[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3klq: Crystal Structure of the Minor Pilin FctB from Streptococcus pyog... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3klq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the Minor Pilin FctB from Streptococcus pyogenes 90/306S | ||||||
Components | Putative pilus anchoring protein | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / CnaB fold / inverse IgG fold / polyproline-II-like helix | ||||||
Function / homology | Immunoglobulin-like - #3050 / Streptococcal pilin isopeptide linker / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / Spy0128-like isopeptide containing domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Putative pilus anchoring protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIR / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Linke, C. / Young, P.G. / Bunker, R.D. / Caradoc-Davies, T.T. / Baker, E.N. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2010 Title: Crystal structure of the minor pilin FctB reveals determinants of Group A streptococcal pilus anchoring Authors: Linke, C. / Young, P.G. / Kang, H.J. / Bunker, R.D. / Middleditch, M.J. / Caradoc-Davies, T.T. / Proft, T. / Baker, E.N. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3klq.cif.gz | 71.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3klq.ent.gz | 53.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3klq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3klq_validation.pdf.gz | 444.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3klq_full_validation.pdf.gz | 447 KB | Display | |
Data in XML | 3klq_validation.xml.gz | 14.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3klq_validation.cif.gz | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3klq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 15466.409 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Strain: 90/306S / Gene: fctB / Plasmid: pProEx Hta / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) pRIL / References: UniProt: D2KPJ6 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.25 Å3/Da / Density % sol: 71.04 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1M Na-citrate, 0.1M Na-cadoylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→19.555 Å / Num. obs: 40679 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SIR / Resolution: 1.9→19.554 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.03 / σ(F): 1.38 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 0.8 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.364 Å2 / ksol: 0.437 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 168.11 Å2 / Biso mean: 41.829 Å2 / Biso min: 13.27 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→19.554 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|