.0, 20% PEG 6000 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 242024b9, unique ...詳細: BaquA.18388.b.B2.PS01732 at 21 mg/mL against JCSG+ screen condition B9, 0.1 M Na citrate pH 5.0, 20% PEG 6000 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 242024b9, unique puck ID fez5-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.56 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: BaquA.18388.b.B2.PS01732 at 21 mg/mL against JCSG+ screen condition B9, 0.1 M Na citrate pH 5.0, 20% PEG 6000 with 20% ethylene glycol as cryo-protectant, crystal tracking ID 242024b9, unique ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 18788 / Num. obs: 18752 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 34.27

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74		0.429	4.72	1	100
1.74-1.79		0.319	6.34	1	100
1.79-1.84		0.243	8.31	1	100
1.84-1.9		0.19	10.37	1	100
1.9-1.96		0.142	13.44	1	100
1.96-2.03		0.104	18.31	1	100
2.03-2.11		0.087	21.48	1	100
2.11-2.19		0.07	26.07	1	100
2.19-2.29		0.055	32.01	1	100
2.29-2.4		0.047	36.3	1	100
2.4-2.53		0.042	40.4	1	100
2.53-2.69		0.035	45.76	1	100
2.69-2.87		0.031	53.04	1	100
2.87-3.1		0.026	62.42	1	100
3.1-3.4		0.022	73.03	1	100
3.4-3.8		0.021	80.03	1	100
3.8-4.39		0.018	86.02	1	100
4.39-5.38		0.015	89.54	1	100
5.38-7.6		0.016	81.33	1	99.8
	7.6	0.015	75.75	1	87.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	43.93 Å
Translation	3 Å	43.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4kz1

4kz1

解像度: 1.7→43.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.333 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20713	960	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17415	-	-	-
obs	0.17581	17738	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.23 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1120	0	0	162	1282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.939	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.755	3	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.637	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.852	23.509	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.254	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.886	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.188	1.649	571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.171	1.646	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.92	2.461	714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.602	1.78	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.692	3	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.894	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.926	5	2314

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	85	-
R_work	0.203	1272	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.7746 Å / Origin y: 25.9968 Å / Origin z: -4.4987 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0228 Å²	0.0069 Å²	0.0018 Å²	-	0.0294 Å²	0.0092 Å²	-	-	0.0321 Å²
L	1.4836 °²	-0.0984 °²	-0.4843 °²	-	1.2479 °²	-0.3883 °²	-	-	1.5251 °²
S	-0.0795 Å °	-0.0835 Å °	-0.1769 Å °	-0.0063 Å °	0.0235 Å °	0.1124 Å °	-0.0035 Å °	-0.0334 Å °	0.056 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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