[日本語] English
万見
- PDB-4lqf: Structure of murine IgG2b A2C7-Fab in complex with vaccinia antig... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lqf
タイトルStructure of murine IgG2b A2C7-Fab in complex with vaccinia antigen A33R at the resolution of 2.3 Angstroms
要素
  • A33R
  • Murine IgG2b A2C7 Heavy chain Fab domain
  • Murine IgG2b A2C7 Light chain Fab domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG domain / antibody-antigen complex / Fv / CH1 / IgG2b / antigen-binding fragment (Fab) / A33R antigen / Papain digest of the mAb / EEV membrane (outer membrane of vaccinia EV form)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chordopoxvirus A33R / Chordopoxvirus A33R protein / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Matho, M.H. / Schlossman, A.M. / Zajonc, D.M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Characterization of Anti-A33 Antibodies Reveal a Potent Cross-Species Orthopoxviruses Neutralizer.
著者: Matho, M.H. / Schlossman, A. / Meng, X. / Benhnia, M.R. / Kaever, T. / Buller, M. / Doronin, K. / Parker, S. / Peters, B. / Crotty, S. / Xiang, Y. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: A33R
H: Murine IgG2b A2C7 Heavy chain Fab domain
L: Murine IgG2b A2C7 Light chain Fab domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6837
ポリマ－58,4223
非ポリマー2624
水1,45981
1
A: A33R
H: Murine IgG2b A2C7 Heavy chain Fab domain
L: Murine IgG2b A2C7 Light chain Fab domain
ヘテロ分子

A: A33R
H: Murine IgG2b A2C7 Heavy chain Fab domain
L: Murine IgG2b A2C7 Light chain Fab domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,36714
ポリマ－116,8436
非ポリマー5238
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.280, 73.180, 221.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 A33R / EEV glycoprotein / EEV membrane glycoprotein / EEV membrane phosphoglycoprotein / VACV-DUKE-164 / VACV152


分子量: 11049.040 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN (UNP RESIDUES 89-185) / 変異: S89M, L118M, K123A, L140M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
プラスミド: pNAN::A33 (90-185) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71TT1
#2: 抗体 Murine IgG2b A2C7 Heavy chain Fab domain


分子量: 23137.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: B-cell / 解説: Fusion of SP2/0 myeloma cell line with splenocytes / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Murine IgG2b A2C7 Light chain Fab domain


分子量: 24234.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: B-cell / 解説: Fusion of SP2/0 myeloma cell line with splenocytes / Cell: Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS PROVIDED SEQUENCE DATABASE REFERENCES: ANTI A33 VACCINIA ANTIBODY IGG2B A2C7 HEAVY CHAIN GI ...AUTHORS PROVIDED SEQUENCE DATABASE REFERENCES: ANTI A33 VACCINIA ANTIBODY IGG2B A2C7 HEAVY CHAIN GI 563323188, ACCESSION KF648642. ANTI A33 VACCINIA ANTIBODY IGG2B A2C7 LIGHT CHAIN GI 563323190, ACCESSION KF648643.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3000, 0.1M imidazole, 0.2M zinc acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日
詳細: Monochromator Side scattering bent cube-root I-beam single crystal, asymmetric cut 4.965 degs, Crystal Type Si(111), Mirrors Rh coated flat mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.76 Å / Num. all: 26224 / Num. obs: 25343 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A20G2-Fv domain (reported in same publication), conserved domain of 3E5 IgG3 Fab (extracted from pdb entry 4HDI), one monomer of A33 (extracted from pdb entry 3K7B)

4hdi

3k7b


解像度: 2.3→49.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 7.606 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23046 1283 5.1 %RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.19897 23980 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.391 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3905 0 4 81 3990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.024006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.9425460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.07524.188160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39315627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1841515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 89 -
Rwork0.127 1606 -
obs--89.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9752-2.24714.76030.8772-0.12798.3584-0.1285-0.2262-0.04510.10130.2389-0.17420.04970.9489-0.11030.05810.0162-0.05620.21440.00030.24477.017632.8127-4.2985
24.66721.7304-1.31862.61480.62524.265-0.05590.1645-0.0503-0.2382-0.04150.04750.0315-0.03080.09740.085-0.0189-0.01780.0582-0.00210.0076-3.947530.8686-14.4385
31.42032.5719-2.25814.64783.48749.4558-0.1922-0.0063-0.09310.8741-0.01930.16461.2938-0.04450.21150.3380.0724-0.09740.21620.07980.27740.08621.3195-0.0116
42.7633.41723.15654.25593.91173.60930.3444-0.2379-0.14990.3844-0.2073-0.15820.3579-0.2611-0.13710.0666-0.0275-0.04460.18570.05360.0435-8.476926.5106-5.0601
50.56181.42860.98156.53050.58092.98030.00710.1256-0.0734-0.0066-0.1041-0.52220.02060.49820.0970.0696-0.0139-0.01240.16520.00840.06250.038231.6147-9.3958
61.8266-0.6720.08493.1348-4.343711.3885-0.0508-0.12440.14210.25830.26290.3501-0.2515-0.5605-0.21220.0410.01770.01430.1167-0.04850.1589-36.35437.6342-20.6818
73.47360.06031.79851.1206-0.70513.4721-0.070.11220.17370.07310.01460.07290.0498-0.05760.05550.0168-0.0170.00950.0546-0.03470.0495-25.587432.093-21.5634
81.7097-0.49691.54141.9107-1.08792.3295-0.039-0.09220.23610.0683-0.08230.1193-0.20470.01590.12120.0343-0.01830.00610.0878-0.05740.0916-30.72135.6437-22.9189
92.15660.41240.21265.75660.04212.61940.0197-0.06620.0040.17030.0035-0.05880.0187-0.0733-0.02320.04710.0342-0.01910.1218-0.01790.0701-54.280127.2673-45.8269
102.05050.56130.89734.0130.22621.0793-0.0721-0.18240.1692-0.10660.03330.6095-0.2047-0.41850.03870.09330.0526-0.00210.21620.00420.1135-62.167926.5342-46.2562
112.61010.65330.54411.83920.18131.66960.06010.0457-0.1124-0.00180.00750.05520.2131-0.0812-0.06750.0512-0.0216-0.00940.0568-0.00640.0272-27.08112.8778-23.974
1213.33719.27397.80846.81926.08426.0551-0.33070.07240.3171-0.15980.08520.35690.0514-0.02650.24540.0773-0.023-0.04680.0910.09040.1595-33.145214.3855-31.5906
130.4080.35020.18672.801-1.92041.99590.03070.0833-0.0411-0.0747-0.0826-0.14480.07330.08890.05180.06240.0162-0.0550.08290.00010.0881-48.862418.5254-54.6957
140.6623-0.61511.79884.7284-2.76175.1911-0.0140.14820.00690.016-0.020.0352-0.13670.39710.0340.17020.0003-0.0630.149-0.01250.1356-43.44518.4871-48.0811
150.79850.28880.01741.3244-0.80082.62710.03470.11080.0112-0.3453-0.0241-0.09750.086-0.0752-0.01060.14140.0186-0.00790.1408-0.00570.1082-48.36918.4685-60.4422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A99 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2A113 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4A143 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5A176 - 184
6X-RAY DIFFRACTION6H2 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7H29 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8H64 - 118
9X-RAY DIFFRACTION9H119 - 179
10X-RAY DIFFRACTION10H180 - 216
11X-RAY DIFFRACTION11L1 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12L102 - 114
13X-RAY DIFFRACTION13L115 - 159
14X-RAY DIFFRACTION14L160 - 177
15X-RAY DIFFRACTION15L178 - 219

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る