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Yorodumi- PDB-3c9j: The Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein and A... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c9j | ||||||
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Title | The Crystal structure of Transmembrane domain of M2 protein and Amantadine complex | ||||||
Components | Proton Channel protein M2, transmembrane segmentProton pump | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Proton Channel / Ion Channel / M2TM / M2-Amantadine Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information suppression by virus of host autophagy / proton transmembrane transporter activity / : / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | ||||||
Authors | Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2008 Title: Structural basis for the function and inhibition of an influenza virus proton channel Authors: Stouffer, A.L. / Acharya, R. / Salom, D. / Levine, A.S. / Costanzo, L.D. / Soto, C.S. / Tereshko, V. / Nanda, V. / Stayrook, S. / DeGrado, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3c9j.cif.gz | 28.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3c9j.ent.gz | 20.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3c9j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/3c9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/3c9j | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 23 / Label seq-ID: 1 - 23
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2744.321 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 22-46 / Mutation: G34A / Source method: obtained synthetically / Details: occurs bnaturally in Influenza A virus / References: UniProt: O70632 #2: Chemical | ChemComp-308 / ( | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.3 Details: Sample solution: 0.8mM protein, 0.6mM Amantadine, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5% w/v Xylitol. Reservoir solution:50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 30mM NiCl2, 22% PEG 350 MME, pH 5.3, ...Details: Sample solution: 0.8mM protein, 0.6mM Amantadine, 32mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside and 5% w/v Xylitol. Reservoir solution:50mM Tris-Hcl, 500mM MgCl2, 30mM NiCl2, 22% PEG 350 MME, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 8, 2004 / Details: Osmic mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→15 Å / Num. all: 1999 / Num. obs: 1848 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 63.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 3.5→3.61 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 163 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Polyala, single alpha helix of length 23 residues Resolution: 3.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 95.716 / SU ML: 0.687 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.844 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.151 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5→15 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Number: 174 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.5→3.586 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -14.2696 Å / Origin y: 14.8826 Å / Origin z: -0.5157 Å
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Refinement TLS group |
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