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Yorodumi- PDB-4itl: Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4itl | ||||||
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Title | Crystal structure of LpxK from Aquifex aeolicus in complex with AMP-PCP at 2.1 angstrom resolution | ||||||
Components | Tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / lipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.09 Å | ||||||
Authors | Emptage, R.P. / Pemble IV, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Mechanistic Characterization of the Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK Involved in Lipid A Biosynthesis. Authors: Emptage, R.P. / Pemble, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R. / Zhou, P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4itl.cif.gz | 143.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4itl.ent.gz | 111.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4itl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4itmC 4itnC 4ehyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36597.730 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Strain: VF5 / Gene: lpxK, aq_1656 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ACP / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: HEPES, MPD, NaCl, DDM, Glycerol, EDTA, AMP-PCP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.09→50 Å / Num. all: 31533 / Num. obs: 29108 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 2.155 / Net I/σ(I): 17.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4EHY Resolution: 2.09→35.453 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / Phase error: 22.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.32 Å2 / Biso mean: 50.2557 Å2 / Biso min: 15.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.09→35.453 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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