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Yorodumi- PDB-4ehw: Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus at 2.3 angstrom r... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ehw | ||||||
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Title | Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus at 2.3 angstrom resolution | ||||||
Components | Tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / lipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble IV, C.W. / Raetz, C.R.H. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Crystal structure of LpxK, the 4'-kinase of lipid A biosynthesis and atypical P-loop kinase functioning at the membrane interface. Authors: Emptage, R.P. / Daughtry, K.D. / Pemble, C.W. / Raetz, C.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ehw.cif.gz | 80.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ehw.ent.gz | 60.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ehw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36822.957 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Strain: VF5 / Gene: aq_1656, lpxK / Plasmid: pET42b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) References: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.58 Å3/Da / Density % sol: 73.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: sitting drop, vapor diffusion / pH: 7.5 Details: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~3-4 mg/ml protein, 36% MPD, 60 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Hepes pH 8.0, 0.3 M NaCl, 8% glycerol, 0.8 mM DTT, ...Details: The reservoir solution contained 60% MPD and 0.1 M Hepes pH 7.5. The drop contained ~3-4 mg/ml protein, 36% MPD, 60 mM Hepes pH 7.5, 10 mM Hepes pH 8.0, 0.3 M NaCl, 8% glycerol, 0.8 mM DTT, and ~0.1% DDM, sitting drop, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 25, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→48.57 Å / Num. all: 31121 / Num. obs: 31074 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 12.27 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.63 / Net I/σ(I): 13.8 / Scaling rejects: 62131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→25.873 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / Phase error: 28.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.408 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.82 Å2 / Biso mean: 69.6289 Å2 / Biso min: 33.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→25.873 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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