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万見
- PDB-4liq: Structure of the extracellular domain of human CSF-1 receptor in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4liq
タイトルStructure of the extracellular domain of human CSF-1 receptor in complex with the Fab fragment of RG7155
要素
  • (Fab fragment RG7155 ...) x 2
  • Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / CSF-1 receptor / receptor tyrosine kinase / antibody / fab fragment / IgG like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / microglial cell proliferation / olfactory bulb development / mammary gland duct morphogenesis / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of bone resorption / positive regulation of cell motility / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / cellular response to cytokine stimulus / regulation of MAPK cascade / cytokine binding / growth factor binding / monocyte differentiation / hemopoiesis / macrophage differentiation / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / Transcriptional Regulation by VENTX / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / osteoclast differentiation / axon guidance / response to ischemia / regulation of actin cytoskeleton organization / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / protein autophosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Benz, J. / Gorr, I.H. / Hertenberger, H. / Ries, C.H.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: Targeting tumor-associated macrophages with anti-CSF-1R antibody reveals a strategy for cancer therapy
著者: Ries, C.H. / Cannarile, M.A. / Hoves, S. / Benz, J. / Wartha, K. / Runza, V. / Rey-Giraud, F. / Pradel, L.P. / Feuerhake, F. / Klaman, I. / Jones, T. / Jucknischke, U. / Scheiblich, S. / ...著者: Ries, C.H. / Cannarile, M.A. / Hoves, S. / Benz, J. / Wartha, K. / Runza, V. / Rey-Giraud, F. / Pradel, L.P. / Feuerhake, F. / Klaman, I. / Jones, T. / Jucknischke, U. / Scheiblich, S. / Kaluza, K. / Gorr, I.H. / Walz, A. / Abiraj, K. / Cassier, P.A. / Sica, A. / Gomez-Roca, C. / de Visser, K.E. / Italiano, A. / Le Tourneau, C. / Delord, J.P. / Levitsky, H. / Blay, J.Y. / Ruttinger, D.
履歴
登録2013年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor
H: Fab fragment RG7155 heavy chain
L: Fab fragment RG7155 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,8187
ポリマ－108,4003
非ポリマー1,4174
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.171, 113.580, 146.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms


分子量: 61172.742 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain, UNP residues 2-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1R / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07333, receptor protein-tyrosine kinase

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Fab fragment RG7155 heavy chain


分子量: 23845.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Humanized Version of a monoclonal murine. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1 SV
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment RG7155 light chain


分子量: 23381.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Humanized Version of a monoclonal murine. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1 SV
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 269分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年8月20日
放射モノクロメーター: Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→145 Å / Num. all: 45538 / Num. obs: 45526 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 73.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 6.93 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 4883 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DA+データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EJJ, 2EC8

3ejj

2ec8


解像度: 2.6→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9128 / SU R Cruickshank DPI: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 2144 5 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
all0.189 45526 --
obs0.189 42907 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4166 Å20 Å20 Å2
2--1.6242 Å20 Å2
3----3.0408 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.323 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6905 0 92 268 7265
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2384SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1039HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7190HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion969SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7526SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7190HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9826HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.52
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2838 159 5.08 %
Rwork0.2296 2971 -
all0.2325 3130 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32090.3043-0.06550.309-0.18860.08660.02130.03260.00960.02250.0056-0.0055-0.0254-0.0134-0.0269-0.0786-0.0028-0.0051-0.0829-0.0308-0.07837.4287-31.6107-41.5271
20.6056-0.01180.40161.36080.8142.034-0.13320-0.03380.01660.01160.1195-0.1384-0.22740.1216-0.1250.02140.0028-0.0760.0171-0.0648-20.0438-6.6837-12.2768
30.39990.10390.1920.46470.25711.4975-0.0828-0.0307-0.05550.07380.0328-0.0893-0.13850.07040.05-0.09110.0128-0.0312-0.05740.0238-0.0585-2.4596-6.6357-7.2886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ E|* }E20 - 861
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }H1 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L1 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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