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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pky | ||||||
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Title | ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/CELL CYCLE / PAS DOMAIN / ARNT-HIF TRANSCRIPTION FACTOR-COACTIVATOR COMPLEX / TRANSCRIPTION-CELL CYCLE complex | ||||||
Function / homology | ![]() interkinetic nuclear migration / myoblast fate commitment / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / astral microtubule organization / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation ...interkinetic nuclear migration / myoblast fate commitment / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / astral microtubule organization / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / regulation of microtubule-based process / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / hemopoiesis / centriolar satellite / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of mitotic spindle organization / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / visual perception / Pexophagy / positive regulation of glycolytic process / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / neurogenesis / mitotic spindle organization / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / mitotic spindle / cerebral cortex development / transcription coactivator binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / spindle pole / microtubule cytoskeleton organization / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / cell population proliferation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / postsynaptic density / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / glutamatergic synapse / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Partch, C.L. / Gardner, K.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coiled-coil Coactivators Play a Structural Role Mediating Interactions in Hypoxia-inducible Factor Heterodimerization. Authors: Guo, Y. / Scheuermann, T.H. / Partch, C.L. / Tomchick, D.R. / Gardner, K.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4lpzSC ![]() 3f1oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a heterotrimer consisting of one copy of molecule 1 and two copies of molecule 2. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A, B & C and chains D, E & F). There is an additional molecule 3 that is not part of the biological unit, but is part of the crystalline lattice (chain G). |
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Components
#1: Protein | Mass: 14243.098 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal PAS 2 domain residues 342-456 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The first six residues of the sequence (GEFKGL) are N-terminal cloning artifacts. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 5814.726 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain Coiled coil residues 496-542 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The first three residues of the sequence (GEF) are N-terminal cloning artifacts. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 13538.300 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: C-terminal PAS 2 and PAC domain residues 239-350 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The first six residues of the sequence (GEFKGL) are N-terminal cloning artifacts. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2009 / Details: monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97951 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.2→48.07 Å / Num. all: 14853 / Num. obs: 14853 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 52.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Χ2: 0.916 / Net I/av σ(I): 11.571 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 106957 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3F1O, 4LPZ Resolution: 3.2→48.068 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 187.3 Å2 / Biso mean: 56.0709 Å2 / Biso min: 11.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.2→48.068 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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