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- PDB-3zto: Orthorhombic crystal form C222 of the Aquifex aeolicus nucleoside... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zto
タイトルOrthorhombic crystal form C222 of the Aquifex aeolicus nucleoside diphosphate kinase
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Boissier, F. / Georgescauld, F. / Moynie, L. / Dupuy, J.-W. / Sarger, C. / Podar, M. / Lascu, I. / Giraud, M.-F. / Dautant, A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: An Intersubunit Disulfide Bridge Stabilizes the Tetrameric Nucleoside Diphosphate Kinase of Aquifex Aeolicus.
著者: Boissier, F. / Georgescauld, F. / Moynie, L. / Dupuy, J. / Sarger, C. / Podar, M. / Lascu, I. / Giraud, M. / Dautant, A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The Structure of the Escherichia Coli Nucleoside Diphosphate Kinase Reveals a New Quaternary Architecture for This Enzyme Family.
著者: Moynie, L. / Giraud, M. / Georgescauld, F. / Lascu, I. / Dautant, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Myxococcus Xanthus Nucleoside Diphosphate Kinase and its Interaction with a Nucleotide Substrate at 2.0 A Resolution.
著者: Williams, R.L. / Oren, D.A. / Munoz-Dorado, J. / Inouye, S. / Inouye, M. / Arnold, E.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1553
ポリマ－15,9631
非ポリマー1922
水3,315184
1
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,62212
ポリマ－63,8534
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.130, 101.060, 62.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

21A-2050-

HOH

31A-2061-

HOH

41A-2062-

HOH

51A-2118-

HOH

61A-2152-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDK / NDP KINASE / NUCLEOSIDE-2-P KINASE


分子量: 15963.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67528, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→15.54 Å / Num. obs: 23200 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLK

1nlk


解像度: 1.47→15.763 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: IN THE SSBOND CARDS: THE FIRST ATOM BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER A (WITH OCCUPANCY Q1). THE SECOND ONE BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER B (WITH OCCUPANCY Q2). ABS(Q1 - Q2)*100 IS THE ...詳細: IN THE SSBOND CARDS: THE FIRST ATOM BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER A (WITH OCCUPANCY Q1). THE SECOND ONE BELONGS TO THE ALTERNATE CONFORMER B (WITH OCCUPANCY Q2). ABS(Q1 - Q2)*100 IS THE PERCENTAGE OF CYS133 NOT INVOLVED IN THE DISULFIDE BRIDGE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1806 1197 5.2 %
Rwork0.1506 --
obs0.1522 23194 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.145 Å2 / ksol: 0.501 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0035 Å20 Å20 Å2
2---0.1847 Å20 Å2
3----3.8188 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→15.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1112 0 10 184 1306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2161616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.536464
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.52880.27191270.26422376X-RAY DIFFRACTION97
1.5288-1.59830.23691260.2112450X-RAY DIFFRACTION100
1.5983-1.68250.23441400.17612429X-RAY DIFFRACTION100
1.6825-1.78780.20681240.16652441X-RAY DIFFRACTION100
1.7878-1.92560.15751380.15322440X-RAY DIFFRACTION100
1.9256-2.1190.19891530.12532440X-RAY DIFFRACTION99
2.119-2.42460.14571210.12632478X-RAY DIFFRACTION99
2.4246-3.05120.17811340.12862464X-RAY DIFFRACTION98
3.0512-15.76380.16011340.15192479X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3961-0.28190.11940.49180.13470.99190.02840.0121-0.0293-0.06330.0012-0.04150.10230.0913-0.02940.0782-0.00020.00090.0806-0.00380.07976.9539-10.5399-15.5561
20.3722-0.31410.15410.39240.14210.6787-0.01210.008-0.0020.0640.1255-0.04580.18830.1218-0.0680.29520.0636-0.01980.17760.00140.194717.9152-19.9564-5.2304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND (RESSEQ 2:51 OR RESSEQ 58:142))
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESSEQ 52:57)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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