PDB-4llr: Tryparedoxin peroxidase (TXNPX) from trypanosoma cruzi in the red...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4llr

タイトル

Tryparedoxin peroxidase (TXNPX) from trypanosoma cruzi in the reduced state

要素

Tryparedoxin peroxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXIN / PEROXIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Pineyro, M.D. / Pizarro, J.C. / Lema, F. / Pritsch, O. / Cayota, A. / Bentley, G.A. / Robello, C.

引用

ジャーナル: J.STRUCT.BIOL. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the TRYPAREDOXIN PEROXIDASE from the human parasite TRYPANOSOMA CRUZI
著者: Pineyro, M.D. / Pizarro, J.C. / Lema, F. / Pritsch, O. / Cayota, A. / Bentley, G.A. / Robello, C.

履歴

登録	2013年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年10月9日	ID: 1UUL
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4llr.cif.gz	383.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4llr.ent.gz	316.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4llr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4llr_validation.pdf.gz	490.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4llr_full_validation.pdf.gz	517.3 KB	表示
XML形式データ	4llr_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	4llr_validation.cif.gz	96.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e2yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kj1-d 1qmv-d 4k1f-1 2z9s-d 7kiz-d 5zte-1 2pn8-d 5zte-2 3tkr-d 4xra-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryparedoxin peroxidase

B: Tryparedoxin peroxidase

C: Tryparedoxin peroxidase

D: Tryparedoxin peroxidase

E: Tryparedoxin peroxidase

F: Tryparedoxin peroxidase

G: Tryparedoxin peroxidase

H: Tryparedoxin peroxidase

I: Tryparedoxin peroxidase

J: Tryparedoxin peroxidase

223 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.555, 87.018, 127.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 197 / Label seq-ID: 4 - 197

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Tryparedoxin peroxidase / Tryparedoxin peroxidase homologue 分子量: 22262.688 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 株: CL BRENER / 遺伝子: Tryp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O96763
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100MM EDTA, 15% PEG3350, 10% GLYCEROL, 100MM TRISHCL PH7.5, 100MM DTT, 0.25% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 66025 / Num. obs: 66025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.72 % / R_merge(I) obs: 0.132
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.63 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 6.44 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E2Y

1e2y

解像度: 2.8→29.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.056 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19518	3350	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16195	-	-	-
obs	0.16361	62685	99.81 %	-
all	-	62685	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	-0.14 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15380	0	0	453	15833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	15760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	15010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.83	1.969	21270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.695	3	34810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.619	5	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.839	24.571	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.56	15	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.286	15	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	17580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.268	2.833	7750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.268	2.832	7749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.606	4.237	9670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.463	3.225	8010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11577	0.09
1	2	B	11577	0.09
2	1	A	11587	0.1
2	2	C	11587	0.1
3	1	A	11527	0.1
3	2	D	11527	0.1
4	1	A	11567	0.1
4	2	E	11567	0.1
5	1	A	11706	0.1
5	2	F	11706	0.1
6	1	A	11488	0.1
6	2	G	11488	0.1
7	1	A	11586	0.1
7	2	H	11586	0.1
8	1	A	11401	0.11
8	2	I	11401	0.11
9	1	A	11723	0.1
9	2	J	11723	0.1
10	1	B	11722	0.08
10	2	C	11722	0.08
11	1	B	11729	0.08
11	2	D	11729	0.08
12	1	B	11918	0.06
12	2	E	11918	0.06
13	1	B	11643	0.08
13	2	F	11643	0.08
14	1	B	11769	0.07
14	2	G	11769	0.07
15	1	B	11742	0.09
15	2	H	11742	0.09
16	1	B	11661	0.09
16	2	I	11661	0.09
17	1	B	11734	0.08
17	2	J	11734	0.08
18	1	C	11710	0.09
18	2	D	11710	0.09
19	1	C	11674	0.09
19	2	E	11674	0.09
20	1	C	11676	0.1
20	2	F	11676	0.1
21	1	C	11686	0.09
21	2	G	11686	0.09
22	1	C	11638	0.09
22	2	H	11638	0.09
23	1	C	11659	0.09
23	2	I	11659	0.09
24	1	C	11685	0.1
24	2	J	11685	0.1
25	1	D	11696	0.08
25	2	E	11696	0.08
26	1	D	11585	0.09
26	2	F	11585	0.09
27	1	D	11704	0.08
27	2	G	11704	0.08
28	1	D	11651	0.09
28	2	H	11651	0.09
29	1	D	11555	0.1
29	2	I	11555	0.1
30	1	D	11635	0.09
30	2	J	11635	0.09
31	1	E	11597	0.09
31	2	F	11597	0.09
32	1	E	11729	0.08
32	2	G	11729	0.08
33	1	E	11731	0.09
33	2	H	11731	0.09
34	1	E	11689	0.09
34	2	I	11689	0.09
35	1	E	11734	0.09
35	2	J	11734	0.09
36	1	F	11570	0.09
36	2	G	11570	0.09
37	1	F	11565	0.09
37	2	H	11565	0.09
38	1	F	11475	0.1
38	2	I	11475	0.1
39	1	F	11761	0.09
39	2	J	11761	0.09
40	1	G	11604	0.1
40	2	H	11604	0.1
41	1	G	11484	0.1
41	2	I	11484	0.1
42	1	G	11661	0.08
42	2	J	11661	0.08
43	1	H	11639	0.1
43	2	I	11639	0.1
44	1	H	11649	0.09
44	2	J	11649	0.09
45	1	I	11523	0.1
45	2	J	11523	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	240	-
R_work	0.236	4521	-
obs	-	-	99.6 %

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