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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lkp | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Apo Human Epidermal Fatty Acid Binding Protein (FABP5) | ||||||
![]() | Fatty acid-binding protein, epidermal | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / Beta Barrel / Beta Clam / Fatty Acid Binding Protein / Fatty Acids / Nucleus | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Armstrong, E.H. / Ortlund, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for ligand regulation of the fatty acid-binding protein 5, peroxisome proliferator-activated receptor beta / delta (FABP5-PPAR beta / delta ) signaling pathway. 著者: Armstrong, E.H. / Goswami, D. / Griffin, P.R. / Noy, N. / Ortlund, E.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 15457.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 116分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 300mM Na/K tartrate, 100mM Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 18056 / Num. obs: 18056 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.113 / Net I/σ(I): 21.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 41.8 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.63 Å2 / Biso mean: 20.9284 Å2 / Biso min: 6.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→48.092 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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