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- PDB-4lgs: Ricin A chain bound to camelid nanobody (VHH4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lgs
タイトルRicin A chain bound to camelid nanobody (VHH4)
要素
  • Camelid nanobody (VHH4)
  • Ricin
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ribosomal inhibiting protein 2 / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Cheung, J. / Franklin, M. / Burshteyn, F. / Cassidy, M. / Gary, E. / Mantis, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Ricin Toxin's Enzymatic Subunit (RTA) in Complex with Neutralizing and Non-Neutralizing Single-Chain Antibodies.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cheung, J. / Franklin, M.C. / Burshteyn, F. / Cassidy, M.S. / Gary, E.N. / Herrera, C. / Shoemaker, C.B. / Mantis, N.J.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32014年8月20日Group: Database references
改定 1.42017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin
B: Camelid nanobody (VHH4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3052
ポリマ－43,3052
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.391, 49.935, 114.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

21A-309-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ricin / Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 29432.139 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pUTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 Camelid nanobody (VHH4)


分子量: 13873.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM NaHepes, 20% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→50 Å / Num. all: 19580 / Num. obs: 17642 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.684 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.41-2.451.90.7395191.45153
2.45-2.52.10.7675971.371159.9
2.5-2.542.30.6526271.463166.3
2.54-2.62.40.547531.39177.2
2.6-2.652.60.5837741.382180.9
2.65-2.712.70.5338331.51186.8
2.71-2.782.90.488941.395192.8
2.78-2.8630.4549541.381196.6
2.86-2.943.20.3889731.429199.3
2.94-3.043.30.3239721.491199
3.04-3.143.40.2699491.731199.6
3.14-3.273.40.2169711.689199.4
3.27-3.423.50.1619491.946199.1
3.42-3.63.40.1189891.816199.6
3.6-3.833.40.1039701.84199
3.83-4.123.40.0829671.97198.9
4.12-4.533.30.0649661.992198.3
4.53-5.193.40.0589941.9198.8
5.19-6.543.40.0579881.812199.2
6.54-503.30.04410031.616197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.44 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.61 Å32.39 Å
Translation3.61 Å32.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→44.361 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7427 / SU ML: 0.73 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 689 5.01 %
Rwork0.2 --
obs0.2024 13754 98 %
all-14034 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.232 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 209.42 Å2 / Biso mean: 74.4053 Å2 / Biso min: 33.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9577 Å2-0 Å2-17.3405 Å2
2---5.0167 Å20 Å2
3---4.059 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 0 18 3070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8584234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1421125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.90860.38741350.30512489262495
2.9086-3.20120.33411290.27172614274399
3.2012-3.66420.27531490.21052629277899
3.6642-4.61580.21391400.16412635277599
4.6158-44.36720.20591360.18022698283498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.34130.20292.45056.59142.71697.37040.0297-0.98080.0462-0.51-0.02480.49120.0956-1.1112-0.12680.2826-0.0243-0.06150.33790.04790.3758-13.473322.983749.6941
23.961-0.3021.1543.1373-1.32772.59770.50380.0316-0.93380.4642-0.341-0.34410.6386-0.2288-0.2490.5783-0.0001-0.31830.39060.00080.5838-12.007214.989543.4189
34.82882.42360.89093.2937-2.10456.2986-0.1120.4274-0.2701-0.39430.16840.16850.6825-0.2628-0.14160.5688-0.0205-0.30740.4774-0.06450.4863-14.686819.026629.7872
49.0564-2.56531.47694.4267-0.62776.9380.39460.8678-0.1835-0.4529-0.45980.0116-0.36470.5326-0.04190.3684-0.0399-0.0280.30940.06470.4194-5.018632.700634.1342
53.4492-0.98621.48181.9231-1.39775.5273-0.17140.11720.32710.0851-0.1927-0.6504-0.62570.39980.2120.2938-0.0238-0.01370.3608-0.03670.4712-1.356228.925244.6675
62.0551-1.1128-0.53144.5903-3.63043.36160.3703-0.0678-0.3576-0.4896-0.27170.00320.73320.4241-0.07410.53610.1149-0.27240.4519-0.1510.73038.025510.780646.6684
74.70450.27791.4740.94170.3933.27470.43940.7103-0.141-1.6401-0.272-0.26370.24980.6083-0.17011.13320.0618-0.35340.5232-0.09680.2902-14.553322.56912.2567
85.8535-4.91625.45018.1368-6.29497.45030.130.32741.04151.1831-0.4014-0.7019-0.83650.52770.33971.2153-0.016-0.40930.3353-0.02220.6033-25.529429.58875.1987
94.2521-3.47175.5788.033-0.49249.5573-0.2179-0.60550.16221.04130.0453-0.15010.1768-1.04510.00950.95270.0227-0.14040.4945-0.03830.3901-21.582319.602712.7088
109.1598-1.27345.22277.8252-2.22685.36240.4888-0.524-0.7187-0.67950.20490.62581.2606-0.8479-0.6080.8437-0.1391-0.11890.58340.06570.2987-25.434416.65276.7274
112.1381.51282.19266.68840.98132.2978-0.07421.1123-0.1075-1.8713-0.18360.19590.14880.8255-0.14690.77080.1498-0.04390.7176-0.18390.4024-14.265816.79773.7579
124.45230.23823.38562.9086-1.92375.9061-0.0642-1.4326-0.13190.144-0.59670.7831-0.7258-0.32760.17941.1307-0.0775-0.46870.4586-0.10260.5274-26.323324.120.6669
133.0646-1.6274-3.35623.8823-0.65526.9955-0.246-0.6498-0.01790.36670.3828-0.0972-1.0264-0.491-0.28340.6925-0.0018-0.20550.6579-0.03780.3874-19.270726.085218.4066
144.0982-4.2189-5.04554.40785.25466.27791.117-0.31221.3781-0.71220.2569-1.3627-1.06710.8953-0.86541.415-0.1097-0.42880.5711-0.04710.7295-14.846430.93738.3724
153.0585-1.0076-2.49887.0997-0.47395.6333-0.19961.29580.7126-0.2184-0.09720.4129-1.0378-1.0910.10760.85260.1064-0.22970.81190.11850.5697-28.163725.7259-7.1375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 5:33)A5 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 34:76)A34 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 77:123)A77 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 124:161)A124 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 162:202)A162 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 203:266)A203 - 267
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 1:33)B1 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 34:44)B34 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 45:60)B45 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 61:73)B61 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 74:83)B74 - 83
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 84:98)B84 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 99:115)B99 - 115
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 116:122)B116 - 122
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 123:129)B123 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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