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- PDB-4ln6: The crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ln6
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from a h7n9 influenza virus (a/shanghai/2/2013)
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / RECEPTOR SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / : 2013
タイトル: Structural Analysis of the Hemagglutinin from the Recent 2013 H7N9 Influenza Virus.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,80831
ポリマ-337,31312
非ポリマー5,49519
4,053225
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,77116
ポリマ-168,6576
非ポリマー3,11410
1086
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34420 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area58220 Å2
手法PISA
2
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9055
ポリマ-56,2192
非ポリマー6863
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
3
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0675
ポリマ-56,2192
非ポリマー8483
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
4
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7996
ポリマ-56,2192
非ポリマー1,5814
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area24040 Å2
手法PISA
5
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,03815
ポリマ-168,6576
非ポリマー2,3819
1086
タイプ名称対称操作
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33410 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area58700 Å2
手法PISA
6
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9055
ポリマ-56,2192
非ポリマー6863
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23720 Å2
手法PISA
7
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0675
ポリマ-56,2192
非ポリマー8483
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
8
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0675
ポリマ-56,2192
非ポリマー8483
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.023, 152.834, 155.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14A
24I
15A
25K
16B
26D
17B
27F
18B
28H
19B
29J
110B
210L
111C
211E
112C
212G
113C
213I
114C
214K
115D
215F
116D
216H
117D
217J
118D
218L
119E
219G
120E
220I
121E
221K
122F
222H
123F
223J
124F
224L
125G
225I
126G
226K
127H
227J
128H
228L
129I
229K
130J
230L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
21ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
12ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
22ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
13ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
23ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
14ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
24ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
15ASPASPGLUGLUAA1 - 3165 - 320
25ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
16ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
26ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
17ALAALAILEILEBB5 - 1715 - 171
27ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
18ALAALAARGARGBB5 - 1705 - 170
28ALAALAARGARGHH5 - 1705 - 170
19ALAALAARGARGBB5 - 1705 - 170
29ALAALAARGARGJJ5 - 1705 - 170
110ALAALAARGARGBB5 - 1705 - 170
210ALAALAARGARGLL5 - 1705 - 170
111ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
211ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
112ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
212ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
113ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
213ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
114ASPASPGLUGLUCC1 - 3165 - 320
214ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
115ALAALAILEILEDD5 - 1715 - 171
215ALAALAILEILEFF5 - 1715 - 171
116ALAALAARGARGDD5 - 1705 - 170
216ALAALAARGARGHH5 - 1705 - 170
117ALAALAARGARGDD5 - 1705 - 170
217ALAALAARGARGJJ5 - 1705 - 170
118ALAALAARGARGDD5 - 1705 - 170
218ALAALAARGARGLL5 - 1705 - 170
119ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
219ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
120ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
220ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
121ASPASPGLUGLUEE1 - 3165 - 320
221ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
122ALAALAARGARGFF5 - 1705 - 170
222ALAALAARGARGHH5 - 1705 - 170
123ALAALAARGARGFF5 - 1705 - 170
223ALAALAARGARGJJ5 - 1705 - 170
124ALAALAARGARGFF5 - 1705 - 170
224ALAALAARGARGLL5 - 1705 - 170
125ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
225ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
126ASPASPGLUGLUGG1 - 3165 - 320
226ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
127PHEPHEILEILEHH3 - 1713 - 171
227PHEPHEILEILEJJ3 - 1713 - 171
128PHEPHEILEILEHH3 - 1713 - 171
228PHEPHEILEILELL3 - 1713 - 171
129ASPASPGLUGLUII1 - 3165 - 320
229ASPASPGLUGLUKK1 - 3165 - 320
130PHEPHEILEILEJJ3 - 1713 - 171
230PHEPHEILEILELL3 - 1713 - 171

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
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19
20
21
22
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28
29
30

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 35333.891 Da / 分子数: 6 / 断片: HA1 subunit residues 19-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 20884.959 Da / 分子数: 6 / 断片: HA2 subunit residues 340-517 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4NN21*PLUS

-
, 4種, 13分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 231分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG3350, pH 8.0, Microbatch, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.852
11L, H, K20.063
11-K, -L, H30.085
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 15241 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→49.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.277 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25926 10047 5.1 %RANDOM
Rwork0.23828 ---
all0.24 199965 --
obs0.23935 188396 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.72 Å20 Å20 Å2
2--9.13 Å20 Å2
3---13.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22677 0 351 225 23253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01923489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0221760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8651.95431767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2573.00249839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68552892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24324.5241167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.399153969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.60315168
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.23474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0227034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.025572
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A184270.06
12C184270.06
21A185250.04
22E185250.04
31A185680.03
32G185680.03
41A185480.04
42I185480.04
51A185540.03
52K185540.03
61B90510.03
62D90510.03
71B90390.02
72F90390.02
81B89500.02
82H89500.02
91B89430.02
92J89430.02
101B89470.02
102L89470.02
111C184970.05
112E184970.05
121C185050.05
122G185050.05
131C185150.05
132I185150.05
141C184820.05
142K184820.05
151D90530.02
152F90530.02
161D89500.03
162H89500.03
171D89470.03
172J89470.03
181D89540.03
182L89540.03
191E186070.03
192G186070.03
201E186860.02
202I186860.02
211E186420.02
212K186420.02
221F89490.02
222H89490.02
231F89470.02
232J89470.02
241F89490.02
242L89490.02
251G186630.02
252I186630.02
261G186720.02
262K186720.02
271H91170.01
272J91170.01
281H91130.01
282L91130.01
291I186820.01
292K186820.01
301J91130.01
302L91130.01
LS精密化 シェル解像度: 2.116→2.171 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 351 -
Rwork0.421 5385 -
obs--37.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29490.27740.22620.38670.28380.2356-0.04490.045-0.0199-0.1180.0563-0.0188-0.10070.0606-0.01130.1484-0.03550.02330.0245-0.0010.0098-19.6169-36.567431.7669
20.7850.43590.40560.3380.25130.22050.0663-0.13660.0025-0.0367-0.0647-0.01730.0164-0.0778-0.00160.1546-0.0585-0.00960.06290.00350.01073.3831-5.077463.7735
30.4120.34360.61010.36180.41741.2064-0.0145-0.09780.0784-0.0361-0.05590.05110.0606-0.1340.07040.11960.0296-0.02360.0463-0.03910.039-45.4273-19.406440.9784
40.27730.45860.32330.78880.5540.4980.01250.0085-0.0448-0.04330.0142-0.0613-0.04680.0009-0.02670.145-0.0208-0.01250.0599-0.05010.0529-14.34143.541172.7899
50.62920.43210.18290.38690.24740.27920.0520.0088-0.00270.0841-0.0481-0.02160.0336-0.0759-0.0040.1184-0.0161-0.01810.03540.01210.0148-36.0057-45.040758.8856
60.43490.2950.40760.26060.40.6701-0.0516-0.04870.0135-0.0733-0.00570.0395-0.0630.01260.05740.1428-0.0105-0.05060.03440.00830.0244-5.2577-14.134681.4453
71.08470.3919-0.41530.3073-0.26110.26610.0644-0.1957-0.10430.0133-0.0705-0.0095-0.07720.09980.00610.1468-0.03960.02470.06390.01090.0225-3.6527-58.517483.0738
80.7160.7516-0.56130.9137-0.67610.5079-0.04360.01320.0043-0.04620.0197-0.02460.0714-0.02530.0240.1906-0.06220.02920.08720.02470.030529.9022-35.044953.2039
90.2884-0.234-0.27510.24120.27050.5076-0.00880.0213-0.02450.0357-0.04250.06240.02710.00780.05130.1060.01820.00090.0431-0.03460.0445-18.657-5.3683-3.5734
101.0546-0.6967-0.77580.48630.57720.77320.06450.00120.0186-0.0734-0.0181-0.0366-0.0513-0.0357-0.04630.16770.03870.07230.0615-0.01780.0718-42.156723.903929.7857
110.3834-0.3859-0.28950.73740.4020.3244-0.0045-0.11810.0113-0.07890.0503-0.0497-0.03230.0321-0.04590.13690.01570.01140.06790.01660.01345.2911-4.001218.6531
120.7402-0.823-0.98990.96971.06271.37280.01540.092-0.05850.0003-0.08740.0411-0.0292-0.08770.0720.14470.00410.01660.1091-0.06270.0449-24.663229.207141.9358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 316
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 171
4X-RAY DIFFRACTION2B500
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 316
6X-RAY DIFFRACTION3C401 - 403
7X-RAY DIFFRACTION4D5 - 171
8X-RAY DIFFRACTION4D500
9X-RAY DIFFRACTION5E1 - 316
10X-RAY DIFFRACTION5E402 - 407
11X-RAY DIFFRACTION6F5 - 171
12X-RAY DIFFRACTION6F500
13X-RAY DIFFRACTION7G1 - 316
14X-RAY DIFFRACTION7G401 - 402
15X-RAY DIFFRACTION8H3 - 171
16X-RAY DIFFRACTION8H500
17X-RAY DIFFRACTION9I1 - 316
18X-RAY DIFFRACTION9I401 - 403
19X-RAY DIFFRACTION10J3 - 171
20X-RAY DIFFRACTION10J500
21X-RAY DIFFRACTION11K1 - 316
22X-RAY DIFFRACTION11K401 - 403
23X-RAY DIFFRACTION12L3 - 171
24X-RAY DIFFRACTION12L500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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