[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3bkd: High resolution Crystal structure of Transmembrane domain of M2 p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bkd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | High resolution Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein | ||||||
Components | Transmembrane Domain of Matrix protein M2 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / Proton channel / M2TM / Influenza A virus M2 Protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information suppression by virus of host autophagy / : / proton transmembrane transporter activity / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / virion membrane Similarity search - Function | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2008 Title: Structural basis for the function and inhibition of an influenza virus proton channel Authors: Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. / Levine, A.S. / Di Costanzo, L. / Soto, C.S. / Tereshko, V. / Nanda, V. / Stayrook, S. / DeGrado, W.F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bkd.cif.gz | 54.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3bkd.ent.gz | 42.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bkd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bkd | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: NH2 / End label comp-ID: NH2 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 22 - 47 / Label seq-ID: 1 - 26
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2793.236 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: residues 22-46 / Source method: obtained synthetically Details: Chemically synthesized; Transmembrane domain of M2 protein from Influenza A virus References: UniProt: Q9Q0P0 #2: Sugar | ChemComp-BOG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.91 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.3 Details: Protein solution: 0.8mM protein, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5%v/v xylitol. Reservoir solution: 50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 21% PEG 350 MME, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 0.97853 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2001 |
Radiation | Monochromator: Si 111 Channel / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 15355 / Num. obs: 14567 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 22.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 777 / % possible all: 75.1 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Amantandine-bound M2TM; G34A mutant Resolution: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.819 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.199 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.117 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|