PDB-4lk4: Structure of Vibrio cholerae VesB protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lk4

タイトル

Structure of Vibrio cholerae VesB protease

要素

VESB protease

キーワード

HYDROLASE / trypsin / peptidase S1 family / endopeptidase / DUF3466 / secreted protein / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Korotkov, K.V. / Delarosa, J.R. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Functional and Structural Characterization of Vibrio cholerae Extracellular Serine Protease B, VesB.
著者: Gadwal, S. / Korotkov, K.V. / Delarosa, J.R. / Hol, W.G. / Sandkvist, M.

履歴

登録	2013年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lk4.cif.gz	141.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lk4.ent.gz	110.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lk4_validation.pdf.gz	424.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lk4_full_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示
XML形式データ	4lk4_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	4lk4_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eaxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qxa-d 3e5n-d 1rdr-d 6v1b-d 2dqf-2 2wy6-1 2zvz-d 3h8d-2 2fxa-2 2wxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VESB protease

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.570, 121.570, 71.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-428- HOH
2	1	A-448- HOH
3	1	A-467- HOH

#1: タンパク質	VESB protease / VC1200 分子量: 38420.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-373 / 変異: S221A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 遺伝子: VC1200 / プラスミド: pCDF-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9KSQ6, 加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

VESB protease / VC1200

分子量: 38420.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-373 / 変異: S221A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: 569B / 遺伝子: VC1200 / プラスミド: pCDF-22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9KSQ6, 加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 9.0, 3.0 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.3 Å / Num. all: 21460 / Num. obs: 21358 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.31 % / B_iso Wilson estimate: 56.776 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 20.43

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46		6.48	1.073	2.33	10040	1550	1550	99.9
2.46-2.53			0.896	2.7	9909		1518	100
2.53-2.6			0.677	3.57	9545		1471	100
2.6-2.68			0.496	4.75	9274		1427	100
2.68-2.77			0.409	5.74	9092		1404	99.9
2.77-2.87			0.303	7.46	8714		1349	99.9
2.87-2.98			0.23	9.12	8396		1303	99.8
2.98-3.1			0.152	13.38	8065		1253	99.9
3.1-3.24			0.104	17.8	7786		1214	99.9
3.24-3.39			0.079	22.01	7342		1154	99.4
3.39-3.58			0.059	27.98	6939		1101	99.5
3.58-3.79			0.047	33.72	6562		1050	99.5
3.79-4.06			0.04	37.85	6035		978	99.3
4.06-4.38			0.032	44.21	5640		921	99.2
4.38-4.8			0.029	47.37	5091		845	98.6
4.8-5.37			0.027	47.07	4538		779	99.2
5.37-6.2			0.028	46.44	4152		691	98.3
6.2-7.59			0.026	48.35	3539		594	98.7
7.59-10.73			0.019	55.6	2760		473	98.1
	10.73		0.023	53.29	1417		283	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BOS		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: PDB ENTRY 1EAX

1eax

解像度: 2.4→46.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.2208 / WR_factor R_work: 0.1749 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8395 / SU B: 13.979 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2307 / SU R_free: 0.2051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2363	1070	5 %	RANDOM
R_work	0.1872	-	-	-
obs	0.1896	20306	99.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.44 Å² / B_iso mean: 59.7818 Å² / B_iso min: 29.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2465	0	0	93	2558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.466	1.941	3424
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3.002	5326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.153	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.664	24.273	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.366	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.144	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.191	2.255	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.192	2.255	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.941	3.383	1618

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	76	-
R_work	0.274	1471	-
all	-	1547	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2082	-0.5203	-0.8572	3.3848	-1.1124	4.5133	-0.0074	0.1067	-0.1723	-0.2941	0.0113	-0.0453	0.3439	0.4846	-0.0039	0.3944	0.0341	-0.0178	0.306	0.0008	0.0655	30.097	14.157	4.888
2	2.3523	-0.0564	0.3424	1.703	-0.5647	2.815	-0.0477	-0.1838	-0.2334	-0.0362	0.1446	0.0971	0.1901	0.0401	-0.0969	0.3421	0.0762	0.0355	0.3105	0.0401	0.0777	31.36	11.74	15.938
3	15.4857	-4.8338	0.2173	2.4574	-0.4045	0.3546	0.3262	0.3218	0.5115	-0.3222	-0.0519	-0.0963	-0.1339	0.0609	-0.2743	0.6037	-0.0438	0.1263	0.4948	-0.0445	0.3104	30.703	20.34	2.942
4	4.2001	2.9065	-0.9402	4.3164	0.9619	7.7891	0.1114	-0.2294	0.2739	-0.1661	0.1101	0.0244	-0.6299	0.9762	-0.2215	0.3325	-0.0361	0.1034	0.5664	-0.0584	0.1451	49.544	21.534	13.795
5	5.7441	0.8162	-1.3676	2.3323	-1.8427	1.5696	0.0636	0.1402	-0.2951	-0.1701	-0.0891	-0.0235	0.1436	0.1168	0.0254	0.3977	0.1227	0.0181	0.4821	-0.017	0.0804	40.241	13.182	9.604
6	1.7662	1.0818	3.7108	0.9076	2.5745	8.1906	-0.0794	-0.1762	-0.1193	-0.3145	0.529	-0.2628	-0.6343	0.326	-0.4496	1.1577	-0.1192	0.422	1.9744	-0.3099	1.1921	39.885	30.505	10.03
7	1.6992	-0.5224	-0.4158	1.0897	0.1651	4.0522	-0.0602	-0.4423	-0.0971	0.1698	0.2636	0.1489	0.0622	0.098	-0.2034	0.331	0.1509	0.0414	0.4332	0.0922	0.0848	36.792	11.431	27.146
8	3.6947	-0.4305	0.9137	5.1811	0.3974	7.6624	-0.4957	-1.2508	-0.5264	0.509	0.5204	0.4932	0.6322	0.0584	-0.0248	0.4467	0.2681	0.1513	0.8058	0.3348	0.1579	30.967	0.993	41.913
9	3.1044	-0.2004	-0.8546	7.9261	1.9884	5.2892	-0.2268	-1.0341	-0.0644	0.3793	0.4199	-0.042	-0.0286	0.0379	-0.1931	0.4671	0.2786	0.0768	0.7637	0.2048	0.0945	33.82	8.512	40.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	220 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	240 - 248
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	249 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	285 - 328
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	329 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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