PDB-4lf3: Inhibitory Mechanism of an Allosteric Antibody Targeting the Gluc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lf3

タイトル

Inhibitory Mechanism of an Allosteric Antibody Targeting the Glucagon Receptor

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
Glucagon receptor

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / GCGR

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / response to starvation / peptide hormone binding / response to nutrient / cellular response to glucagon stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / generation of precursor metabolites and energy / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.735 Å

データ登録者

Murray, J.M. / Mukund, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Inhibitory mechanism of an allosteric antibody targeting the glucagon receptor.
著者: Mukund, S. / Shang, Y. / Clarke, H.J. / Madjidi, A. / Corn, J.E. / Kates, L. / Kolumam, G. / Chiang, V. / Luis, E. / Murray, J. / Zhang, Y. / Hotzel, I. / Koth, C.M. / Allan, B.B.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/4lf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/4lf3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lexC 4ersS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iff-d 1yqv-d 1bql-d 4ers-1 5c0n-2 5vyf-2 3q1s-d 5mvz-1 6p9h-2 5d8j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (17) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

C: Glucagon receptor

D: Fab heavy chain

E: Fab light chain

F: Glucagon receptor

119 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Fab heavy chain

B: Fab light chain

C: Glucagon receptor

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Fab heavy chain

E: Fab light chain

F: Glucagon receptor

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.928, 62.777, 116.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.858691, -0.005308, 0.512467), (-0.004429, -0.999986, -0.002935), (0.512475, 0.000251, -0.858702)	-14.9113, -28.5179, 56.242802
2	given	(0.859228, -0.001551, 0.51159), (-0.008335, -0.999905, 0.010968), (0.511524, -0.013688, -0.85916)	-14.7913, -29.1805, 55.934299
3	given	(0.855034, 0.011903, 0.518435), (0.005818, -0.999894, 0.013362), (0.518539, -0.008408, -0.855012)	-14.8813, -29.0529, 55.9174

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23263.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anti GCGR mAb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 抗体	Fab light chain 分子量: 25000.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Anti GCGR mAb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: タンパク質	Glucagon receptor / GL-R 分子量: 11350.929 Da / 分子数: 2 / Fragment: GCGR ECD (UNP residues 29-123) / Mutation: G40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCGR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P47871
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M NaCl, PEG3350, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.735→55.95 Å / Num. all: 35933 / Num. obs: 35933 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.9 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.735-2.88	2.6	0.367	2.1	13662	5174	0.367	92.4
2.88-3.06	3	0.238	3.3	15170	5129	0.238	95.8
3.06-3.27	3	0.159	4.9	14274	4771	0.159	95.3
3.27-3.53	3	0.096	8	12994	4398	0.096	94
3.53-3.87	2.9	0.071	10.8	11374	3973	0.071	92.8
3.87-4.32	2.7	0.047	15.7	9524	3485	0.047	89.6
4.32-4.99	3.1	0.034	20.9	9696	3164	0.034	91.2
4.99-6.12	3.1	0.034	18.5	8260	2678	0.034	90.3
6.12-8.65	2.9	0.031	21.5	5738	2000	0.031	88.4
8.65-55.95	3.2	0.022	27.1	3726	1161	0.022	88.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 41.76

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.73 Å	55.95 Å
Translation	2.73 Å	55.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ERS

4ers

解像度: 2.735→55.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.02 / 交差検証法: Random / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2635	1788	4.98 %
R_work	0.2088	-	-
obs	0.2116	35910	92.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.147 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.47 Å² / B_iso mean: 52.4367 Å² / B_iso min: 4.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0451 Å²	-0 Å²	-4.5211 Å²
2-	-	-5.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.5449 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.735→55.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8368	0	0	102	8470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.538	11655
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.234	3077

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.735-2.8087	0.4407	144	0.3574	2520	2664	90
2.8087-2.8914	0.435	125	0.3347	2673	2798	94
2.8914-2.9847	0.3183	145	0.2605	2705	2850	95
2.9847-3.0913	0.2956	131	0.2342	2683	2814	96
3.0913-3.2151	0.3106	133	0.2211	2711	2844	95
3.2151-3.3614	0.2726	150	0.2212	2647	2797	95
3.3614-3.5386	0.2729	139	0.2205	2662	2801	93
3.5386-3.7603	0.2523	149	0.2162	2615	2764	93
3.7603-4.0505	0.2553	126	0.1951	2556	2682	89
4.0505-4.458	0.2077	138	0.1653	2589	2727	90
4.458-5.1027	0.2176	137	0.1569	2595	2732	91
5.1027-6.4274	0.2459	134	0.1961	2582	2716	90
6.4274-55.9613	0.2293	137	0.1918	2584	2721	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0534	0.065	-0.1257	1.0216	0.1602	0.6468	-0.0376	0.0511	0.2623	0.0425	-0.0506	-0.2421	-0.2502	0.0829	0.0261	0.3051	-0.0619	-0.0605	0.086	0.0452	0.1432	10.3147	10.2663	11.8661
2	1.1073	0.0747	0.2085	0.925	0.2074	0.609	-0.0042	-0.1265	0.0929	0.2617	0.072	-0.1445	-0.2251	0.0183	0.026	0.4992	0.0244	-0.0984	0.0943	-0.108	0.2057	8.4466	8.0038	18.382
3	1.9011	-0.1199	0.3588	0.2652	-0.4604	0.8102	-0.2509	0.1788	-0.1647	0.0322	0.3182	-0.8864	-0.0404	-0.1835	0.0787	0.4451	-0.1632	-0.1619	0.3901	-0.0828	0.4937	31.7886	9.8717	18.9562
4	0.7042	-0.5192	0.0296	2.7575	0.8739	1.3294	-0.1063	0.2459	-0.0145	-0.4255	0.0633	-0.4284	-0.0575	0.493	0.1389	0.4874	-0.2164	0.1468	0.6128	-0.1329	0.7894	42.8976	-7.3611	12.4502
5	1.2945	-0.3409	0.0035	2.207	-0.1207	1.3025	-0.1611	0.3762	-0.399	-0.521	0.1099	-0.9057	0.0199	0.2404	0.0458	0.5676	-0.3285	0.1377	0.6467	-0.0962	0.6479	43.7195	-5.5351	9.4414
6	2.1899	-0.1097	-0.1146	1.0162	-0.2434	1.3485	0.3054	-0.2497	-0.0146	-0.0733	0.0331	-0.3378	0.0556	-0.1457	0.0494	0.3823	-0.0985	-0.0224	0.1073	0.0699	0.1475	8.6462	-17.9097	17.7933
7	0.9427	0.1601	0.9539	1.5983	-0.0738	0.9966	0.0871	-0.0696	0.0381	-0.0782	0.0503	0.0504	-0.1087	-0.1415	0.0307	0.2841	-0.0414	0.0355	0.0305	0.0633	-0.0931	1.4929	-12.3103	12.9121
8	0.803	0.2197	0.4923	0.7509	-0.0718	0.9983	0.0323	-0.2191	-0.1138	0.2314	0.101	-0.4521	-0.0713	0.1992	-0.0927	0.2445	-0.024	-0.0876	0.1684	-0.0535	0.2512	28.9064	-11.9966	21.1241
9	2.7341	1.1411	1.0332	1.9448	-0.446	1.4608	0.0943	-0.75	-0.2507	0.682	-0.3776	0.3707	0.2302	-0.5465	0.0059	0.4872	-0.1094	0.1963	0.6617	0.1857	0.4526	-29.9805	-4.4367	14.6247
10	2.2968	0.5345	0.9773	1.527	-0.1286	3.3039	0.0494	-0.175	-0.4258	-0.1288	0.0361	0.4873	-0.0266	-0.4739	-0.088	0.2851	0.0136	0.0446	0.1842	0.0279	0.3045	-23.861	-2.0001	0.7323
11	1.18	-0.0984	0.2449	0.9066	-0.2642	0.618	0.0126	-0.0528	-0.3008	0.1306	-0.0116	-0.2332	0.111	-0.0756	0.0116	0.1138	-0.0243	0.0569	0.1204	0.0098	0.1888	-1.2475	-38.9727	51.1355
12	0.871	-0.5263	0.4013	0.6339	-0.1329	0.5266	0.1006	0.0971	-0.2143	-0.1324	-0.063	-0.1275	0.1073	0.0894	0.0155	0.0831	0.0184	0.0552	0.0298	-0.0386	0.2118	0.5356	-36.7818	44.5604
13	1.6777	-0.3629	-0.4523	0.2085	-0.1466	0.5784	-0.0582	-0.1347	-0.0794	-0.0318	0.1081	-0.5957	-0.0334	-0.1599	-0.3322	0.1191	0.0724	0.0729	0.2185	0.0907	0.4263	20.7784	-39.0725	56.0265
14	0.0033	-0.0726	0.0381	1.2231	-0.5629	0.3749	-0.0263	-0.1613	0.0035	0.1903	-0.1883	-0.6565	-0.221	0.0683	0.254	0.1671	0.0978	-0.1588	0.2411	0.0756	0.4707	27.0539	-21.454	67.0659
15	1.2904	0.1026	0.3238	1.8783	0.0224	1.0755	-0.0621	-0.2047	0.0501	0.4804	-0.0326	-0.3604	-0.0925	0.1186	-0.0015	0.2869	0.144	-0.1802	0.3704	0.0776	0.4363	26.2408	-23.2698	70.072
16	0.9977	0.497	0.4472	0.9268	-0.0259	1.9084	0.0924	0.0893	0.1034	0.0282	0.1259	-0.3751	-0.0426	0.0137	-0.0572	0.0644	0.0057	0.0567	0.1164	0.1105	0.1728	0.5641	-10.8322	45.1964
17	0.8381	-0.1714	-0.4555	1.2809	-0.3181	0.9056	0.1907	0.1863	0.175	-0.2225	-0.0325	0.1558	-0.0632	-0.0471	0.1188	0.1498	0.0569	0.0799	0.1867	0.0665	0.1791	-6.4382	-17.3558	39.6304
18	1.629	-0.2752	-0.4083	2.1362	0.4525	0.2742	-0.0363	0.0184	0.0561	0.0026	-0.0111	-0.0116	-0.0159	-0.1435	-0.0124	0.0802	0.0108	0.0754	0.1013	0.0737	0.1371	-8.6207	-16.0574	47.7578
19	1.2646	0.5874	-0.0285	0.9653	0.3167	0.4481	-0.0084	0.2287	0.0118	-0.0846	0.0194	-0.1841	0.0304	0.1342	-0.0544	0.1084	0.0444	0.0475	0.158	0.0321	0.1104	3.4082	-21.1435	47.9345
20	1.7145	-0.2167	-0.3291	1.8301	0.0988	0.8618	-0.0792	0.0397	0.0598	-0.1087	-0.0522	-0.5367	0.0958	0.1874	0.0418	0.0472	0.0369	0.1321	0.2201	-0.0187	0.4832	28.6937	-14.3157	55.0711
21	2.9375	-0.5257	0.0053	3.9988	0.2611	1.4174	0.4648	0.7252	0.1045	-1.1479	0.0464	-0.2652	-0.5387	-0.2528	0.1316	0.5938	-0.0189	-0.2237	0.8723	0.2031	0.4762	-34.7314	-24.0259	28.1382
22	2.3854	0.0627	-0.8712	1.4012	-0.4049	1.7302	-0.1867	0.393	0.2711	-0.0966	0.089	0.5506	-0.02	-0.4444	0.0645	0.1832	-0.0068	-0.03	0.2073	0.0094	0.3063	-36.1744	-26.8004	42.8006

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:38)	A	1 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 39:102)	A	39 - 102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 103:113)	A	103 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 114:150)	A	114 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 151:214)	A	151 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 215:231)	B	215 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 232:313)	B	232 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 314:445)	B	314 - 445
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 29:47)	C	29 - 47
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 48:123)	C	48 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESSEQ 1:38)	D	1 - 38
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 39:102)	D	39 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 103:113)	D	103 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 114:150)	D	114 - 150
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 151:214)	D	151 - 214
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN E AND (RESSEQ 215:231)	E	215 - 231
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN E AND (RESSEQ 232:253)	E	232 - 253
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN E AND (RESSEQ 254:313)	E	254 - 313
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN E AND (RESSEQ 314:363)	E	314 - 363
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESSEQ 364:445)	E	364 - 445
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN F AND (RESSEQ 30:47)	F	30 - 47
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN F AND (RESSEQ 48:123)	F	48 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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