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- PDB-4lsf: Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsf
タイトルIon selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr
要素Outer membrane protein F
キーワードTRANSPORT PROTEIN / porin / outer membrane protein / beta-barrel / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Balasundaresan, D. / Blachowicz, L. / Roux, B.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: A structural study of ion permeation in OmpF porin from anomalous X-ray diffraction and molecular dynamics simulations.
著者: Dhakshnamoorthy, B. / Ziervogel, B.K. / Blachowicz, L. / Roux, B.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,08611
ポリマ－74,3432
非ポリマー7449
水3,621201
1
A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,50915
ポリマ－111,5143
非ポリマー99512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_875-y+3,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_685-x+y+1,-x+3,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area40340 Å2
手法PISA
2
B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子

B: Outer membrane protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,74918
ポリマ－111,5143
非ポリマー1,23515
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area40670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.632, 116.632, 51.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-574-

HOH

31A-600-

HOH

41B-513-

HOH

51B-517-

HOH

61B-575-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein F / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein B / Outer membrane protein IA / Porin OmpF


分子量: 37171.301 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0929, cmlB, coa, cry, JW0912, ompF, tolF / プラスミド: PPR272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 61382 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OMF

2omf


解像度: 1.9→29.158 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2985 6099 5 %
Rwork0.2672 --
obs0.2687 61336 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.774 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0565 Å2-0 Å20 Å2
2---8.0565 Å2-0 Å2
3---16.1129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 19 201 5458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5037320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7441900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.38242000.37043671X-RAY DIFFRACTION96
1.9216-1.94420.35372010.3473909X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-1.96790.36332100.353867X-RAY DIFFRACTION98
1.9679-1.99290.36372060.32623792X-RAY DIFFRACTION99
1.9929-2.01910.33442080.3143855X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.04670.30952000.32163923X-RAY DIFFRACTION99
2.0467-2.0760.34592160.30853765X-RAY DIFFRACTION99
2.076-2.10690.29811920.2853833X-RAY DIFFRACTION100
2.1069-2.13980.30371890.28783916X-RAY DIFFRACTION99
2.1398-2.17490.30792140.30113834X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.21240.32521940.28683905X-RAY DIFFRACTION100
2.2124-2.25260.29652120.27143910X-RAY DIFFRACTION99
2.2526-2.29590.34011990.28993826X-RAY DIFFRACTION100
2.2959-2.34280.33591980.29553937X-RAY DIFFRACTION99
2.3428-2.39370.2961970.27733863X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.44940.28152080.27143872X-RAY DIFFRACTION99
2.4494-2.51060.34471770.27313841X-RAY DIFFRACTION100
2.5106-2.57840.29982110.2553881X-RAY DIFFRACTION99
2.5784-2.65420.3112000.24713902X-RAY DIFFRACTION99
2.6542-2.73980.26882150.25243826X-RAY DIFFRACTION100
2.7398-2.83770.3412030.26513933X-RAY DIFFRACTION100
2.8377-2.95120.3491880.27063855X-RAY DIFFRACTION100
2.9512-3.08540.31022110.27053808X-RAY DIFFRACTION99
3.0854-3.24780.3082180.25383910X-RAY DIFFRACTION99
3.2478-3.4510.28562070.24493887X-RAY DIFFRACTION99
3.451-3.7170.32651920.24213832X-RAY DIFFRACTION99
3.717-4.09010.2752000.24733888X-RAY DIFFRACTION100
4.0901-4.67990.24592040.22743910X-RAY DIFFRACTION100
4.6799-5.88820.2292200.24043855X-RAY DIFFRACTION100
5.8882-29.16140.3072090.33868X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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