PDB-4lhq: Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lhq

タイトル

Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH8)

要素

Camelid nanobody
Ricin

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ribosome inhibiting protein / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Ricinus communis (トウゴマ)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Mantis, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ricin Toxin's Enzymatic Subunit (RTA) in Complex with Neutralizing and Non-Neutralizing Single-Chain Antibodies.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Burshteyn, F. / Cassidy, M.S. / Gary, E.N. / Herrera, C. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.

履歴

登録	2013年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.4	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.5	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.6	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lhq.cif.gz	325.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lhq.ent.gz	267.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lhq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4lgs-d 5e1h-d 6om4-1 6cwg-2 4pu9-d 6cwg-1 4o5f-d 3egh-2 6mn8-d 6zxw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (15) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (15) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ricin

B: Camelid nanobody

C: Ricin

D: Camelid nanobody

86 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ricin

B: Camelid nanobody

登録者が定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ricin

D: Camelid nanobody

登録者が定義した集合体
43 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.048, 49.048, 339.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 5:264 )
2	1	CHAIN C AND (RESSEQ 5:264 )
1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 2:129 )
2	2	CHAIN D AND (RESSEQ 2:129 )

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 5:264 )	A	5 - 264
2	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 5:264 )	C	5 - 264
1	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 2:129 )	B	2 - 129
2	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 2:129 )	D	2 - 129

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.007869, 0.999908, 0.011026), (0.999961, -0.007912, 0.003869), (0.003956, 0.010995, -0.999932)	23.9209, -24.8248, 22.843599
2	given	(0.007538, 0.999907, 0.01138), (0.999963, -0.007586, 0.00417), (0.004256, 0.011348, -0.999927)	23.9032, -24.838301, 22.8437

#1: タンパク質	Ricin / Ricin A chain / rRNA N-glycosidase 分子量: 29129.852 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 39-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体	Camelid nanobody 分子量: 13852.220 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) Rosetta
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM NaAcetate, 2 M NaFormate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.08 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.496

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35498 / Num. obs: 34433 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.391 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	3.3	0.38	1427	0.42	1	78.9
2.34-2.38	3.4	0.345	1504	0.424	1	85.6
2.38-2.43	3.4	0.32	1648	0.422	1	94.5
2.43-2.48	3.6	0.271	1734	0.458	1	97.8
2.48-2.53	3.7	0.252	1738	0.47	1	99.7
2.53-2.59	3.8	0.206	1803	0.517	1	99.8
2.59-2.66	3.8	0.188	1723	0.573	1	100
2.66-2.73	3.8	0.157	1833	0.602	1	99.9
2.73-2.81	3.8	0.128	1728	0.745	1	100
2.81-2.9	3.8	0.123	1804	0.803	1	100
2.9-3	3.8	0.098	1719	0.938	1	99.9
3-3.12	3.8	0.094	1792	1.152	1	100
3.12-3.26	5.2	0.119	1790	1.271	1	99.9
3.26-3.44	7.5	0.108	1763	1.36	1	99.8
3.44-3.65	7.4	0.096	1756	1.561	1	99.5
3.65-3.93	7.3	0.088	1746	1.844	1	99.5
3.93-4.33	6.5	0.074	1748	2.134	1	97.7
4.33-4.95	6.1	0.066	1715	2.364	1	95.3
4.95-6.24	6.9	0.064	1738	2.339	1	98.1
6.24-50	6.3	0.049	1724	2.511	1	94.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 48.39 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.02 Å	47.15 Å
Translation	3.02 Å	47.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.544 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7453 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	1752	5.1 %
R_work	0.1918	-	-
obs	0.1929	34330	97.01 %
all	-	35388	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 73.322 Å² / k_sol: 0.341 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 253.69 Å² / B_iso mean: 86.0425 Å² / B_iso min: 29.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.3588 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	9.3588 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-18.7175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.544 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6058	0	0	82	6140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.879	8446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	928
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1108
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.019	2246

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2066	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
1	2	C	2066	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
2	1	B	974	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
2	2	D	974	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3684	0.338	134	0.3562	2260	2394	77
2.3684-2.4448	0.3654	133	0.3272	2650	2783	89
2.4448-2.5321	0.3531	132	0.3067	2733	2865	94
2.5321-2.6334	0.3316	140	0.3134	2792	2932	95
2.6334-2.753	0.331	134	0.2956	2832	2966	95
2.753-2.898	0.3582	158	0.2908	2795	2953	95
2.898-3.0792	0.2886	150	0.2602	2761	2911	95
3.0792-3.3164	0.2886	154	0.2406	2781	2935	95
3.3164-3.6491	0.283	139	0.1949	2794	2933	95
3.6491-4.1749	0.2198	140	0.1591	2762	2902	94
4.1749-5.2511	0.1775	157	0.1174	2668	2825	91
5.2511-24.2735	0.216	156	0.1422	2713	2869	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3169	-0.2924	-0.1348	1.7557	0.0324	0.06	-0.1972	-0.1509	0.4825	0.1457	0.2434	-0.3719	-0.0869	0.6764	-0.0507	0.1378	-0.0292	-0.1625	0.7308	-0.3561	0.4901	11.5484	7.1098	-6.0994
2	3.1884	-0.2535	-0.1544	2.0809	0.8321	1.6844	-0.0396	-0.0514	0.1632	0.1469	0.2409	-0.2238	0.2051	0.1632	0.6966	-0.0754	-0.0018	-0.4033	0.3843	-0.4526	0.2636	2.6694	3.1439	-11.0627
3	5.8827	-0.2957	3.131	5.9573	-0.211	4.2364	0.4617	0.3398	-0.1704	-0.3562	-0.3856	0.1363	0.3967	0.0532	-0.134	0.6962	0.1863	-0.2492	0.2818	-0.1547	0.3797	2.6671	-5.9023	-21.5965
4	4.6387	0.7298	-0.4961	2.5821	1.5592	3.0832	-0.2932	-1.0554	-0.9777	1.153	0.4199	-0.4939	1.0481	0.6758	-0.114	0.7032	0.2646	-0.0802	0.4418	0.0617	0.4873	9.7788	-13.3849	-7.7111
5	2.3248	-0.588	0.1008	2.2942	0.6134	3.6907	-0.3018	-1.4477	0.1537	0.8555	0.5707	-0.6412	0.5362	0.6454	-0.2235	0.53	0.2599	-0.1681	0.891	-0.1566	0.4055	9.0367	-4.5308	2.4693
6	4.9504	-3.7285	-1.3372	6.2361	0.1136	5.1202	-0.5967	-0.3053	-0.6026	1.0658	-0.2767	0.6466	0.9715	-0.3789	0.6084	0.5759	-0.0678	0.1989	0.6146	-0.2984	0.4477	-9.6849	-1.6088	7.7805
7	1.9257	0.7487	0.7074	2.0298	1.3555	4.4541	-0.1047	0.1887	0.1884	0.0701	-0.1772	0.3792	-0.2057	-0.9602	0.3728	0.4416	-0.0757	-0.106	0.7075	-0.3156	0.5128	-10.6495	6.5872	-1.7488
8	3.1219	1.1717	-0.5533	4.0175	-0.5382	0.7897	0.0769	0.3226	-0.5941	0.4108	-0.0116	0.4689	1.2718	-0.5025	-0.007	0.6275	-0.2443	-0.0956	0.317	-0.131	0.7544	-3.9672	-35.6544	-36.5505
9	2.3942	-0.2476	-2.7194	0.1581	0.1225	3.2803	-0.3329	0.6193	-0.0774	0.3135	-0.0225	0.3194	0.2087	-0.5652	0.4018	0.781	-0.3343	0.0107	0.5556	-0.2445	0.7019	-6.8691	-31.5212	-31.4568
10	6.5536	-1.1934	-0.8481	7.4636	2.7445	6.1075	-0.4763	-0.5249	-0.1638	1.0208	0.4668	0.2507	0.7374	0.2809	0.1196	0.2845	0.2341	-0.1058	0.4951	-0.1448	0.3768	0.4263	-26.108	-26.6132
11	6.6717	-5.6817	-2.5324	4.8617	2.3452	2.168	-0.4252	0.0769	-0.3139	0.2908	0.2919	0.1773	0.6017	0.623	0.2228	0.2632	0.0862	0.0557	0.4755	-0.2678	0.8097	9.3182	-30.2331	-36.6183
12	2.4245	2.1011	2.4138	1.822	2.1283	3.4959	0.0956	0.0302	0.0602	0.0806	0.0669	0.4893	0.1413	-0.8147	-0.126	0.4409	0.2322	-0.0675	0.4206	-0.147	0.5382	-2.9395	-14.9969	-27.7752
13	6.6705	-0.0953	-5.5679	4.4835	1.0688	8.5357	-0.0854	0.8895	0.0883	0.2308	0.1768	0.1114	0.6216	-0.2611	-0.0446	0.3344	0.1849	-0.1046	0.771	-0.2285	0.4669	-2.5402	-23.5789	-35.97
14	0.7485	-0.4211	0.0595	1.4153	1.196	1.4341	0.1019	0.3079	-0.3838	0.1722	0.0903	0.1824	0.2322	0.1498	-0.0286	0.6863	0.4177	-0.1692	0.5043	-0.2879	0.5574	5.1983	-25.9036	-33.4559
15	1.1937	0.9927	0.9527	2.8128	0.192	1.8199	0.1383	0.2541	-0.2516	0.5189	-0.4726	0.2694	0.4979	-0.257	0.1972	0.6945	0.1184	-0.1005	0.404	-0.3029	0.6011	3.6966	-33.5041	-31.7643
16	4.4491	-0.2723	-0.3335	3.6373	0.3107	0.1894	0.1227	0.0596	0.5217	-0.2121	-0.4126	-0.3805	-0.4854	-0.1513	0.1585	0.6173	0.0614	0.3384	0.6404	-0.0505	0.5689	31.7218	-12.941	28.9276
17	2.655	-0.4818	0.455	2.7124	0.7702	1.1362	0.1598	0.3074	0.1408	-0.014	-0.0733	-0.4593	-0.2802	-0.0161	0.0425	0.4509	-0.1231	0.143	0.674	-0.1371	0.3656	27.6659	-21.8441	33.7773
18	4.4836	1.0955	1.5141	5.4024	-0.4486	0.9623	0.007	-0.1074	-0.3796	0.315	0.0389	0.1019	0.0173	-0.1872	-0.13	0.7034	-0.209	0.3087	0.4529	-0.2766	0.5062	18.5778	-21.8898	44.277
19	3.2005	1.9929	0.3177	2.6535	0.0678	0.0437	-0.1386	0.5726	0.3616	-0.7974	-0.2155	0.4944	-0.1559	-0.3509	0.0747	0.8297	0.3231	0.2978	0.6306	-0.2279	0.2815	11.2074	-14.5675	30.441
20	1.6718	-0.0605	-0.3643	3.1054	-1.2869	1.4064	0.2326	1.3652	0.2875	-0.8621	-0.1472	-0.0887	-0.6512	-0.2338	-0.1056	0.8561	0.2047	0.114	1.0273	-0.1915	0.316	20.0959	-15.2676	20.2873
21	3.5846	-1.5786	0.0347	2.0469	0.765	1.0413	0.1821	0.3922	-0.3457	-0.6536	-0.0768	0.1001	-0.3822	-0.1273	-0.1504	0.5403	-0.0363	0.2963	0.6664	-0.2725	0.0683	22.8911	-33.9518	14.7815
22	1.684	1.3436	1.0101	2.5635	0.7121	6.1939	0.2275	-0.3639	-0.099	0.015	-0.0646	-0.1826	0.1903	0.5448	-0.0398	0.6418	0.0998	0.1298	0.667	-0.2653	0.3877	31.0414	-35.0865	24.3315
23	3.9003	0.8973	-0.1081	2.9717	0.1401	0.0761	-0.2289	-0.0322	0.1724	-0.1071	0.1289	0.0021	0.2759	-0.6361	0.2164	1.0214	0.1638	0.2101	0.8021	-0.5322	1.0735	-11.2788	-28.4587	59.0275
24	2.9268	1.6383	1.6654	3.3773	-1.2906	6.5623	0.0426	0.2889	-0.3048	-0.1734	-0.1431	0.3419	0.9227	-0.4609	0.4617	0.3861	-0.2561	0.1369	0.8285	-0.2676	0.6575	-3.5141	-26.4995	50.7848
25	4.2476	-5.1584	-1.3183	6.2596	1.5983	0.4081	0.3051	0.0544	0.1134	0.0112	-0.2024	0.0597	-0.4989	-0.4884	-0.0837	0.6837	0.0021	0.4203	0.8541	-0.3007	0.6491	-5.7573	-15.2185	59.269
26	2.461	0.8101	-0.8681	2.3123	0.8677	2.7791	0.0618	-0.1764	-0.0115	0.246	-0.2808	-0.1266	0.1631	-0.2908	0.3027	0.4994	-0.2191	0.2179	0.2708	-0.2275	0.7809	2.2908	-27.1825	57.1096
27	0.7783	0.1589	-0.2463	0.0394	0.0052	0.9569	-0.1255	0.0659	0.1762	0.0763	0.0185	0.2224	-0.2226	0.0907	0.0663	0.6725	-0.214	0.2366	0.3794	-0.1997	0.6691	-1.4455	-19.3334	56.078
28	1.6431	0.9219	-0.4397	1.0724	-0.8908	0.9894	-0.3569	0.0302	-0.1661	-0.0726	0.003	0.1626	0.1146	-0.3928	0.2354	0.8722	0.0988	0.2756	0.6749	-0.4346	0.89	-9.051	-20.7579	54.3386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 5:33)	A	5 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 34:87)	A	34 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 88:113)	A	88 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 114:161)	A	114 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 162:202)	A	162 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 203:249)	A	203 - 249
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 250:263)	A	250 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 2:17)	B	2 - 17
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 18:25)	B	18 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 26:39)	B	26 - 39
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 40:51)	B	40 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 52:57)	B	52 - 57
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 58:83)	B	58 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 84:112)	B	84 - 112
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 113:129)	B	113 - 129
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 5:33)	C	5 - 33
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 34:87)	C	34 - 87
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 88:113)	C	88 - 113
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 114:161)	C	114 - 161
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESSEQ 162:202)	C	162 - 202
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESSEQ 203:249)	C	203 - 249
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESSEQ 250:263)	C	250 - 264
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 2:17)	D	2 - 17
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 18:39)	D	18 - 39
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 40:51)	D	40 - 51
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESSEQ 52:83)	D	52 - 83
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESSEQ 84:112)	D	84 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESSEQ 113:129)	D	113 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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