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万見
- PDB-2ml8: NMR structure of Saccharomyces cerevisiae Acyl Carrier Protein. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ml8
タイトルNMR structure of Saccharomyces cerevisiae Acyl Carrier Protein.
要素Fatty acid synthase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / ACP / Fatty acid Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / : / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain ...Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / : / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wider, G. / Perez, D.R. / Leibundgut, M.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: NMR structure of Saccharomyces cerevisiae Acyl Carrier Protein
著者: Perez, D.R. / Wider, G.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2009
タイトル: 1H, 15N, 13C resonance assignment of the acyl carrier protein subunit of the Saccharomyces cerevisiae fatty acid synthase.
著者: Perez, D.R. / Wider, G.
履歴
登録2014年2月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8191
ポリマ－19,8191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase subunit alpha / Acyl carrier / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Beta-ketoacyl reductase / 3-oxoacyl- ...Acyl carrier / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Beta-ketoacyl reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / Beta-ketoacyl synthase


分子量: 19819.492 Da / 分子数: 1 / 断片: Acyl Carrier, UNP RESIDUES 138-302 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FAS2, YPL231W, P1409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19097, fatty-acyl-CoA synthase system

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: 1H, 13C, 15N Resonances Structure of Acyl Carrier Protein of Saccharomyces cerevisiae Fatty acid Synthase
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCA
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-13C; U-15N] Acyl Carrier Protein-1, 52 mM KH2PO4 : K2HPO4 (0.685 : 0.315) buffer-2, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAcyl Carrier Protein-1[U-13C; U-15N]1
52 mMKH2PO4 : K2HPO4 (0.685 : 0.315) buffer-21
試料状態イオン強度: 0.052 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANA精密化
Amber精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3713 / NOE intraresidue total count: 876 / NOE long range total count: 911 / NOE medium range total count: 931 / NOE sequential total count: 995
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.28 Å / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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