[日本語] English
万見
- PDB-4lix: Crystal structure of ent-copalyl diphosphate synthase from Arabid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lix
タイトルCrystal structure of ent-copalyl diphosphate synthase from Arabidopsis thaliana in complex with (S)-15-aza-14,15-dihydrogeranylgeranyl thiolodiphosphate at 1.55 A resolution
要素Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
キーワードISOMERASE / class I and II terpene cyclase fold / class II diterpene cyclase / DXDD motif / gibberellin biosynthesis / Biosynthesis of ent-copalyl diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


ent-copalyl diphosphate synthase / ent-copalyl diphosphate synthase activity / gibberellin biosynthetic process / gibberellic acid mediated signaling pathway / terpene synthase activity / chloroplast / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Glycosyltransferase - #160 / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AG8 / PHOSPHATE ION / Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.548 Å
データ登録者Koksal, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: 1.55 angstrom -resolution structure of ent-copalyl diphosphate synthase and exploration of general acid function by site-directed mutagenesis.
著者: Koksal, M. / Potter, K. / Peters, R.J. / Christianson, D.W.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5134
ポリマ－84,8561
非ポリマー6573
水12,124673
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.177, 51.393, 114.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Ent-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic / AtCPS / Ent-CDP synthase / Ent-kaurene synthase A / KSA / Protein GA REQUIRING 1


分子量: 84856.266 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 85-802 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABC33, At4g02780, CPS, CPS1, GA1, T5J8.9, TPSGA1 / プラスミド: pET22bCV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OverExpress C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q38802, ent-copalyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-AG8 / S-[(2E,6E,10E)-14-(dimethylamino)-3,7,11-trimethyltetradeca-2,6,10-trien-1-yl] trihydrogen thiodiphosphate / りん酸[[[(2E,6E,10E)-14-(ジメチルアミノ)-3,7,11-トリメチル-2,6,10-テトラデカトリエ(以下略)


分子量: 469.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H37NO6P2S
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 673 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN CONTAINS AN OXIDIZED C411 (CSO) RESIDUE DUE TO RADIATION DAMAGE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100 mM sodium citrate (pH 5.4), 30% polyethylene glycol 400, 200 mM KH2PO4 with 4% (v/v) 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 110705 / Num. obs: 109110 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 16.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 10745 / Rsym value: 0.734 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PYA

3pya


解像度: 1.548→38.215 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 1908 1.81 %Random
Rwork0.1691 ---
obs0.1696 105632 94.02 %-
all-110705 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.535 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.248 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8209 Å20 Å2
3----4.0689 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.548→38.215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5566 0 40 673 6279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0155823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5527854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4512150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.548-1.58670.22721230.21896343X-RAY DIFFRACTION82
1.5867-1.62960.25381240.2096661X-RAY DIFFRACTION86
1.6296-1.67760.25181240.18996849X-RAY DIFFRACTION88
1.6776-1.73170.20771270.18037064X-RAY DIFFRACTION90
1.7317-1.79360.23821300.1777154X-RAY DIFFRACTION92
1.7936-1.86540.19051340.17047395X-RAY DIFFRACTION94
1.8654-1.95030.18051360.16597455X-RAY DIFFRACTION95
1.9503-2.05310.18051410.16257650X-RAY DIFFRACTION97
2.0531-2.18180.22091400.16077682X-RAY DIFFRACTION98
2.1818-2.35020.21430.16027755X-RAY DIFFRACTION98
2.3502-2.58670.18571460.16627847X-RAY DIFFRACTION99
2.5867-2.96080.19731450.16787882X-RAY DIFFRACTION99
2.9608-3.72980.1911470.15987968X-RAY DIFFRACTION99
3.7298-38.22690.17871480.16588019X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る