PDB-4lev: Structure of human cGAS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lev

タイトル

Structure of human cGAS

要素

Cyclic GMP-AMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / NTase / DNA sensor

機能・相同性

機能・相同性情報

2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Li, P.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2013
タイトル: Cyclic GMP-AMP Synthase Is Activated by Double-Stranded DNA-Induced Oligomerization.
著者: Li, X. / Shu, C. / Yi, G. / Chaton, C.T. / Shelton, C.L. / Diao, J. / Zuo, X. / Kao, C.C. / Herr, A.B. / Li, P.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lev.cif.gz	327.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lev.ent.gz	269 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lev_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lev_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	4lev_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	4lev_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lewC 4leyC 4lezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gyj-d 6kvi-d 4xba-d 1cc2-d 4lcm-2 3gyi-d 6eo4-2 4lcm-3 3tsj-1 4u2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic GMP-AMP synthase

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

B: Cyclic GMP-AMP synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	212.981, 47.715, 86.869
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / Mab-21 domain-containing protein 1 分子量: 43383.184 Da / 分子数: 2 / 断片: human cGAS catalytic domain, UNP residues 157-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D1, C6orf150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N884, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-30% Jeffamine M-600, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→38.5 Å / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.952→38.448 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2016	3876	3.48 %	random
R_work	0.1672	-	-	-
all	0.1689	113725	-	-
obs	0.1684	111235	97.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→38.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6064	0	2	451	6517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6244
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.338	8385
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.027	2419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	901
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1072

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9516-1.9754	0.2896	107	0.2695	3001	X-RAY DIFFRACTION	75
1.9754-2.0004	0.2739	118	0.2448	3343	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0004-2.0267	0.2446	127	0.2377	3631	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0267-2.0545	0.2154	137	0.2105	3742	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0545-2.0838	0.2104	145	0.1985	3898	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0838-2.1149	0.2237	138	0.1909	3848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1149-2.148	0.2428	146	0.1925	3893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.148-2.1832	0.2402	146	0.178	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1832-2.2208	0.2423	137	0.1688	3896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2208-2.2612	0.2043	135	0.1659	3886	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2612-2.3047	0.1794	151	0.1741	3909	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3047-2.3517	0.2416	139	0.1694	3872	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3517-2.4029	0.2143	134	0.166	3888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4029-2.4587	0.1942	135	0.1631	3910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4587-2.5202	0.2035	145	0.1608	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5202-2.5883	0.2059	138	0.1577	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5883-2.6645	0.1875	144	0.1598	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6645-2.7505	0.1946	144	0.1687	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7505-2.8487	0.213	141	0.1708	3887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8487-2.9628	0.1978	135	0.1709	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9628-3.0975	0.2188	144	0.1701	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0975-3.2608	0.206	136	0.1812	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2608-3.4649	0.2359	144	0.1696	3989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4649-3.7323	0.21	136	0.1526	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7323-4.1075	0.1702	145	0.1473	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1075-4.7009	0.1644	142	0.1423	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7009-5.9192	0.1693	139	0.1589	3864	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9192-38.4555	0.2042	148	0.1719	3829	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2527	0.0758	0.6179	4.6119	0.1918	6.2951	-0.306	-0.4836	0.8585	0.7952	-0.0708	-0.3785	-1.2722	-0.2766	0.3254	0.5521	0.0052	0.0372	0.2625	-0.0722	0.5268	155.4847	24.7763	19.1948
2	3.0437	-0.3037	-0.4556	1.6918	-1.0711	2.03	0.1161	0.263	0.322	0.0759	0.0677	0.3038	-0.028	-0.2399	-0.1942	0.3125	-0.0008	-0.0852	0.4266	-0.0237	0.3472	130.4688	11.6515	1.6862
3	2.8611	0.5688	0.7006	3.7171	-0.4163	2.4039	-0.2367	0.6864	0.1733	-0.8572	0.3016	0.2688	0.2268	-0.2594	-0.0034	0.457	-0.0755	-0.1037	0.5666	0.0166	0.3424	130.0162	10.9077	-7.7415
4	1.7447	0.2924	0.5989	1.5632	0.5042	1.6127	-0.026	0.2173	-0.1377	-0.1502	0.0858	0.0267	0.0752	0.0288	-0.0461	0.1616	-0.0156	0.0164	0.1895	-0.0182	0.146	135.0257	5.7939	16.337
5	2.6829	-0.3034	-0.4979	1.2133	-0.0288	1.5416	-0.0161	0.2882	0.0299	-0.2012	-0.0049	-0.0471	-0.0502	0.0563	0.0265	0.2366	-0.0156	0.016	0.194	-0.0076	0.1678	153.4694	6.232	13.565
6	7.6724	0.0624	1.3926	3.9039	0.5656	4.1537	0.4317	0.5141	-1.0507	0.4529	-0.2358	-0.5624	0.6455	0.6825	-0.086	0.5156	0.0296	-0.0007	0.237	0.0441	0.4798	122.0146	2.8651	53.2775
7	1.0942	0.5162	0.1483	1.4987	1.1865	1.343	0.118	0.2485	-0.1181	-0.1622	-0.0894	0.3522	0.228	-0.2043	0.0219	0.4952	0.0546	-0.1709	0.587	-0.0804	0.4626	104.7868	13.2326	27.9242
8	0.9457	0.4615	0.2755	0.329	-0.0994	0.6825	-0.3368	0.743	0.1728	-1.0464	-0.0888	0.7385	0.0091	-0.0757	0.0132	0.82	0.206	-0.2898	0.8806	-0.0143	0.6017	98.9981	29.1348	16.0314
9	1.505	0.1231	-0.5648	1.9492	-0.8901	2.1804	0.3688	0.1476	-0.2769	0.0376	-0.3527	0.869	0.2722	-0.7511	-0.0031	0.4118	-0.0695	-0.1383	0.8008	-0.1369	0.7332	94.5277	11.2075	30.3593
10	1.2746	-0.8433	0.1186	1.6265	0.1596	2.0039	0.0602	0.118	-0.021	-0.0233	-0.0934	0.2658	-0.1858	-0.3604	0.0555	0.1846	0.0476	0.0047	0.2925	0.0062	0.2583	118.8332	21.3682	31.9198
11	2.0064	-0.4722	-0.7277	1.4895	0.5212	1.8524	-0.0427	0.007	-0.2256	0.0049	-0.0628	0.1817	0.0955	-0.2035	0.086	0.1685	0.0052	0.0063	0.17	0.0005	0.1903	115.7828	18.0724	48.094
12	1.8055	-0.1265	-0.5842	1.3473	0.4378	3.0423	0.0716	0.0335	0.0055	0.0714	-0.0751	0.1139	-0.0847	-0.3312	-0.0111	0.153	0.004	0.0216	0.1675	-0.0163	0.1955	115.9591	23.4218	52.3811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 154 through 179 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 180 through 253 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 254 through 326 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 327 through 405 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 406 through 522 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 154 through 178 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 179 through 248 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 249 through 272 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 273 through 326 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 327 through 405 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 406 through 456 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 457 through 522 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)