PDB-4lnw: Crystal structure of TR-alpha bound to T3 in a second site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lnw

タイトル

Crystal structure of TR-alpha bound to T3 in a second site

要素

Thyroid hormone receptor alpha

キーワード

TRANSCRIPTION / Mainly Alpha Orthogonal Bundle / Transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / female courtship behavior / regulation of lipid catabolic process / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / cartilage condensation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Puhl, A.C. / Aparicio, R. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2014
タイトル: Identification of a new hormone-binding site on the surface of thyroid hormone receptor.
著者: Souza, P.C. / Puhl, A.C. / Martinez, L. / Aparicio, R. / Nascimento, A.S. / Figueira, A.C. / Nguyen, P. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lnw.cif.gz	133.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lnw.ent.gz	104.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lnw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lnw_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lnw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4lnw_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	4lnw_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4lnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/4lnw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lnxC 3ilz 3jzb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jzb-d 4lnx-d 1s0x-d 4mf6-d 2h79-d 6cen-d 6ijr-1 5fu3-d 4mf5-d 4s1k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thyroid hormone receptor alpha

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.781, 80.789, 102.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thyroid hormone receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 1 / V-erbA-related protein 7 / EAR-7 / c-erbA-1 / c-erbA-alpha 分子量: 30777.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRA, EAR7, ERBA1, NR1A1, THRA1, THRA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10827
#2: 化合物	ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン分子量: 650.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂I₃NO₄ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO P10827-2, ISOFORM ALPHA-1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.0 M sodium cacodylate and 0.1 M sodium acetate threehydrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月16日

放射

モノクロメーター: OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→63.464 Å / Num. all: 39937 / Num. obs: 39906 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 28.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 25.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.9-2	8	0.349	2.1	0.349	1	99.9
2-2.12	8	0.206	3.7	0.206	1	99.9
2.12-2.27	8.1	0.133	5.7	0.133	1	100
2.27-2.45	8.3	0.094	7.8	0.094	1	100
2.45-2.69	8.4	0.068	10.6	0.068	1	100
2.69-3	8.3	0.054	12.9	0.054	1	100
3-3.47	8.1	0.042	14.8	0.042	1	100
3.47-4.25	7.9	0.034	16.7	0.034	1	100
4.25-6.01	7.2	0.033	17.1	0.033	1	100
6.01-102.562	6.4	0.031	18	0.031	1	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA	3.1.9	データスケーリング
AMoRE		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→37.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	2005	5.03 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.16	39829	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2073	0	46	324	2443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.321	3243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.658	970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9475	0.2416	155	0.195	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9475-2.0002	0.1911	140	0.1828	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0002-2.0591	0.1936	148	0.1695	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0591-2.1255	0.2069	142	0.1568	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1255-2.2015	0.2078	138	0.1565	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.2896	0.1841	140	0.1584	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2896-2.3938	0.1926	145	0.1543	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.52	0.1605	129	0.1536	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6778	0.1852	139	0.1559	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6778-2.8845	0.1777	126	0.1581	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-3.1746	0.1842	139	0.1662	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1746-3.6337	0.1788	139	0.1505	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6337-4.5768	0.166	167	0.1382	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5768-37.5919	0.1941	158	0.1739	2861	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1791	7.2976	-8.7565	5.8621	-7.1684	9.0642	-0.6917	0.3772	-0.4829	-0.1332	-0.0325	0.0526	1.1305	-0.8012	0.6137	0.4121	-0.0142	0.2091	0.3353	-0.0811	0.4444	14.3887	3.251	52.3791
2	1.8971	2.4889	-1.555	6.8201	-3.878	3.3057	-0.0161	-0.337	0.1176	0.4964	0.0953	0.2094	-0.1305	-0.1257	-0.0763	0.1785	0.0048	0.0414	0.3115	-0.008	0.1596	24.2232	22.1209	51.0207
3	1.9828	-1.5843	1.4665	3.0636	-0.4196	1.8474	-0.0158	-0.0655	-0.3882	0.7338	0.6759	1.2894	-0.2539	-1.5383	-0.6559	0.3706	0.0882	0.1337	0.505	0.1622	0.6661	15.6722	42.2051	34.0322
4	0.9662	0.1882	-0.3958	1.9926	-0.9446	1.7819	0.009	0.0913	0.1574	-0.0522	0.0664	0.1573	-0.1208	-0.1197	-0.0543	0.1211	0.0157	-0.0004	0.1843	0.0019	0.1473	28.0979	33.1432	33.7147
5	3.3293	1.2771	-0.2882	3.8059	0.2274	2.6686	-0.0947	-0.021	-0.3105	0.0697	-0.044	0.1036	0.2524	-0.2324	0.1266	0.1682	0.0038	0.047	0.1806	-0.0045	0.1218	26.4105	14.2069	41.966
6	0.352	0.9251	-0.3341	6.3799	-0.4576	1.2756	-0.0119	0.0403	-0.0384	0.0358	-0.1166	-0.3227	0.0049	0.1756	0.1338	0.1288	0.0175	0.011	0.2376	0.0326	0.2178	34.048	33.1704	28.1567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 145 through 161 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 162 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 179 through 198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 199 through 333 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 335 through 362 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 363 through 407 )

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