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- PDB-4lji: Crystal structure at 1.5 angstrom resolution of the PsbV2 cytochr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lji
タイトルCrystal structure at 1.5 angstrom resolution of the PsbV2 cytochrome from the cyanobacterium thermosynechococcus elongatus
要素Cytochrome c-550-like protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c-550-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.508 Å
データ登録者Suga, M. / Lai, T.-L. / Sugiura, M. / Shen, J.-R. / Boussac, A.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure at 1.5 angstrom resolution of the PsbV2 cytochrome from the cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus
著者: Suga, M. / Lai, T.-L. / Sugiura, M. / Shen, J.-R. / Boussac, A.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年10月16日Group: Database references
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c-550-like protein
B: Cytochrome c-550-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9795
ポリマ－30,7062
非ポリマー1,2723
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.421, 38.430, 47.779
Angle α, β, γ (deg.)71.86, 82.22, 69.38
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c-550-like protein


分子量: 15353.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
属: psbV2 / 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJE2
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 72721 / Biso Wilson estimate: 17.68 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ARC

3arc
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.508→45.385 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.32 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 3653 5.03 %
Rwork0.2163 --
obs0.2181 72652 94.76 %
all-76475 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.75 Å2 / Biso mean: 25.6731 Å2 / Biso min: 9.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.508→45.385 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 87 121 2236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4153026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.455822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5077-1.52760.33971050.28292046215174
1.5276-1.54850.25141430.26462666280992
1.5485-1.57060.28331270.25792519264692
1.5706-1.5940.27411200.24572663278392
1.594-1.6190.27321230.25212620274393
1.619-1.64550.32941490.25312575272494
1.6455-1.67390.28241330.25472655278894
1.6739-1.70430.31151410.24532654279594
1.7043-1.73710.25451190.24522631275094
1.7371-1.77260.28861610.24192612277394
1.7726-1.81110.3291400.2372748288898
1.8111-1.85320.32421280.23352743287199
1.8532-1.89960.26351610.23672840300199
1.8996-1.95090.27231320.23482673280599
1.9509-2.00830.26461310.22982820295198
2.0083-2.07320.26981670.22062714288198
2.0732-2.14730.2941360.22522729286597
2.1473-2.23320.2481290.21452712284197
2.2332-2.33490.25041390.22042721286096
2.3349-2.4580.2861550.22362670282596
2.458-2.61190.24381480.22022712286096
2.6119-2.81360.3231480.22212706285497
2.8136-3.09670.25561800.21662645282597
3.0967-3.54460.23641280.21692700282896
3.5446-4.46520.19141530.17832587274093
4.4652-45.40590.20061570.18662638279594
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.0045 Å / Origin y: -0.4565 Å / Origin z: 0.078 Å
111213212223313233
T0.1138 Å20.0101 Å2-0.0225 Å2-0.1172 Å20.0301 Å2--0.1234 Å2
L0.6825 °20.1188 °2-0.4319 °2-1.1149 °20.9227 °2--1.8456 °2
S0.0324 Å °-0.0286 Å °-0.0073 Å °-0.0002 Å °0.0601 Å °-0.0275 Å °0.0055 Å °0.0289 Å °-0.087 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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