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万見
- PDB-4ll7: Structure of She3p amino terminus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ll7
タイトルStructure of She3p amino terminus.
要素SWI5-dependent HO expression protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / She3p / myosin cargo adaptor protein / mRNA translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


mating type switching / endoplasmic reticulum inheritance / cellular bud tip / intracellular mRNA localization / sequence-specific mRNA binding / mRNA transport / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SWI5-dependent HO expression protein 3 / SWI5-dependent HO expression protein 3
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / : / ISOPROPYL ALCOHOL / : / SWI5-dependent HO expression protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Shi, H. / Singh, N. / Esselborn, F. / Blobel, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a myosinbulletadaptor complex and pairing by cargo.
著者: Shi, H. / Singh, N. / Esselborn, F. / Blobel, G.
履歴
登録2013年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 2.02019年7月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.formula / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI5-dependent HO expression protein 3
B: SWI5-dependent HO expression protein 3
C: SWI5-dependent HO expression protein 3
D: SWI5-dependent HO expression protein 3
E: SWI5-dependent HO expression protein 3
F: SWI5-dependent HO expression protein 3
G: SWI5-dependent HO expression protein 3
H: SWI5-dependent HO expression protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,51383
ポリマ－90,3828
非ポリマー9,13175
水3,513195
1
A: SWI5-dependent HO expression protein 3
C: SWI5-dependent HO expression protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,58626
ポリマ－22,5962
非ポリマー2,99124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
B: SWI5-dependent HO expression protein 3
D: SWI5-dependent HO expression protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,78320
ポリマ－22,5962
非ポリマー2,18818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
3
E: SWI5-dependent HO expression protein 3
H: SWI5-dependent HO expression protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,62518
ポリマ－22,5962
非ポリマー2,03016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area16860 Å2
手法PISA
4
F: SWI5-dependent HO expression protein 3
G: SWI5-dependent HO expression protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,51819
ポリマ－22,5962
非ポリマー1,92217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.069, 49.576, 149.950
Angle α, β, γ (deg.)89.960, 84.670, 89.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
SWI5-dependent HO expression protein 3


分子量: 11297.770 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 42-137 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SHE3, YBR130C, YBR1005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38272

-
非ポリマー , 7種, 270分子

#2: 化合物...
ChemComp-DY / DYSPROSIUM ION


分子量: 162.500 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Dy
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 0.45M Ammonium sulfate, 10% (v/v) 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.105 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. all: 35520 / Num. obs: 34442 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.31→29.86 Å / σ(F): 3805
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 3193 7.8 %
Rwork0.2314 25362 -
obs-28170 78.7 %
溶媒の処理Bsol: 63.1719 Å2
原子変位パラメータBiso max: 174.9 Å2 / Biso mean: 76.8162 Å2 / Biso min: 3.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.862 Å2-4.425 Å2-0.411 Å2
2--19.937 Å2-2.843 Å2
3----22.799 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5986 0 237 195 6418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.142
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.7741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.4942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.9082.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.31-2.380.30821920.26581576176849.2
2.38-2.480.32522070.26021922212959.6
2.48-2.590.26522450.19222180242566.5
2.59-2.730.24622680.20142368263675.4
2.73-2.90.27152800.22372545282579.2
2.9-3.120.2452880.22612730301882.9
3.12-3.440.24583260.21652837316389.7
3.44-3.930.2263560.19693018337493.7
3.93-4.950.2663440.2193031337595.4
4.95-500.30743020.29273155345796.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6iso.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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