PDB-4lih: The crystal structure of Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lih

タイトル

The crystal structure of Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / SSGCID / aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The crystal structure of Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Lukacs, C.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lih.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lih.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lih_validation.pdf.gz	504.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lih_full_validation.pdf.gz	524.8 KB	表示
XML形式データ	4lih_validation.xml.gz	163.6 KB	表示
CIF形式データ	4lih_validation.cif.gz	244.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fr8S 3ek1 3i44 4kna S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5iuv-1 4zwl-2 4zwl-1 4q92-d 6b4r-d 4qto-d 5gtl-d 5ez4-d 2j6l-2 3rho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-Bucea.00020.d

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

B: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

C: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

D: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

E: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

F: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

G: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

H: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

433 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

B: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

C: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

D: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

F: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

G: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

H: Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.310, 104.190, 108.280
Angle α, β, γ (deg.)	91.70, 99.04, 90.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.659546, -0.750579, -0.040373), (-0.750717, -0.660459, 0.014721), (-0.037714, 0.020599, -0.999076)	-21.72508, -56.51229, 165.53276
3	given	(-0.659719, 0.748881, 0.062841), (0.750068, 0.650962, 0.116821), (0.046577, 0.124204, -0.991163)	-32.06202, 2.16417, 169.31931
4	given	(-0.99994, -0.000143, -0.010927), (0.001621, -0.990794, -0.135369), (-0.010807, -0.135379, 0.990735)	-50.90877, -31.77886, -2.40339
5	given	(-0.999998, 0.000792, -0.002053), (0.000796, 0.999998, -0.002035), (0.002051, -0.002036, -0.999996)	-80.5777, -51.9768, 115.51124
6	given	(0.661321, 0.747415, -0.063449), (-0.748454, 0.651896, -0.12185), (-0.04971, 0.12807, 0.990519)	-10.50909, -78.52424, 44.4982
7	given	(-0.659598, -0.750532, 0.040394), (0.751072, -0.660215, -0.002636), (0.028648, 0.0286, 0.99918)	-40.43663, 39.71024, 51.55831
8	given	(0.999913, -0.001063, 0.013128), (-0.002896, -0.990098, 0.140349), (0.012849, -0.140374, -0.990015)	28.4073, 3.88527, 119.96322

#1: タンパク質	Gamma-glutamyl-gamma-aminobutyraldehyde dehydrogenase 分子量: 53914.324 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: puuC, BceJ2315_05990, BCAL0603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E926, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus Screen well E2: 0.12 Ethylene glycols, 0.1M buffer 1, 30% ethylene glycol/PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 332765 / Num. obs: 325553 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 11.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique all: 23867 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FR8

4fr8

解像度: 1.85→48.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 6.075 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23175	16432	5 %	RANDOM
R_work	0.1888	-	-	-
obs	0.19097	309137	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.189 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0.05 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0.3 Å²
3-	-	-	0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29322	0	124	3341	32787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	30482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	29203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.513	1.962	41556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.815	3	66965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.402	5	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.42	23.575	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.444	15	4635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.588	15	223
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	35260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6791
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.541	0.884	15983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.541	0.884	15982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.893	1.323	20029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.893	1.323	20030
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.792	0.978	14499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.791	0.978	14499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.253	1.431	21525
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.309	8.327	38043
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.309	8.328	38044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	1160	-
R_work	0.231	22656	-
obs	-	-	96.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1816	-0.0132	0.0621	0.0442	0.0043	0.0962	0.0186	0.0147	-0.0207	0.0038	-0.0046	0.023	0.0143	0.0042	-0.014	0.0538	-0.0041	0.0011	0.061	0.0025	0.0715	-50.797	-26.5778	71.9562
2	0.1113	-0.1028	-0.0052	0.1297	0.0213	0.1028	-0.0162	-0.0105	0.0292	0.0248	0.0239	0.0012	-0.0201	0.0008	-0.0077	0.0791	0.0146	0.0212	0.0563	-0.0085	0.0558	-38.1499	0.0127	95.1028
3	0.2707	-0.1046	0.0958	0.0917	-0.0094	0.0578	0.0448	0.0092	-0.0815	0.0242	0.0161	0.0046	0.0245	0.0118	-0.0609	0.0801	0.0122	-0.023	0.0362	0.0025	0.0811	-13.6467	-44.7249	91.9693
4	0.225	-0.0571	0.008	0.0627	-0.0143	0.0197	0.0251	0.0842	0.0577	0.0236	-0.0363	-0.0378	0.0048	0.0044	0.0112	0.0374	0.0046	0.0129	0.1087	0.0269	0.0747	-0.9542	-15.3752	73.0256
5	0.1392	0.0432	0.0681	0.0938	0.0071	0.0692	0.0199	-0.0077	-0.0024	0.0058	-0.0116	-0.0338	0.016	-0.0051	-0.0083	0.0598	0.0087	-0.0012	0.0658	-0.012	0.0639	-29.8369	25.5694	43.4932
6	0.205	0.175	0.0454	0.1846	0.0158	0.0278	0.0075	-0.0111	-0.0026	-0.0315	0.0163	0.0212	0.0311	-0.0104	-0.0238	0.0851	-0.0127	-0.01	0.054	-0.0033	0.0512	-66.9155	7.313	23.4749
7	0.1777	0.1826	0.0454	0.1943	0.0443	0.0459	-0.0595	0.0216	0.0671	-0.0499	0.021	0.0559	-0.0086	0.0368	0.0385	0.0848	-0.0151	-0.0087	0.0367	0.015	0.0809	-42.3216	51.9702	20.1515
8	0.2752	0.2061	0.0884	0.1585	0.0587	0.0474	0.0119	-0.1062	0.1897	-0.0041	-0.0825	0.1336	0.0275	-0.0097	0.0707	0.0357	0.0171	0.0278	0.0943	-0.085	0.1571	-79.634	36.9491	42.1866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 496
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 496
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 496
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 496
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 496
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 496
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 496
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 496

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)