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- PDB-4lkv: Determinants of lipid substrate and membrane binding for the tetr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lkv
タイトルDeterminants of lipid substrate and membrane binding for the tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4 -kinase LpxK
要素Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
キーワードTRANSFERASE / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolase / Kinase / Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Tetraacyldisaccharide-1-P 4'-kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LP4 / Chem-LP5 / Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5109 Å
データ登録者Emptage, R.P. / Tonthat, N.K. / York, J.D. / Schumacher, M.A. / Zhou, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Lipid Binding for the Membrane-embedded Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK.
著者: Emptage, R.P. / Tonthat, N.K. / York, J.D. / Schumacher, M.A. / Zhou, P.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 1.32014年9月24日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
B: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
C: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
D: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,4779
ポリマ－146,3914
非ポリマー3,0865
水00
1
A: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2604
ポリマ－36,5981
非ポリマー1,6623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5981
ポリマ－36,5981
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0213
ポリマ－36,5981
非ポリマー1,4242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tetraacyldisaccharide 4'-kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5981
ポリマ－36,5981
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.632, 140.691, 173.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain D) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'D')
詳細Estimated from size exclusion chromatography and asymmetric unit of entries 4EHW, 4EHX, and 4EHY.

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要素

#1: タンパク質
Tetraacyldisaccharide 4'-kinase / Lipid A 4'-kinase


分子量: 36597.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: lpxK, aq_1656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-LP4 / 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose


分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#4: 化合物 ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X


分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
非ポリマーの詳細LIPID IVa is represented by LP4 AND LP5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, MPD, lipid IVa, Tris, Triton X-100, DDM, NaCl, MgCl2, ADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 21311 / Num. obs: 20053 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.5-3.565.70.6872174.2
3.56-3.636.90.6632.4177.3
3.63-3.698.50.5613.4178.6
3.69-3.779.10.5083.8183.7
3.77-3.8510.50.4615184.5
3.85-3.9411.10.4086190.1
3.94-4.0411.90.3826.9196.3
4.04-4.1512.70.3458.5199.6
4.15-4.2713.90.26812.31100
4.27-4.4114.60.21815.51100
4.41-4.5714.90.16819.11100
4.57-4.7515.10.14421.81100
4.75-4.97150.14221.71100
4.97-5.23150.13522.91100
5.23-5.5514.90.12923.91100
5.55-5.9814.80.11824.21100
5.98-6.5814.80.125.91100
6.58-7.5314.70.08626.91100
7.53-9.4814.30.08126.61100
9.48-5012.40.08922.4196.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化解像度: 3.5109→39.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 33.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3305 1790 9.99 %
Rwork0.2667 --
obs0.273 17918 84.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 185.5541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5109→39.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10257 0 109 0 10366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83314250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.244107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041786
Refine LS restraints NCS数: 6212 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 8.986 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5109-3.60580.3973590.3262548X-RAY DIFFRACTION38
3.6058-3.71180.4044820.3343800X-RAY DIFFRACTION55
3.7118-3.83150.38231080.3151957X-RAY DIFFRACTION66
3.8315-3.96830.41521260.30831057X-RAY DIFFRACTION73
3.9683-4.12710.361310.29061156X-RAY DIFFRACTION80
4.1271-4.31470.31081450.27641329X-RAY DIFFRACTION91
4.3147-4.54180.30481620.26461427X-RAY DIFFRACTION97
4.5418-4.82590.29361540.24291431X-RAY DIFFRACTION98
4.8259-5.19780.32511700.25051449X-RAY DIFFRACTION98
5.1978-5.71950.37781610.27431469X-RAY DIFFRACTION99
5.7195-6.54390.39391600.30871483X-RAY DIFFRACTION99
6.5439-8.23230.33611610.27781500X-RAY DIFFRACTION100
8.2323-39.51230.25841710.20521522X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.054-0.01470.0870.0069-0.03280.1451-0.23370.090.3471-0.0985-0.2026-0.1159-0.3003-0.1415-1.26120.37820.2283-0.19050.17690.15550.4117-56.1398-7.3224-34.7332
20.60720.055-0.19580.67230.42330.3704-0.2274-0.20760.13080.1718-0.1936-0.1555-0.0548-0.0729-1.44940.28640.0913-0.13470.39290.09060.082-53.4395-12.2966-14.753
30.6063-0.03470.25890.4326-0.30580.6645-0.4692-0.18680.26180.1666-0.3672-0.4204-0.04240.139-4.9141-0.3450.40560.06850.29530.2410.0942-52.2473-12.1031-21.9327
40.25920.1239-0.04240.13490.08850.33810.03340.007-0.2280.06080.18740.00980.37720.18810.16570.13020.2344-0.33340.72850.47410.8635-44.1748-32.1921-15.9117
50.9047-0.4468-0.01840.23850.07750.1664-0.0202-0.2489-0.52970.0563-0.10850.17410.1343-0.0957-0.70120.23780.0688-0.30690.6150.28870.9226-49.663-27.8909-13.6057
60.01050.0242-0.01420.2141-0.23520.91-0.00940.0551-0.2144-0.0523-0.12210.08910.4743-0.213-0.41950.2516-0.14140.087-0.0437-0.29480.7928-10.1635-57.921-35.9536
70.061-0.16570.08660.5145-0.15020.295-0.16360.01730.05140.2164-0.2107-0.0055-0.14850.1372-0.65070.2717-0.37530.22780.4381-0.18170.7914-12.6376-51.8261-16.1243
80.01610.04760.02430.16980.07940.0346-0.0634-0.0761-0.15320.2843-0.01070.23860.1115-0.0466-0.08810.4249-0.01320.06940.0732-0.04350.6135-5.8371-53.7141-11.8167
90.0172-0.0427-0.04090.13710.10030.08470.06440.3156-0.35380.0321-0.23720.49860.0466-0.3775-0.05290.1501-0.2751-0.01530.1694-0.62040.6242-18.7177-47.6198-27.1284
100.1079-0.0227-0.06970.00640.01910.0487-0.01910.05490.0505-0.01520.02210.0245-0.02180.01230.08750.1022-0.16520.08250.2804-0.31510.312-10.3823-26.1424-21.9355
110.7079-0.13480.13560.38490.04480.3210.0128-0.0731-0.26970.2307-0.09790.15210.0453-0.22590.02250.1304-0.16290.06090.3633-0.36570.4539-11.2459-37.0716-16.5079
120.0099-0.04480.0770.1815-0.30950.54730.09560.0345-0.3314-0.12790.0820.53730.0917-0.25670.13080.25730.0587-0.11620.211-0.03150.5641-24.505722.2069-3.8299
130.2711-0.00710.03850.00080.0060.0105-0.00240.2022-0.0229-0.38660.11490.09730.0688-0.05610.5881.2252-0.4478-0.22010.2895-0.12380.0447-20.43029.5667-23.8425
140.1339-0.0601-0.04670.04310.11620.5658-0.0510.13640.0519-0.2704-0.0614-0.025-0.1795-0.0819-0.33051.7115-0.33790.02690.6175-0.09490.1425-17.983114.1359-34.2292
150.11220.0635-0.16050.0774-0.11090.22350.0746-0.0551-0.03850.01730.27970.20620.25110.06152.33271.3543-0.1418-0.24350.14490.2194-0.235-18.14778.1083-11.9281
161.1256-0.05130.36610.09670.38251.98550.06430.4112-0.0933-0.29340.3165-0.4015-0.3390.8122-0.03220.8736-0.06140.07610.4103-0.22130.30383.68585.1352-24.8646
170.01110.00550.00150.0171-0.00780.0039-0.0883-0.00390.1068-0.04970.05830.13180.01110.0023-01.1701-0.0579-0.11811.0989-0.27181.5425.289718.4295-18.8111
180.02170.01040.02260.00620.0150.0276-0.21460.32280.1902-0.15390.02170.0183-0.0211-0.40690.00910.6408-0.2978-0.39411.35170.27191.28525.617125.6312-26.6905
190.3999-0.02080.13320.4346-0.28110.2160.23220.40260.3105-0.60070.3629-0.2864-0.39920.57260.14941.1194-0.28840.42730.7243-0.27380.9452-3.7987.1171-27.0936
200.0129-0.01580.0108-0.03150.01350.0014-0.2546-0.43170.11030.5634-0.18830.5180.45120.0956-1.18521.01980.78881.2040.7244-0.44220.688-36.1475-26.2055-62.7862
210.2659-0.04570.04020.0167-0.02150.04690.07760.17040.142-0.1134-0.2370.0123-0.0538-0.0294-0.27670.52230.20660.31760.43510.04820.5988-33.986-14.3567-75.8878
220.15120.09480.15720.2914-0.10.3010.0475-0.2550.0790.02210.03480.1603-0.0850.07030.31320.70980.2380.34820.7445-0.23210.6848-21.2199-10.6826-57.8599
230.04040.0085-0.01190.0248-0.02430.02280.1584-0.24520.21930.10810.25930.0546-0.13070.302200.7801-0.00450.17920.5547-0.02530.709-7.5692-17.0779-61.1806
240.10960.0172-0.08130.0937-0.00360.0648-0.0499-0.3263-0.06160.2129-0.01760.11790.07250.03010.17910.37760.20640.24961.0928-0.08480.3657-8.7252-25.2858-53.6399
250.49890.0592-0.02090.0699-0.08140.11750.11290.10540.25150.1006-0.19340.4832-0.1178-0.232-0.11731.06830.41210.19990.8061-0.26361.06-34.4234-8.5216-60.9394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 248 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 249 through 315 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 50 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 51 through 80 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 81 through 129 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 130 through 222 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 223 through 248 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 249 through 315 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 25 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 80 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 81 through 129 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 130 through 199 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 200 through 228 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 229 through 248 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 249 through 267 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 268 through 315 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 2 through 173 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 174 through 199 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 200 through 221 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 222 through 248 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 249 through 290 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 291 through 315 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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