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- PDB-4lla: Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB2 molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lla
タイトルCrystal structure of D3D4 domain of the LILRB2 molecule
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-like domain / immune-modulatory molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / positive regulation of long-term synaptic depression ...negative regulation of antigen processing and presentation / negative regulation of postsynaptic density organization / negative regulation of T cell costimulation / positive regulation of tolerance induction / MHC class Ib protein complex binding / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / positive regulation of long-term synaptic depression / immune response-regulating signaling pathway / positive regulation of T cell tolerance induction / interleukin-10-mediated signaling pathway / protein phosphatase 1 binding / positive regulation of regulatory T cell differentiation / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of long-term synaptic potentiation / heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of protein metabolic process / MHC class I protein binding / negative regulation of calcium ion transport / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / cellular defense response / negative regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / : / positive regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / immune response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Nam, G. / Shi, Y. / Ryu, M. / Wang, Q. / Song, H. / Liu, J. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the two membrane-proximal Ig-like domains (D3D4) of LILRB1/B2: alternative models for their involvement in peptide-HLA binding
著者: Nam, G. / Shi, Y. / Ryu, M. / Wang, Q. / Song, H. / Liu, J. / Yan, J. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2
C: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5673
ポリマ－64,5673
非ポリマー00
水1,26170
1
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5221
ポリマ－21,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5221
ポリマ－21,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5221
ポリマ－21,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.367, 66.170, 83.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 / LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / ...LIR-2 / Leukocyte immunoglobulin-like receptor 2 / CD85 antigen-like family member D / Immunoglobulin-like transcript 4 / ILT-4 / Monocyte/macrophage immunoglobulin-like receptor 10 / MIR-10


分子量: 21522.230 Da / 分子数: 3 / 変異: D3D4 domain, UNP residues 222-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LILRB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N423
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO NATURAL VARIANT RS386056.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.5M sodium formate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21731 / Num. obs: 21660 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 49.65 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.502→43.247 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7372 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 1106 5.11 %RANDOM
Rwork0.2213 ---
all0.2239 21645 --
obs0.2239 21645 99.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.21 Å2 / Biso mean: 51.6463 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→43.247 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4539 0 0 70 4609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3116354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3421734
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5017-2.61550.3711240.30982532265698
2.6155-2.75340.37751420.305525222664100
2.7534-2.92580.37591410.299425572698100
2.9258-3.15170.35761500.282625592709100
3.1517-3.46870.33021340.244225802714100
3.4687-3.97040.24331400.220425582698100
3.9704-5.0010.21471470.17342577272499
5.001-43.25330.21311280.18072654278299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.028 Å / Origin y: 9.663 Å / Origin z: 20.7969 Å
111213212223313233
T0.2031 Å20.0047 Å2-0.0152 Å2-0.1842 Å2-0.0076 Å2--0.1719 Å2
L0.1943 °20.0283 °2-0.0499 °2-0.0801 °2-0.082 °2---0.0286 °2
S-0.0281 Å °-0.0593 Å °0.0344 Å °-0.0125 Å °-0.0192 Å °0.0232 Å °0.0458 Å °0.0382 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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