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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lp7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human metapneumovirus matrix protein | ||||||
![]() | Matrix protein M | ||||||
![]() | CALCIUM BINDING PROTEIN / twisted beta sandwich / viral matrix / lipid binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() virion assembly / viral envelope / host cell plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leyrat, C. / Harlos, K. / Grimes, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and self-assembly of the calcium binding matrix protein of human metapneumovirus. 著者: Cedric Leyrat / Max Renner / Karl Harlos / Juha T Huiskonen / Jonathan M Grimes / ![]() 要旨: The matrix protein (M) of paramyxoviruses plays a key role in determining virion morphology by directing viral assembly and budding. Here, we report the crystal structure of the human metapneumovirus ...The matrix protein (M) of paramyxoviruses plays a key role in determining virion morphology by directing viral assembly and budding. Here, we report the crystal structure of the human metapneumovirus M at 2.8 Å resolution in its native dimeric state. The structure reveals the presence of a high-affinity Ca²⁺ binding site. Molecular dynamics simulations (MDS) predict a secondary lower-affinity site that correlates well with data from fluorescence-based thermal shift assays. By combining small-angle X-ray scattering with MDS and ensemble analysis, we captured the structure and dynamics of M in solution. Our analysis reveals a large positively charged patch on the protein surface that is involved in membrane interaction. Structural analysis of DOPC-induced polymerization of M into helical filaments using electron microscopy leads to a model of M self-assembly. The conservation of the Ca²⁺ binding sites suggests a role for calcium in the replication and morphogenesis of pneumoviruses. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 298 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27670.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG6000, 100 mM Tris, pH 8.0, 10 mM zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月30日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 9.6 % / 数: 269370 / Rmerge(I) obs: 0.194 / D res high: 2.835 Å / D res low: 275.385 Å / Num. obs: 27947 / % possible obs: 99.5 | ||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.83→53.701 Å / Num. all: 28144 / Num. obs: 27947 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 76.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rsym value: 0.205 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.83→2.99 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 1.9 / % possible all: 99.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2VQP 解像度: 2.83→53.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9129 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.639 / SU Rfree Blow DPI: 0.314 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 289.72 Å2 / Biso mean: 87.8343 Å2 / Biso min: 41.26 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.407 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→53.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.83→2.94 Å / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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