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万見
- PDB-4lpz: ARNT transcription factor/coactivator complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpz
タイトルARNT transcription factor/coactivator complex
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / PAS domain coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


interkinetic nuclear migration / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / astral microtubule organization / aryl hydrocarbon receptor complex / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics ...interkinetic nuclear migration / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / astral microtubule organization / aryl hydrocarbon receptor complex / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics / regulation of microtubule-based process / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / hemopoiesis / centriolar satellite / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of glycolytic process / neurogenesis / mitotic spindle organization / positive regulation of erythrocyte differentiation / PPARA activates gene expression / cerebral cortex development / mitotic spindle / negative regulation of inflammatory response / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / postsynaptic density / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / glutamatergic synapse / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...Transforming acidic coiled-coil-containing protein, C-terminal / TACC family / Transforming acidic coiled-coil-containing protein (TACC), C-terminal / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Guo, Y. / Scheuermann, T.H. / Gardner, K.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Coiled-coil coactivators play a structural role mediating interactions in hypoxia-inducible factor heterodimerization.
著者: Guo, Y. / Scheuermann, T.H. / Partch, C.L. / Tomchick, D.R. / Gardner, K.H.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
C: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
D: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0834
ポリマ－38,0834
非ポリマー00
水00
1
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
C: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3
D: Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0834
ポリマ－38,0834
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.846, 59.816, 73.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A104 - 359
2010B104 - 359
詳細the biological assembly is contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF-1-beta / HIF1-beta


分子量: 13956.701 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS 2 and PAC domain residues 356-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#2: タンパク質・ペプチド Transforming acidic coiled-coil-containing protein 3


分子量: 5084.926 Da / 分子数: 2 / Mutation: D622A, E629A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JJ11*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Succinic acid, 30% w/v D-Sorbitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: custom / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 8354 / Num. obs: 8354 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 73.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / % possible all: 65.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EQ1

4eq1


解像度: 3.15→44.268 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.03 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2718 832 9.99 %random
Rwork0.2445 ---
obs0.2472 8332 94.17 %-
all-8332 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→44.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 0 0 2108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7592882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.661798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002364
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15881 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1504-3.34770.31231060.2793954X-RAY DIFFRACTION73
3.3477-3.60610.35891340.27991207X-RAY DIFFRACTION93
3.6061-3.96880.28361440.23421320X-RAY DIFFRACTION99
3.9688-4.54250.23881470.20661320X-RAY DIFFRACTION100
4.5425-5.72120.27241480.2371328X-RAY DIFFRACTION100
5.7212-44.27270.25221530.26271371X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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